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万見
- PDB-2xgl: The X-ray structure of the Escherichia coli colicin M immunity pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xgl
タイトルThe X-ray structure of the Escherichia coli colicin M immunity protein demonstrates the presence of a disulphide bridge, which is functionally essential
要素COLICIN-M IMMUNITY PROTEIN
キーワードANTIBIOTIC / BACTERIAL CELL WALL / BACTERIOCIN IMMUNITY / BACTERIAL IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity
類似検索 - 分子機能
YebF/Colicin-M immunity protein / YebF/Colicin-M immunity protein / YebF/Cmi superfamily / YebF-like protein / YebF/Cmi domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Colicin-M immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gerard, F. / Brooks, M.A. / Barreteau, H. / Touze, T. / Graille, M. / Bouhss, A. / Blanot, D. / Tilbeurgh, H.v. / Mengin-Lecreulx, D.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: X-Ray Structure and Site-Directed Mutagenesis Analysis of the Escherichia Coli Colicin M Immunity Protein.
著者: Gerard, F. / Brooks, M.A. / Barreteau, H. / Touze, T. / Graille, M. / Bouhss, A. / Blanot, D. / Tilbeurgh, H.V. / Mengin-Lecreulx, D.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLICIN-M IMMUNITY PROTEIN
B: COLICIN-M IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,08834
ポリマ－24,5892
非ポリマー1,49932
水27015
1
A: COLICIN-M IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,23019
ポリマ－12,2951
非ポリマー93618
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: COLICIN-M IMMUNITY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,85815
ポリマ－12,2951
非ポリマー56314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.000, 101.100, 43.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 28 - 99 / Label seq-ID: 6 - 77

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9594, 0.2821, 0.0041), (0.2821, 0.9594, 0.0019), (-0.0034, 0.003, -1)
ベクター: -0.0914, -0.0004, 33.8888)

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要素

#1: タンパク質 COLICIN-M IMMUNITY PROTEIN / MICROCIN-M IMMUNITY PROTEIN


分子量: 12294.682 Da / 分子数: 2 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 48-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 解説: PLASMID PCOLBM-C1139 / プラスミド: PET2160 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS RARE / 参照: UniProt: P18002
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CMI OPEN READING FRAME CONTAINS FOUR PUTATIVE ATG INITIATION CODONS. OLSCHLAGER AND COWORKERS ...THE CMI OPEN READING FRAME CONTAINS FOUR PUTATIVE ATG INITIATION CODONS. OLSCHLAGER AND COWORKERS EARLIER DETERMINED AS MKVIS THE N-TERMINAL AMINO ACID SEQUENCE OF THE PROTEIN EXPRESSED IN VIVO, DESIGNATING THE THIRD ATG AS THE ACTUAL TRANSLATION START SIGNAL (OLSCHLAGER, T., A. TURBA, AND V. BRAUN. 1991. BINDING OF THE IMMUNITY PROTEIN INACTIVATES COLICIN M. MOL MICROBIOL 5,1105-1111.)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 100 MM MES BUFFER, PH 6.5, AND 12% PEG 20,000, 90 MM CDSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.907
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月19日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ (KB) MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 6651 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→46.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 15.795 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.532 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26788 308 4.6 %RANDOM
Rwork0.22183 ---
obs0.22395 6342 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1478 0 32 15 1525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221529
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021049
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9632046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78832548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.32724.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97515270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.5893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1121.5362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60421438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9183636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5354.5608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1003 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
2Btight positional0.030.05
1Atight thermal0.050.5
2Btight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 24 -
Rwork0.311 410 -
obs--92.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20380.8949-1.59851.2904-2.81075.9257-0.04250.0379-0.0747-0.0862-0.017-0.02140.0090.05530.05960.08160.0188-0.01350.0095-0.01850.03119.1264-15.5874.8877
20.5879-0.4606-1.03761.89011.70934.211-0.00440.041-0.00150.009-0.02820.0553-0.06380.01590.03260.0208-0.0173-0.01140.01980.01750.0303-13.3353-12.001129.0649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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