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- PDB-4rly: Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats (R1-R9) in Complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rly
タイトルCrystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats (R1-R9) in Complex with Nav1.2 Ankyrin Binding Domain
要素Nav1.2 - AnkB chimera
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ANK Repeat / Protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to T-tubule / atrial cardiac muscle cell to AV node cell communication / SA node cell to atrial cardiac muscle cell communication / regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / protein localization to M-band / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / T-tubule organization / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential ...protein localization to T-tubule / atrial cardiac muscle cell to AV node cell communication / SA node cell to atrial cardiac muscle cell communication / regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / protein localization to M-band / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / T-tubule organization / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / protein localization to organelle / paranodal junction assembly / regulation of SA node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / atrial cardiac muscle cell action potential / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of cation channel activity / protein localization to endoplasmic reticulum / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / response to methylmercury / cytoskeletal anchor activity / paranode region of axon / atrial septum development / positive regulation of potassium ion transport / dentate gyrus development / node of Ranvier / costamere / ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of calcium ion transport / voltage-gated sodium channel complex / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / M band / protein localization to cell surface / regulation of cardiac muscle cell contraction / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / A band / spectrin binding / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of calcium ion transport / intercalated disc / regulation of cardiac muscle contraction / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / COPI-mediated anterograde transport / T-tubule / myelination / regulation of heart rate / determination of adult lifespan / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / recycling endosome / sarcolemma / structural constituent of cytoskeleton / Z disc / memory / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / intracellular calcium ion homeostasis / endocytosis / protein localization / protein transport / presynaptic membrane / nervous system development / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / cellular response to hypoxia / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / lysosome / early endosome / cytoskeleton / calmodulin binding / protein stabilization / neuron projection / apical plasma membrane / axon / glutamatergic synapse / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated ...: / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Ankyrin repeats (many copies) / Death domain profile. / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Ankyrin repeat-containing domain / Death domain / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel Nav1.2 / Ankyrin-2 / Sodium channel protein type 2 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5032 Å
データ登録者Wei, Z. / Wang, C. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structural basis of diverse membrane target recognitions by ankyrins.
著者: Wang, C. / Wei, Z. / Chen, K. / Ye, F. / Yu, C. / Bennett, V. / Zhang, M.
履歴
登録2014年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Refinement description
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nav1.2 - AnkB chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4838
ポリマ－34,8101
非ポリマー6727
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nav1.2 - AnkB chimera
ヘテロ分子

A: Nav1.2 - AnkB chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,96516
ポリマ－69,6202
非ポリマー1,34514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
Buried area2460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.295, 102.295, 106.008
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2403-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Nav1.2 - AnkB chimera


分子量: 34810.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ANK2, Scn2a, Scn2a1
Plasmid details: The Nav1.2 Ankyrin binding domain is fused to the N-terminus of AnkB Ankyrin re peats
プラスミド: pET32m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A9JQD3, UniProt: Q01484, UniProt: Q99250*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 6-8% dioxane, and 0.1 M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19914 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 53.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.209 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.549.70.7489771.0551100
2.54-2.599.80.6159821.056199.8
2.59-2.649.70.5369601.086199.8
2.64-2.699.60.4529771.098199.9
2.69-2.759.80.3819781.1441100
2.75-2.829.70.3439851.104199.9
2.82-2.899.70.2869971.199199.8
2.89-2.969.60.249721.209199.9
2.96-3.059.70.199781.279199.9
3.05-3.159.70.15110041.308199.9
3.15-3.269.70.1219891.2781100
3.26-3.399.60.0969851.2971100
3.39-3.559.50.07810101.2241100
3.55-3.739.50.0649831.31100
3.73-3.979.40.05510051.161199.8
3.97-4.279.20.05710181.329199.7
4.27-4.79.10.05310011.309199.3
4.7-5.388.90.05610241.277199
5.38-6.788.80.04710311.175198.5
6.78-508.80.03910581.297193.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5032→34.229 Å / FOM work R set: 0.823 / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 1009 5.09 %
Rwork0.1875 --
obs0.19 19832 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.211 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 163.12 Å2 / Biso mean: 69.27 Å2 / Biso min: 31.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.595 Å20 Å2-0 Å2
2--10.595 Å2-0 Å2
3----21.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5032→34.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 0 35 74 2371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5433151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.041811
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5032-2.63510.24531490.227226292778100
2.6351-2.80010.29741570.228726372794100
2.8001-3.01620.29781420.230226652807100
3.0162-3.31950.26711560.199726592815100
3.3195-3.79930.24241340.184927122846100
3.7993-4.78460.20211370.15322717285499
4.7846-34.23260.22261340.18772804293896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2584-0.98240.76961.5564-0.28110.65230.0283-0.6322-0.3590.69070.02620.29610.1587-0.15440.04990.4383-0.03050.00640.30590.040.445340.9904-23.526358.6885
20.3395-0.37270.44680.5096-0.32230.46190.00760.29310.0042-0.27230.01250.00480.3585-0.146-0.00020.34270.0031-0.01160.4506-0.06230.457737.4855-12.940943.2483
30.2332-0.18790.65441.59511.18053.66710.4860.17170.30650.0757-0.62650.50430.288-1.1529-0.04770.30850.05440.02220.52350.0260.477834.4303-0.606736.9452
40.44260.21990.09640.53280.02720.02040.33270.5707-0.0248-0.1411-0.13510.24241.33440.426-0.01460.84820.2515-0.01210.63810.03790.433134.66171.896225.3009
50.8728-0.00940.79570.3579-1.03524.4035-0.0682-0.24230.30220.6543-0.1773-0.0859-1.0005-0.1046-0.15220.4230.093-0.03350.61240.03550.409929.334415.132530.8628
60.4877-0.30610.23760.6346-0.32840.30820.23220.1950.1092-0.4589-0.1260.17710.13120.467-0.0010.63870.18490.06120.49060.02350.295226.178610.392319.7096
70.0238-0.0655-0.03880.0252-0.0040.08540.21350.5616-0.4993-0.8505-0.26520.41611.261-0.25740.00130.79710.1551-0.07890.6192-0.02410.362617.6745.72415.4184
80.4193-0.18090.370.62670.07350.58860.30970.1730.6768-1.13510.0144-0.3025-0.6460.84510.26491.04780.23880.01450.81820.02070.487619.46514.03757.3215
90.31010.1776-0.23611.1644-0.33780.23280.82450.4076-0.0819-0.372-0.2140.55970.692-0.05981.03071.51770.1229-0.20360.913-0.2350.357713.23233.64356.8579
102.0331-0.0088-0.14311.8716-1.20582.7395-0.326-0.23160.04620.8038-0.0654-0.3871-0.4753-0.3354-0.11170.57240.02410.05720.4609-0.02780.424434.9676-4.633657.1305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2029:2086)A2029 - 2086
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 2087:2152)A2087 - 2152
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 2153:2183)A2153 - 2183
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 2184:2204)A2184 - 2204
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 2205:2227)A2205 - 2227
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 2228:2268)A2228 - 2268
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 2269:2287)A2269 - 2287
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 2288:2301)A2288 - 2301
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 2302:2322)A2302 - 2322
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 1113:1132)A1113 - 1132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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