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万見
- PDB-4ro1: An 3'-5'-exoribonuclease that specifically recognizes RNAs. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ro1
タイトルAn 3'-5'-exoribonuclease that specifically recognizes RNAs.
要素DIS3-like exonuclease 2
キーワードHYDROLASE / OB-folds and RNB / RNA digestion
機能・相同性
機能・相同性情報


polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / P-body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DIS3-like exonuclease 2-like, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain ...: / DIS3-like exonuclease 2-like, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DIS3-like exonuclease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Lv, H. / Zhu, Y. / Teng, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of Dis3l2, an exosome-independent exonuclease from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Lv, H. / Zhu, Y. / Qiu, Y. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2014年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DIS3-like exonuclease 2
A: DIS3-like exonuclease 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,1312
ポリマ－174,1312
非ポリマー00
水00
1
A: DIS3-like exonuclease 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0661
ポリマ－87,0661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DIS3-like exonuclease 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0661
ポリマ－87,0661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.966, 54.201, 127.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DIS3-like exonuclease 2


分子量: 87065.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: dis32, dis3l2, SPAC2C4.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14040, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 0.15M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→121.6 Å / Num. obs: 37850 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.803→40.532 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2936 1888 4.99 %
Rwork0.2685 --
obs0.2697 37847 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→40.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8275 0 0 0 8275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00511562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2982844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071507
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8033-2.8790.38241440.31992661X-RAY DIFFRACTION97
2.879-2.96370.34541290.30092747X-RAY DIFFRACTION99
2.9637-3.05940.33941370.29892720X-RAY DIFFRACTION100
3.0594-3.16870.34451330.28292802X-RAY DIFFRACTION99
3.1687-3.29550.27061360.2842733X-RAY DIFFRACTION100
3.2955-3.44540.29271450.27742766X-RAY DIFFRACTION100
3.4454-3.62690.27641470.26892776X-RAY DIFFRACTION100
3.6269-3.8540.29711260.2642768X-RAY DIFFRACTION100
3.854-4.15130.28491730.25232750X-RAY DIFFRACTION100
4.1513-4.56860.22931390.24572780X-RAY DIFFRACTION100
4.5686-5.22850.28011610.24932752X-RAY DIFFRACTION100
5.2285-6.58270.33491730.28942796X-RAY DIFFRACTION100
6.5827-40.53630.28721450.25982908X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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