PDB-4rl9: Crystal structure of Acinetobacter baumannii CarO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rl9

タイトル

Crystal structure of Acinetobacter baumannii CarO1

要素

Carbapenem-associated resistance protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / beta-barrel

機能・相同性

Porin - #170 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / CarO

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zahn, M. / Basle, A. / van den Berg, B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Small-Molecule Transport by CarO, an Abundant Eight-Stranded beta-Barrel Outer Membrane Protein from Acinetobacter baumannii.
著者: Zahn, M. / D'Agostino, T. / Eren, E. / Basle, A. / Ceccarelli, M. / van den Berg, B.

履歴

登録	2014年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rl9.cif.gz	169.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rl9.ent.gz	135.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rl9_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rl9_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	4rl9_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	4rl9_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/4rl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rlbC 4rlcC 4fuv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4rlb-2 3zy7-d 5nlz-d 1cdy-d 1bhh-d 2xgl-d 5w7j-2 5j6e-d 4wt3-d 6d9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbapenem-associated resistance protein

B: Carbapenem-associated resistance protein

56.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbapenem-associated resistance protein

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carbapenem-associated resistance protein

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.774, 63.260, 73.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 17 - 227 / Label seq-ID: 44 - 254

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Carbapenem-associated resistance protein 分子量: 28070.834 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-249 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: carO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6XB80

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9% PEG8000, 0.04 M zinc acetate, 0.05 M ADA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月10日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→63.99 Å / Num. obs: 16167 / % possible obs: 99.7 %
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XDS	/ XSCALE	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→63.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 28.615 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.673 / ESU R Free: 0.345 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27806	778	4.8 %	RANDOM
R_work	0.23258	-	-	-
obs	0.23497	15388	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.57 Å²	-0 Å²	0.69 Å²
2-	-	2.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→63.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3139	0	0	0	3139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	3220
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.586	1.939	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3	6663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.406	5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.452	25.472	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.586	15	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.898	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.677	5.23	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.677	5.229	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.52	7.837	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.519	7.837	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.39	5.832	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.389	5.831	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.912	8.575	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.4	44.027	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.399	44.031	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10320 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	51	-
R_work	0.315	1159	-
obs	-	-	99.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1726	1.749	-2.1102	3.4083	-2.7488	2.8976	-0.0821	-0.1852	0.0642	0.1835	0.047	0.0525	-0.1639	0.0609	0.0351	0.1363	0.0312	0.0201	0.0367	-0.0193	0.1721	15.6574	3.8529	31.7956
2	6.6787	-0.8507	-4.0464	0.154	0.6391	3.0755	0.1133	-0.179	-0.0226	0.0256	0.0233	-0.0087	-0.0173	0.2488	-0.1366	0.114	0.0045	-0.0229	0.1114	-0.0385	0.136	28.2882	8.7156	14.2729
3	0.7185	0.0141	-0.6257	0.684	-0.7406	1.3416	0.0031	0.0432	-0.0922	0.0294	-0.0022	0.0516	0.0081	-0.0283	-0.0009	0.1119	-0.0133	0.0138	0.0219	-0.0604	0.1769	22.9385	-2.2845	20.6294
4	1.6046	-0.4147	-0.6444	0.177	-0.1567	1.8032	0.0267	0.2912	-0.0928	0.0001	-0.06	0.0236	0.0312	-0.1934	0.0334	0.1224	0.0046	-0.015	0.0581	-0.0325	0.1729	25.0806	0.8571	10.3053
5	0.3981	-0.2319	0.7931	0.6714	1.1425	6.6717	0.0141	0.025	-0.0461	0.0297	-0.0589	0.0155	0.2194	-0.0716	0.0448	0.0896	-0.0239	0.0246	0.0356	-0.0196	0.1528	19.4009	-2.3106	17.4787
6	0.5697	-0.4322	1.3616	0.6041	-0.6079	4.2527	-0.0193	0.0323	0.043	0.0914	0.0466	-0.1176	0.0798	-0.1097	-0.0273	0.0333	0.0116	0.007	0.2747	-0.0201	0.1214	40.0711	-15.7079	32.0427
7	1.4341	0.8286	-0.245	0.5036	-0.3141	2.168	0.1116	0.4516	-0.0873	0.0282	0.1734	-0.0333	0.4318	0.2227	-0.285	0.119	0.142	-0.033	0.3868	-0.0595	0.352	48.953	-12.8762	45.9306
8	1.9931	0.9656	0.3413	0.5081	-0.0042	1.0363	0.2281	0.0552	0.1388	0.0841	-0.0387	0.1042	0.1426	0.119	-0.1894	0.0675	0.0667	-0.0036	0.1552	-0.0122	0.2174	51.6546	-7.5459	56.4585
9	1.8703	-0.0045	-0.004	0.6495	0.5908	0.5467	0.0844	0.6172	0.2973	0.0066	0.1011	-0.1609	-0.0006	0.0824	-0.1855	0.0228	-0.0049	0.068	0.3283	0.0347	0.3225	42.3089	-8.9879	40.7058
10	2.3381	0.8775	0.8515	0.4136	0.2753	0.6725	-0.0136	-0.0703	0.2377	0.0433	-0.0627	0.2214	-0.0688	0.1331	0.0763	0.0344	-0.033	0.0634	0.077	-0.036	0.2589	47.2215	-3.0719	56.9339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	127 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	204 - 228
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	17 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	55 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	92 - 138
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	139 - 181
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	182 - 227

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)