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万見
- PDB-4s24: 1.7 Angstrom Crystal Structure of of Putative Modulator of Drug A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s24
タイトル1.7 Angstrom Crystal Structure of of Putative Modulator of Drug Activity (apo- form) from Yersinia pestis CO92
要素Modulator of drug activity B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / FLAVODOXIN-LIKE FOLD / NADPH DEHYDROGENASE (QUINONE) ACTIVITY / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Modulator of drug activity / Modulator of drug activity
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.7 Angstrom Crystal Structure of of Putative Modulator of Drug Activity (apo- form) from Yersinia pestis CO92.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Modulator of drug activity B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3066
ポリマ－22,6091
非ポリマー6975
水3,153175
1
A: Modulator of drug activity B
ヘテロ分子

A: Modulator of drug activity B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,61212
ポリマ－45,2192
非ポリマー1,39410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area6900 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.046, 72.046, 166.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-317-

HOH

21A-354-

HOH

31A-365-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Modulator of drug activity B


分子量: 22609.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: mdaB / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q7CGH8, UniProt: A0A2U2H1J1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 180分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Protein: 10.2 mg/ml, 0.1M Tris HCl (pH 8.3), Screen: JSCG+ (C6), 0.1M Phosphate-citrate (pH 4.2), 40% (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 29069 / Num. obs: 29069 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 62.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 1417 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.776 / SU ML: 0.045
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16591 1407 4.9 %RANDOM
Rwork0.14852 ---
obs0.14937 27589 99.92 %-
all-27589 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20.41 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----2.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1531 0 45 175 1751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.9652387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81233793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9415216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0624.45883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.68315261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.773157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.0212018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7952.23840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7782.229839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7843.3291064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7843.3291065
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6412.551922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6042.552922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9923.6731324
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.21219.6232082
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.9818.6962011
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 116 -
Rwork0.174 1980 -
obs-1980 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0956-5.22731.59374.9674-1.71052.3336-0.1020.14670.0797-0.08150.0010.0271-0.01440.04660.1010.0693-0.0491-0.05130.05140.01840.064947.115842.70611.4745
27.9575-2.79923.65581.3703-1.11491.7580.47140.1141-0.4843-0.0205-0.27690.28760.3031-0.059-0.19460.50060.0410.07090.36660.0260.225461.205826.3946-3.0125
31.314-0.86080.57311.2632-0.16761.8334-0.03990.21780.134-0.2204-0.01480.0266-0.01050.13560.05470.0959-0.0463-0.05650.06740.0280.062247.431643.0564-3.8813
40.8048-0.22530.31.3588-0.39090.7091-0.0944-0.12360.04640.0030.09490.1739-0.0742-0.1008-0.00050.02440.0133-0.01590.0327-0.00410.038445.193839.677913.3103
52.2986-1.2956-0.44434.57071.68621.3650.02760.1049-0.3245-0.24690.03840.36410.0205-0.1807-0.06590.0742-0.0439-0.05490.06820.0350.121540.593721.30656.3395
60.8747-0.29030.3070.29210.02682.30180.05610.0671-0.1151-0.10940.01530.16430.2318-0.0507-0.07140.1113-0.0205-0.07950.04570.00370.112340.600632.9032-2.4008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2A13 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3A19 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4A47 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5A126 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6A155 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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