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万見
- PDB-4rm6: Crystal structure of Hemopexin Binding Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rm6
タイトルCrystal structure of Hemopexin Binding Protein
要素Heme/hemopexin-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING / beta helix / hemopexin binding protein / hemopexin / Heme-hemopexin-binding protein complex / outer membrane
機能・相同性: / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / extracellular region / Heme/hemopexin-binding protein
機能・相同性情報
生物種Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zambolin, S. / Clantin, B. / Haouz, A. / Villeret, V. / Delepelaire, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for haem piracy from host haemopexin by Haemophilus influenzae.
著者: Zambolin, S. / Clantin, B. / Chami, M. / Hoos, S. / Haouz, A. / Villeret, V. / Delepelaire, P.
履歴
登録2014年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme/hemopexin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5941
ポリマ－96,5941
非ポリマー00
水13,277737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.400, 177.130, 54.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Heme/hemopexin-binding protein / Heme:hemopexin utilization protein A


分子量: 96594.391 Da / 分子数: 1 / 変異: C876S, C882S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 遺伝子: HI_0264, hxuA / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P44602
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir solution: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% w/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月9日
放射モノクロメーター: cryogenically cooled monochromator crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 131352 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 11.99 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.55-1.641.4620655196.8
1.64-1.762.1219701198.4
1.76-1.94.218457198.5
1.9-2.087.8917220199
2.08-2.3212.9315644199.2
2.32-2.6818.5813869199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
BUSTER2.10.1精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→23.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8644 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8581 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 6015 5.03 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.1892 119491 --
obs0.1892 119491 98.81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.1186 Å20 Å20 Å2
2---11.0626 Å20 Å2
3----9.0559 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.196 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6026 0 0 737 6763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1621902HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2760SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes203HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1804HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12123HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.84
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion837SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13236SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3382 438 5.04 %
Rwork0.3217 8257 -
all0.3226 8695 -
obs--98.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05310.14010.18490.95210.74610.734-0.0371-0.00610.0226-0.03360.00850.0588-0.0411-0.02890.0285-0.0121-0.0029-0.0021-0.0313-0.0081-0.024680.1324187.264-26.0758
20.45340.51010.26671.19390.43040.75-0.04920.01960.07-0.13660.02170.1714-0.0389-0.0640.0275-0.03670.0048-0.0341-0.04880.0137-0.044159.7239147.07-61.5761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 413}A2 - 413
2X-RAY DIFFRACTION2{A|414 - 817}A414 - 817

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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