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万見
- PDB-4rs3: Crystal structure of carbohydrate transporter A0QYB3 from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rs3
タイトルCrystal structure of carbohydrate transporter A0QYB3 from Mycobacterium smegmatis str. MC2 155, target EFI-510969, in complex with xylitol
要素ABC transporter, carbohydrate uptake transporter-2 (CUT2) family, periplasmic sugar-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ABC-TYPE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbohydrate stimulus / carbohydrate transport / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / Xylitol / Xylitol-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Hillerich, B. / Siedel, R.D. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: A General Strategy for the Discovery of Metabolic Pathways: d-Threitol, l-Threitol, and Erythritol Utilization in Mycobacterium smegmatis.
著者: Huang, H. / Carter, M.S. / Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Structure summary
改定 1.22016年6月1日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, carbohydrate uptake transporter-2 (CUT2) family, periplasmic sugar-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,55737
ポリマ－34,6051
非ポリマー1,95136
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.841, 63.070, 73.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 ABC transporter, carbohydrate uptake transporter-2 (CUT2) family, periplasmic sugar-binding protein / Periplasmic sugar-binding proteins


分子量: 34605.309 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-349 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_3598, MSMEI_3515 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QYB3, monosaccharide-transporting ATPase
#2: 糖 ChemComp-XYL / Xylitol / キシリト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5

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非ポリマー , 5種, 263分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN (10 MM HEPES PH 7.5, 5 MM DTT, 10 MM DL-XYLITOL), RESERVOIR: 0.1 M IMIDAZOLE-HCL, PH 8.0, 0.2M ZINC ACETATE, 2.5M SODIUM CHLORIDE; CRYOPROTECTION: RESERVOIR SOLUTION; VAPOR DIFFUSION, ...詳細: PROTEIN (10 MM HEPES PH 7.5, 5 MM DTT, 10 MM DL-XYLITOL), RESERVOIR: 0.1 M IMIDAZOLE-HCL, PH 8.0, 0.2M ZINC ACETATE, 2.5M SODIUM CHLORIDE; CRYOPROTECTION: RESERVOIR SOLUTION; VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 57826 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 21.085 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.934 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16294 1794 3.1 %RANDOM
Rwork0.124 ---
obs0.12524 55931 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.564 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2313 0 73 228 2614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9591.9953289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02735448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2615328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.2427.525101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25715387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.549156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4161.8451280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1591.8321275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.943.1051598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0263.1111599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.8572.7331145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.8542.7341146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.0894.1641686
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.8488.0182938
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.8478.0212939
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.37834787
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.607568
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.21754952
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 146 -
Rwork0.152 4054 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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