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- PDB-4rlj: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB heter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rlj
タイトルCrystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB hetero-dimer from Mycobacterium tuberculosis
要素((3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ...) x 2
キーワードLYASE / double hotdog fold / (3R)-hydroxyacyl-ACP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dehydratase subunit HadA-like / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / : / UPF0336 protein Rv0635
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Li, J. / Dong, Y. / Rao, Z.H.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular basis for the inhibition of beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB complex from Mycobacterium tuberculosis by flavonoid inhibitors.
著者: Dong, Y. / Qiu, X. / Shaw, N. / Xu, Y. / Sun, Y. / Li, X. / Li, J. / Rao, Z.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,00210
ポリマ－32,8272
非ポリマー1,1758
水3,585199
1
A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,00420
ポリマ－65,6544
非ポリマー2,35116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13820 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.019, 82.019, 139.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-324-

HOH

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要素

-
(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA / Rv0635


分子量: 17465.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: hadA, P425_00663, RVBD_0635 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6Y8B9, UniProt: P9WFK1*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: タンパク質 (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / Rv0636


分子量: 15361.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: hadB, P425_00664, Rv0636, RVBD_0636 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I6WYY7, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 207分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 26% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 17.3 % / 数: 442538 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.08 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25553 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.745010.0551.06915.9
3.764.7410.0631.09617.2
3.293.7610.081.07716.6
2.993.2910.1051.02818
2.772.9910.1391.05316.7
2.612.7710.1771.0817.9
2.482.6110.2321.10918.2
2.372.4810.2691.1316.8
2.282.3710.3411.08317.8
2.22.2810.4131.03818.3
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 48837 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 23.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.819.60.42448031.0921100
1.81-1.899.60.347711.0811100
1.89-1.979.60.19948271.0561100
1.97-2.079.60.14748091.0941100
2.07-2.29.70.10848280.9761100
2.2-2.389.60.08648551.0781100
2.38-2.619.60.07648661.0851100
2.61-2.999.40.06849151.1351100
2.99-3.779.20.05449700.9961100
3.77-508.90.03651931.124199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→36.68 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1849 2469 5.06 %RANDOM
Rwork0.1572 ---
obs0.1586 48754 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.51 Å2 / Biso mean: 31.549 Å2 / Biso min: 13.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2223 0 78 199 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6823208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.575862
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.7840.19431340.179525352669100
1.784-1.82050.22231350.165425232658100
1.8205-1.860.17131570.157925102667100
1.86-1.90330.15931200.150625392659100
1.9033-1.95090.18211330.150125502683100
1.9509-2.00360.18131480.146525242672100
2.0036-2.06260.17711550.143524972652100
2.0626-2.12920.18261450.137425222667100
2.1292-2.20530.16891210.142325712692100
2.2053-2.29350.16461350.151725622697100
2.2935-2.39790.18781120.147525832695100
2.3979-2.52430.15551310.153625702701100
2.5243-2.68240.18951450.152425572702100
2.6824-2.88940.18461270.157326022729100
2.8894-3.18010.19741460.163625992745100
3.1801-3.63990.18931510.153825932744100
3.6399-4.58450.18351440.146426552799100
4.5845-36.6880.19591300.1852793292399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52621.9491-0.32147.2279-1.14562.0542-0.1538-0.52390.3110.3755-0.00160.9601-0.0379-0.90870.12030.26060.04820.08250.4747-0.09430.3515-5.671535.4793.5557
20.6171-1.0833-0.49233.41171.24131.6655-0.0686-0.07480.060.14140.0125-0.0362-0.06520.06370.03260.16380.0045-0.01430.18150.01240.149715.987320.8712-2.3987
38.81522.2229-0.54782.5241-1.07472.53280.00690.31710.0449-0.1953-0.0483-0.2644-0.0150.35140.04130.13830.0139-0.00040.22770.02370.139719.529619.8744-15.3694
47.4624-1.4853-4.22184.28292.9288.177-0.0265-0.1687-0.06820.3824-0.12210.2650.2507-0.55090.08880.1982-0.00690.01080.2180.00040.18843.097624.82261.8395
51.6852-0.73240.98642.18540.30691.9858-0.0725-0.30980.05580.1421-0.04180.3559-0.0226-0.43960.09340.15580.00130.02090.2401-0.00580.17120.518227.8281-4.069
62.2783.17640.74184.16830.99992.08130.1634-0.3492-0.04490.1917-0.25120.1997-0.0456-0.360.03560.16470.01330.00130.2150.00340.1473-0.901730.2478-5.2552
71.87651.7923-0.89562.7766-1.47070.7824-0.09051.09830.0911-0.12020.0218-0.7262-0.17981.0438-0.01860.2328-0.01950.00520.54680.040.401421.273526.2192-28.5799
83.43871.88250.38217.3307-1.4812.71920.06280.56520.1417-0.5347-0.08490.09170.27190.25420.03540.22530.0640.01250.37270.00390.16437.284822.4398-33.9908
90.7995-0.46811.4071.4566-0.19193.5190.0821-0.0851-0.1274-0.05290.02670.18870.2018-0.2095-0.08470.1815-0.0271-0.02280.20250.02540.21633.20638.0692-6.3497
102.2064-2.3668-1.38963.3418-1.01379.4203-0.3325-0.5015-0.6250.14660.43850.49680.6043-1.2830.00960.2743-0.10740.0020.53770.16150.5286-10.27393.3366-0.7858
111.03830.05320.071.3-1.42482.63920.040.0841-0.0382-0.00520.05970.06740.065-0.0379-0.10740.14980.0032-0.02210.2089-0.00660.19654.304318.129-16.1309
122.69790.5830.52418.5976-3.01433.54160.0611-0.0217-0.3102-0.25920.26220.51820.4306-0.3212-0.28970.2079-0.0763-0.07210.26090.03840.1732-3.99116.8257-12.6075
131.63040.28190.19777.0709-3.59133.72610.15150.16340.0793-0.4459-0.14580.1560.17380.03110.0190.190.0161-0.02750.2768-0.00630.19041.950318.6033-26.7198
148.14125.7215-1.89964.101-1.93123.6176-0.06260.1890.4699-0.4087-0.02980.1122-0.23860.1490.0090.2102-0.0096-0.02110.29410.03350.2184.71727.1823-27.2367
152.2391-1.23310.23953.65612.76643.36120.07410.0778-0.25830.0027-0.07580.4070.321-0.2247-0.01460.192-0.0209-0.05970.26840.02170.2381-5.980814.3152-19.9026
165.66877.0048-5.88879.9572-5.71497.97680.1613-0.06340.49120.1133-0.11310.1892-0.43510.2321-0.0630.13970.0021-0.02050.24030.02120.17237.707928.624-24.3266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 13 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 14 through 31 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 58 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 59 through 74 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 115 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 116 through 146 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -4 through 5 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 6 through 17 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 18 through 43 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 44 through 50 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 51 through 85 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 86 through 99 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 100 through 112 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 113 through 125 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 126 through 134 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 135 through 142 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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