PDB-4rn0: Crystal structure of S39D HDAC8 in complex with a largazole analogue.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rn0

タイトル

Crystal structure of S39D HDAC8 in complex with a largazole analogue.

要素

Histone deacetylase 8

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / metalloenzyme / hydrolase / histone deacetylase / enzyme inhibitor complex / largazole analogue / thiol inhibitor / arginase/deacetylase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone decrotonylase activity / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / regulation of telomere maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.761 Å

データ登録者

Decroos, C. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Variable Active Site Loop Conformations Accommodate the Binding of Macrocyclic Largazole Analogues to HDAC8.
著者: Decroos, C. / Clausen, D.J. / Haines, B.E. / Wiest, O. / Williams, R.M. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rn0.cif.gz	311.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rn0.ent.gz	251.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/4rn0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rn1C 4rn2C 3ewfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qa3-2 3ezp-2 4qa2-2 6hsk-2 7jvv-1 4qa5-1 5fcw-1 5ths-2 5d1d-2 2v5w-2 5tht-2 5d1c-1 4qa4-d 4rn1-1 3mz3-1 5dc5-1 4rn2-1 6odc-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
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人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone deacetylase 8

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

88 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.921, 85.006, 94.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histone deacetylase 8 / HD8 分子量: 43260.000 Da / 分子数: 2 / 断片: S39D HDAC8 / 変異: S39D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase

#1: タンパク質

Histone deacetylase 8 / HD8

分子量: 43260.000 Da / 分子数: 2 / 断片: S39D HDAC8 / 変異: S39D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 750分子

#2: 化合物	ChemComp-L6G / (5R,8S,11S)-5-methyl-8-(propan-2-yl)-11-[(1E)-4-sulfanylbut-1-en-1-yl]-3,17-dithia-7,10,14,19,20-pentaazatricyclo[14.2.1.1~2,5~]icosa-1(18),2(20),16(19)-triene-6,9,13-trione 分子量: 495.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₅O₃S₃
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1 M Imidazole (pH=7.0), 4 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), 8% PEG 8000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 83014 / Num. obs: 82963 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 8280 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1833)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EWF

3ewf

解像度: 1.761→42.906 Å / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1621	4145	5 %	random
R_work	0.1367	-	-	-
obs	0.138	82932	99.81 %	-
all	-	83147	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.761→42.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5563	0	81	740	6384

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5963
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.327	8143
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.859	2201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	901
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7614-1.7814	0.1962	141	0.1629	2522	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7814-1.8024	0.1893	122	0.1526	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8024-1.8244	0.2275	121	0.1441	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8244-1.8475	0.1835	141	0.1403	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8475-1.8718	0.1833	150	0.1384	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8718-1.8974	0.1994	131	0.1376	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8974-1.9245	0.1908	132	0.1401	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9245-1.9533	0.1944	125	0.1384	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9533-1.9838	0.188	134	0.1397	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9838-2.0163	0.1585	139	0.1387	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0163-2.0511	0.1761	120	0.1405	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0511-2.0884	0.1682	138	0.1424	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0884-2.1285	0.1572	138	0.1298	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1285-2.172	0.1668	130	0.131	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.172-2.2192	0.1485	115	0.133	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2192-2.2708	0.1594	133	0.1309	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2708-2.3276	0.1609	131	0.1302	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3276-2.3905	0.1835	142	0.1361	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3905-2.4609	0.1777	139	0.1345	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4609-2.5403	0.1553	161	0.1387	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5403-2.6311	0.1659	148	0.1345	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6311-2.7364	0.1606	134	0.1371	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7364-2.8609	0.1583	137	0.1408	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8609-3.0117	0.1553	150	0.1458	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0117-3.2003	0.1681	145	0.1492	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2003-3.4474	0.1601	142	0.1411	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4474-3.7941	0.1456	163	0.1337	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7941-4.3426	0.1529	140	0.1159	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3426-5.4695	0.1329	153	0.1258	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4695-42.9187	0.1636	150	0.1525	2654	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0945	0.0397	0.0642	0.1166	0.0338	0.2728	-0.0109	0.0702	0.1561	-0.0974	0.0099	-0.1447	-0.1029	0.2178	0.0128	0.1692	-0.0436	0.0163	0.1396	0.0106	0.1583	7.2307	27.841	-23.9615
2	0.0502	-0.0098	-0.0386	0.146	-0.0083	0.0317	0.1519	-0.6	0.0498	0.0938	-0.0306	-0.3018	-0.0713	0.1541	0.0041	0.1651	-0.0331	-0.0364	0.3064	-0.0036	0.169	13.0813	15.1172	-3.7288
3	0.3127	0.1978	0.1128	0.1186	0.0119	0.356	0.0246	-0.0571	-0.0331	-0.0272	-0.0264	-0.078	0.017	0.132	-0.0034	0.1159	-0.0218	-0.004	0.1383	-0.0078	0.1191	5.5951	18.4019	-12.3404
4	0.2502	-0.08	-0.0601	0.1236	-0.0401	0.1724	0.009	-0.1572	0.0071	0.0125	-0.0524	0.0202	-0.0201	-0.0615	-0.0128	0.1076	-0.0103	0.0014	0.1335	-0.0302	0.0953	-9.7879	18.1932	-7.2214
5	0.5126	0.1245	-0.0034	0.3107	-0.0335	0.7249	-0.0447	0.0648	0.1054	-0.1075	-0.0135	0.079	-0.0661	-0.146	-0.0652	0.1174	0.0116	-0.0139	0.1091	-0.0048	0.1113	-10.7759	22.0451	-25.5616
6	0.0774	0.0329	0.0047	0.0147	0.0092	0.2014	0.0304	-0.0624	0.0747	-0.0098	0.0095	0.1238	-0.0959	-0.1205	0.0144	0.0848	-0.0086	-0.0013	0.2488	-0.053	0.169	-26.0425	16.8875	-9.7531
7	0.3597	-0.1257	0.1344	0.2216	-0.0231	0.1719	-0.0256	-0.0327	-0.0087	0.0315	0.0018	-0.1722	0.0168	0.1424	0.0119	0.1324	0.0085	0.0016	0.1159	0.0145	0.172	13.9259	-12.875	-26.8781
8	0.1031	0.0017	-0.0838	0.0591	-0.0924	0.1959	-0.0017	0.0185	0.0577	0.01	-0.0677	-0.118	-0.067	0.2171	0	0.1696	-0.0157	-0.0049	0.162	0.0008	0.2092	15.6193	-6.303	-32.5432
9	0.3803	0.2266	-0.0885	0.2311	0.0265	0.3123	-0.0078	0.1682	-0.0053	-0.1271	-0.0245	0.0067	-0.0224	-0.0348	-0.0495	0.1286	0.0074	-0.0084	0.1109	-0.0284	0.1056	2.7447	-10.7859	-38.4044
10	0.0894	-0.1392	0.0479	0.7321	0.0554	0.7339	0.1205	0.2556	-0.19	-0.2415	-0.1224	0.5471	-0.0173	-0.3143	0.0947	0.1707	0.0139	-0.1086	0.2023	-0.0756	0.1922	-11.4575	-12.8948	-40.0493
11	0.5474	-0.0512	0.0411	0.5471	-0.1153	0.2367	-0.014	-0.0629	-0.1781	0.0625	0.0039	0.1462	0.051	-0.0838	0.009	0.1235	-0.0116	0.0063	0.1119	0.0033	0.1582	-4.4954	-15.3641	-21.7417
12	0.0771	-0.0359	-0.0106	0.0881	-0.0117	-0.0026	-0.0653	0.1444	0.0168	-0.2592	-0.1166	0.1909	0.0293	-0.1031	-0.2606	0.1285	0.0126	-0.2793	0.3369	-0.1676	0.3794	-15.2744	-13.9819	-45.8822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 63 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 64 through 85 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 156 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 157 through 225 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 226 through 358 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 359 through 378 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 14 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 127 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 128 through 212 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 213 through 255 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 256 through 358 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 359 through 382 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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