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Yorodumi- PDB-6nlp: The crystal structure of an ABC transporter periplasmic binding p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6nlp | ||||||
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Title | The crystal structure of an ABC transporter periplasmic binding protein YdcS from Escherichia coli BW25113 | ||||||
Components | Bacterial extracellular solute-binding family protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | polyamine binding / polyamine transport / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / IMIDAZOLE / Bacterial extracellular solute-binding family protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / SKarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of an ABC transporter periplasmic binding protein YdcS from Escherichia coli BW25113 Authors: Tan, K. / SKarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6nlp.cif.gz | 297.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6nlp.ent.gz | 251.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6nlp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40570.531 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli 1-392-07_S4_C3 (bacteria) Gene: AD40_1746 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: A0A080FXI0 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.2M NaCl, 0.1M HEPES, 25% PEG3350, 1% Trehalose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97943 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 26, 2018 / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97943 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→40.908 Å / Num. obs: 56396 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.759 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.773 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 2719 / CC1/2: 0.487 / Rpim(I) all: 0.516 / Rrim(I) all: 0.935 / Χ2: 0.801 / % possible all: 95.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→40.908 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.16
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→40.908 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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