PDB-4rlt: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB heter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rlt

タイトル

Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB hetero-dimer from Mycobacterium tuberculosis complexed with Fisetin

要素

(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA
(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / double hotdog fold / (3R)-hydroxyacyl-ACP binding / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.049 Å

データ登録者

Li, J. / Dong, Y. / Rao, Z.H.

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular basis for the inhibition of beta-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadAB complex from Mycobacterium tuberculosis by flavonoid inhibitors.
著者: Dong, Y. / Qiu, X. / Shaw, N. / Xu, Y. / Sun, Y. / Li, X. / Li, J. / Rao, Z.

履歴

登録	2014年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rlt.cif.gz	139.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rlt.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rlt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rlt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rljSC 4rluC 4rlwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rlw-1 3wy7-2 3wy7-1 4jf1-d 4rlu-1 6c6o-d 1peu-d 5zy8-d 4xgw-2 4nf8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA

B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

ヘテロ分子

33.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA

B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

ヘテロ分子

A: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA

B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.258, 82.258, 140.161
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-312- HOH

#1: タンパク質	(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadA / Rv0635 分子量: 17465.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: hadA, P425_00663, RVBD_0635 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: I6Y8B9, UniProt: P9WFK1*PLUS, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: タンパク質	(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / Rv0636 分子量: 15361.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: hadB, P425_00664, Rv0636, RVBD_0636 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: I6WYY7, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#3: 化合物	ChemComp-FSE / 3,7,3',4'-TETRAHYDROXYFLAVONE / Fisetin / 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,7-DIHYDROXY-4H-CHROMEN-4-ONE / フィセチン分子量: 286.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 26% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.049→50 Å / Num. obs: 31026 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 1.061 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.049-2.12	9.6	0.44	3043	1.095	1	99.9
2.12-2.21	9.7	0.336	3020	1.093	1	99.9
2.21-2.31	9.6	0.279	3053	1.084	1	99.9
2.31-2.43	9.6	0.222	3076	1.087	1	100
2.43-2.58	9.6	0.182	3053	1.083	1	100
2.58-2.78	9.6	0.131	3068	1.066	1	100
2.78-3.06	9.6	0.096	3108	1.054	1	100
3.06-3.51	9.5	0.069	3105	0.971	1	100
3.51-4.42	9.3	0.053	3162	1.092	1	99.8
4.42-50	8.7	0.047	3338	0.979	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RLJ

4rlj

解像度: 2.049→40.625 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1896	1563	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1576	-	-	-
obs	0.1592	30966	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.05 Å² / B_iso mean: 36.2883 Å² / B_iso min: 15.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.049→40.625 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2290	0	33	245	2568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	3229
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.058	840

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.049-2.1148	0.2046	127	0.1821	2640	2767	100
2.1148-2.1903	0.1817	148	0.1713	2606	2754	100
2.1903-2.278	0.2041	154	0.1663	2625	2779	100
2.278-2.3817	0.2191	127	0.1653	2629	2756	100
2.3817-2.5072	0.1876	130	0.1674	2650	2780	100
2.5072-2.6643	0.2173	126	0.164	2675	2801	100
2.6643-2.87	0.176	150	0.1572	2637	2787	100
2.87-3.1587	0.1781	171	0.1637	2648	2819	100
3.1587-3.6155	0.1971	153	0.1562	2684	2837	100
3.6155-4.5542	0.1749	139	0.135	2731	2870	100
4.5542-40.6329	0.193	138	0.1618	2878	3016	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4337	0.5622	-0.1434	2.9532	-0.8207	2.2718	-0.009	-0.065	-0.0304	-0.2075	-0.165	-0.2721	-0.1336	0.2731	0.1087	0.1782	-0.0029	-0.0058	0.2157	0.0185	0.1864	-7.6832	26.2075	-34.9848
2	7.6471	-5.192	-0.0079	5.3158	0.9905	3.6327	0.1048	-0.6072	-0.5729	0.3411	0.0094	0.4403	0.0172	-0.3211	-0.1745	0.1835	-0.0497	0.0148	0.2644	0.0094	0.2271	-17.2523	15.4635	-19.207
3	7.7903	0.6706	-1.5788	3.986	1.5718	3.5529	0.4123	-0.7017	0.7511	0.1563	-0.34	0.4767	-0.1814	-0.3899	-0.0602	0.166	-0.0084	0.0047	0.312	-0.0557	0.2123	-21.7141	23.5521	-20.4094
4	3.2248	2.2152	-4.9146	5.0776	-3.1509	8.8229	0.136	0.2471	0.1334	-0.1555	-0.124	-0.3556	-0.3133	0.3624	-0.0162	0.2083	-0.005	0.002	0.2803	0.0019	0.2333	-3.2908	25.061	-36.9609
5	2.9584	0.4331	1.0876	1.3157	-0.1505	2.6617	0.0824	0.0334	0.0078	-0.1988	-0.0721	-0.1811	-0.0906	0.358	-0.0332	0.2359	-0.0399	0.0484	0.2332	-0.0121	0.2557	-2.4312	25.4366	-30.1208
6	2.0401	0.3885	2.262	3.7135	0.1996	2.7952	-0.2665	0.2588	0.4928	-0.0268	0.0622	-0.4782	-0.2249	0.4073	0.1555	0.2647	-0.048	0.0125	0.2852	0.0185	0.2518	3.1378	32.4476	-32.6203
7	2.7297	-3.9854	1.631	5.4846	-1.8477	1.5835	-0.1982	0.4529	0.5355	0.0036	-0.1152	-0.5662	-0.0207	0.4027	0.2014	0.2377	-0.0071	0.0016	0.3224	0.0194	0.2053	4.4386	29.5829	-30.6425
8	2.9864	-4.8493	-0.6828	7.9803	0.1785	2.8461	0.105	0.0994	0.135	-0.1061	-0.097	-0.2527	-0.2987	0.0875	-0.0284	0.2467	-0.043	-0.0098	0.2564	-0.0064	0.1505	-5.0338	32.052	-28.4183
9	0.9524	0.2712	1.0091	0.0795	0.1871	3.4569	-0.4728	0.4106	-0.2998	-0.2985	-0.0479	-0.4511	-0.4896	0.4353	0.2924	0.7418	0.0905	0.1094	1.2441	0.015	0.5925	14.6217	22.004	-40.8977
10	2.4837	-0.9305	-2.8262	4.4871	2.682	3.978	-0.0891	-0.6831	0.3745	0.2288	0.0996	1.6641	-0.4143	-1.1046	-0.0633	0.2805	0.0216	0.0425	0.5726	0.0116	0.6636	-21.3293	26.594	-6.4204
11	5.2017	-0.5764	1.4696	5.3434	-0.8987	3.7357	0.0173	-1.0395	0.2492	0.7626	-0.3878	0.0129	0.1156	0.0481	0.3676	0.2056	-0.0863	0.0213	0.5132	0.0059	0.2102	-7.5244	22.7306	-1.1238
12	0.7665	0.4295	1.6969	1.3724	0.7036	4.225	0.0936	-0.1222	-0.2335	0.1044	0.0017	-0.1369	0.1776	-0.0127	-0.0987	0.1758	-0.0056	-0.0193	0.2244	0.0046	0.2431	-6.1132	7.5583	-25.1779
13	1.5318	0.314	1.2452	5.9023	0.2494	3.9099	-0.1546	-0.2696	-0.3756	-0.0128	0.493	-0.2503	0.0647	0.3584	-0.3072	0.1932	0.0124	0.0043	0.3728	-0.0809	0.3515	1.4094	9.2023	-34.7509
14	6.0321	0.8364	-2.5448	2.1379	1.3921	2.5928	0.1481	0.202	-1.1601	0.1693	-0.0277	-0.9015	0.8686	1.5776	-0.1821	0.3379	0.1253	0.0119	0.5302	-0.1551	0.6667	9.7286	2.5567	-34.0565
15	3.8354	-2.1853	-3.8201	3.0212	2.1932	3.8625	0.2373	0.4292	0.2525	0.5638	0.0675	-1.1044	0.3905	0.9229	-0.2371	0.2375	0.0703	-0.0818	0.5029	-0.0925	0.5208	7.1451	6.6636	-28.2199
16	0.9334	0.1688	0.6439	1.3755	0.5253	1.9414	0.0786	-0.3156	0.0132	0.0123	-0.0871	-0.0154	-0.0679	0.0316	0.0124	0.1822	-0.025	-0.0309	0.296	0.0095	0.2442	-7.5893	21.4917	-16.2997
17	1.0907	-1.1831	0.5303	9.6871	3.3305	4.1159	-0.0791	0.1182	-0.3231	-0.0164	0.4281	-0.4986	0.434	0.622	-0.2944	0.2275	0.0904	-0.092	0.3263	-0.019	0.2902	3.5187	6.7888	-22.2126
18	1.5018	-0.3483	-0.4324	7.8705	4.4466	3.6134	0.0784	-0.3063	-0.082	0.4881	-0.0064	-0.0614	0.1912	0.3225	-0.0978	0.2382	-0.0588	-0.0637	0.4404	0.0378	0.2421	-2.168	18.6995	-8.2702
19	6.9171	-7.1028	-3.6058	9.6621	5.1543	5.3517	0.1242	-0.3011	0.3056	-0.0047	-0.0774	-0.1514	-0.2303	0.1961	-0.0014	0.2142	-0.0394	-0.0427	0.3991	-0.0344	0.2112	-4.1402	26.0193	-8.4972
20	3.5941	-1.037	1.5517	3.0702	-4.0558	5.4918	0.1668	0.0033	-0.2578	0.1536	-0.117	-0.5489	0.3375	0.6147	0.0448	0.236	0.016	-0.0666	0.4567	-0.0224	0.3228	5.917	15.1113	-15.0457
21	7.162	-7.2856	-5.1013	9.213	4.6402	5.851	0.3755	-0.2607	0.7679	-0.1916	-0.1927	-0.3289	-0.2884	-0.1657	-0.1911	0.1543	-0.0406	-0.0117	0.3709	-0.0075	0.23	-7.7916	28.7361	-10.7104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 41 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 42 through 58 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 59 through 74 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 102 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 103 through 115 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 129 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 130 through 144 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 145 through 157 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -4 through 5 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 6 through 17 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 18 through 34 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 35 through 43 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 44 through 49 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 50 through 58 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 59 through 85 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 86 through 99 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 100 through 112 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 113 through 126 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 127 through 134 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 135 through 142 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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