PDB-4rs2: 1.55 Angstrom Crystal Structure of GNAT Family N-acetyltransferas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rs2

タイトル

1.55 Angstrom Crystal Structure of GNAT Family N-acetyltransferase (YhbS) from Escherichia coli in Complex with CoA

要素

Predicted acyltransferase with acyl-CoA N-acyltransferase domain

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / GNAT Family N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / CoA

機能・相同性

Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / COENZYME A / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Kuhn, M. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.55 Angstrom Crystal Structure of GNAT Family N-acetyltransferase (YhbS) from Escherichia coli in Complex with CoA.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Kuhn, M. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月21日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rs2.cif.gz	174.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rs2.ent.gz	140.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rs2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rs2_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rs2_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4rs2_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	4rs2_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rs2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/4rs2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6x1m-3 1l8b-2 5n1u-1 6wzv-3 6wys-3 5me6-1 1b6f-d 5me7-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP92639

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Predicted acyltransferase with acyl-CoA N-acyltransferase domain

B: Predicted acyltransferase with acyl-CoA N-acyltransferase domain

ヘテロ分子

43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted acyltransferase with acyl-CoA N-acyltransferase domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Predicted acyltransferase with acyl-CoA N-acyltransferase domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.863, 44.658, 57.023
Angle α, β, γ (deg.)	80.40, 80.25, 90.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Predicted acyltransferase with acyl-CoA N-acyltransferase domain / GNAT Family N-acetyltransferase (YhbS) 分子量: 20896.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: strain K-12, substrain MG1655 / 遺伝子: ECMDS42_2623, yhbS / プラスミド: pCA24N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Magic / 参照: UniProt: H0QE96
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.76 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein: 7.8mg/ml, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3); Screen: PACT (D2), 0.1M MMT buffer (pH 5.0), 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月10日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 44460 / Num. obs: 44460 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2148 / R_sym value: 0.544 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→27.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.037 / SU ML: 0.06
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20328	2236	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16425	-	-	-
obs	0.16621	41929	96.63 %	-
all	-	41929	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	-0.3 Å²	0.03 Å²
2-	-	0.38 Å²	0.26 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→27.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2844	0	96	458	3398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	2.018	4580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.771	3	6846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.947	5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.777	23.626	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.588	15	481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.459	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.128	1.008	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.125	1.008	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.872	1.508	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.872	1.509	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.592	1.218	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.591	1.218	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.487	1.765	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.181	10.339	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.931	9.342	3892

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	169	-
R_work	0.22	3041	-
obs	-	3041	94.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4623	0.0651	0.6014	1.1119	0.5104	0.9218	-0.029	-0.1521	0.2431	0.1661	0.0754	-0.0633	-0.1376	0.0284	-0.0464	0.1108	-0.0127	-0.0015	0.0887	-0.0272	0.0805	21.7124	28.9691	23.9737
2	1.2514	0.3679	-0.0051	1.4551	-0.1328	0.7491	0.0639	-0.1505	0.0826	0.089	-0.0534	0.0054	-0.0061	-0.0122	-0.0106	0.0377	-0.0132	0.0039	0.0549	-0.0005	0.0083	12.6378	17.8919	20.7984
3	0.9693	0.3295	0.0563	1.3068	0.1675	0.4932	0.0106	0.0414	-0.0235	-0.0277	-0.0288	-0.0758	0.0208	0.0333	0.0182	0.0215	0.0077	0.0088	0.0292	0.0117	0.0146	20.6641	11.8438	12.6985
4	2.4292	-0.4196	1.0548	3.8237	0.0386	2.6913	-0.0327	0.0613	0.0257	-0.0846	0.0415	-0.0241	0.0068	-0.0154	-0.0089	0.0046	-0.0063	0.0061	0.0613	-0.0025	0.0251	5.9652	15.3285	11.3331
5	1.7999	-0.2435	0.4335	1.0956	-0.33	0.6927	0.0222	0.1119	0.0835	-0.0465	-0.0022	0.0454	-0.0062	0.0262	-0.02	0.0396	0.0034	0.0098	0.0587	0.0101	0.0111	11.0043	11.65	38.2433
6	1.7136	-2.352	0.7197	8.7112	-2.5212	1.1808	0.1216	0.1398	0.1249	-0.1256	-0.1461	-0.0567	0.0556	0.0066	0.0245	0.0359	0.0043	0.0033	0.0561	0.0065	0.0139	11.205	4.9701	40.3653
7	1.088	-0.0671	0.0618	1.722	-0.1376	0.4659	0.034	-0.0368	-0.0187	0.0469	-0.0634	0.1198	0.0205	-0.0235	0.0294	0.0178	-0.0032	0.0102	0.0263	-0.0099	0.0157	7.0199	-1.4129	47.9501
8	2.2918	-0.1482	1.4908	3.1078	1.2933	4.1608	-0.011	-0.0469	0.0484	0.1183	0.072	-0.0866	0.032	-0.0008	-0.061	0.0113	-0.0004	0.0052	0.0463	0.0104	0.0217	21.3381	3.2858	49.805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-7 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	159 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-10 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	48 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	68 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	160 - 172

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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