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- PDB-4yz6: Crystal Structure of Myc3[44-238] from Arabidopsis in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yz6
タイトルCrystal Structure of Myc3[44-238] from Arabidopsis in complex with Jaz1 peptide [200-221]
要素
  • Protein TIFY 10A
  • Transcription factor MYC3
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Jasmonate signaling pathway / Myc3 transcription factor / Jaz1 repressor / plant transcriptional regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to alkaline pH / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / flower development / bHLH transcription factor binding / pollen development / response to jasmonic acid / defense response ...regulation of cellular response to alkaline pH / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / jasmonic acid mediated signaling pathway / flower development / bHLH transcription factor binding / pollen development / response to jasmonic acid / defense response / protein dimerization activity / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor AIB/MYC-like / : / Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain ...Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor AIB/MYC-like / : / Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor MYC3 / Protein TIFY 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ke, J. / Zhang, F. / Brunzelle, J. / Xu, H.E. / Melcher, K. / HE, S.Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM102545 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI060761 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural basis of JAZ repression of MYC transcription factors in jasmonate signalling.
著者: Zhang, F. / Yao, J. / Ke, J. / Zhang, L. / Lam, V.Q. / Xin, X.F. / Zhou, X.E. / Chen, J. / Brunzelle, J. / Griffin, P.R. / Zhou, M. / Xu, H.E. / Melcher, K. / He, S.Y.
履歴
登録2015年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor MYC3
B: Protein TIFY 10A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2882
ポリマ－24,2882
非ポリマー00
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.209, 86.209, 59.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-444-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor MYC3 / Basic helix-loop-helix protein 5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / Transcription ...Basic helix-loop-helix protein 5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / Transcription factor ATR2 / Transcription factor EN 36 / bHLH transcription factor bHLH005


分子量: 21587.623 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MYC3, ATR2, BHLH5, EN36, At5g46760, MZA15.18 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9FIP9
#2: タンパク質・ペプチド Protein TIFY 10A / Jasmonate ZIM domain-containing protein 1


分子量: 2700.194 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 200-221 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9LMA8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The MYC3(44-238)-JAZ1 complex crystals were grown at 20 degree in sitting drops containing 0.2 ul of the purified complex proteins at a concentration of 15 mg/ml and 0.2 ul of well solution ...詳細: The MYC3(44-238)-JAZ1 complex crystals were grown at 20 degree in sitting drops containing 0.2 ul of the purified complex proteins at a concentration of 15 mg/ml and 0.2 ul of well solution containing 3.5 M sodium formate. Crystals of about 80 um in length appeared in 2 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 18921 / Num. obs: 18921 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.952 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RQW

4rqw


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.514 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21712 965 5.1 %RANDOM
Rwork0.18363 ---
obs0.18518 17940 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å2-0.5 Å2-0 Å2
2---1 Å20 Å2
3---3.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 0 0 160 1682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0891.9262090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2075189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03324.62580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29815262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0411510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.294.069768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6376.054953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2614.501780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.53338.4356842
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 70 -
Rwork0.244 1312 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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