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- PDB-5w7j: X-ray structure of the E89A variant of ankyrin repeat domain of D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7j
タイトルX-ray structure of the E89A variant of ankyrin repeat domain of DHHC17 in complex with Snap25b peptide
要素
  • Palmitoyltransferase ZDHHC17
  • Snap25b-111-120
キーワードPROTEIN BINDING / Palmitoyltransferases / DHHC17 / Snap25 / Ankyrin repeat domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / perforant pathway to dendrate granule cell synapse / protein-cysteine S-myristoyltransferase activity / protein-cysteine S-stearoyltransferase activity / postsynaptic Golgi apparatus / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / protein palmitoylation / protein S-acyltransferase / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / neurotransmitter uptake ...regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / perforant pathway to dendrate granule cell synapse / protein-cysteine S-myristoyltransferase activity / protein-cysteine S-stearoyltransferase activity / postsynaptic Golgi apparatus / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / protein palmitoylation / protein S-acyltransferase / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / neurotransmitter uptake / regulation of modification of synapse structure, modulating synaptic transmission / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / palmitoyltransferase activity / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / regulation of programmed cell death / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / synaptic vesicle docking / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / ribbon synapse / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / SNAP receptor activity / SNARE complex / Golgi-associated vesicle membrane / syntaxin-1 binding / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / Other interleukin signaling / lipoprotein transport / synaptic vesicle priming / regulation of neuron projection development / exocytosis / associative learning / tertiary granule membrane / synaptic vesicle exocytosis / voltage-gated potassium channel activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / specific granule membrane / somatodendritic compartment / photoreceptor inner segment / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / regulation of insulin secretion / axonogenesis / cell projection / Regulation of insulin secretion / locomotory behavior / trans-Golgi network / long-term synaptic potentiation / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / presynaptic membrane / growth cone / cell cortex / chemical synaptic transmission / cytoskeleton / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / neuron projection / Golgi membrane / signaling receptor binding / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Palmitoyltransferase, DHHC domain / DHHC palmitoyltransferase / DHHC domain profile. / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Ankyrin repeat-containing domain ...Palmitoyltransferase, DHHC domain / DHHC palmitoyltransferase / DHHC domain profile. / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptosomal-associated protein 25 / Palmitoyltransferase ZDHHC17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Verardi, R. / Kim, J.-S. / Ghirlando, R. / Banerjee, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1ZIAHD008928 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Substrate Recognition by the Ankyrin Repeat Domain of Human DHHC17 Palmitoyltransferase.
著者: Verardi, R. / Kim, J.S. / Ghirlando, R. / Banerjee, A.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Palmitoyltransferase ZDHHC17
B: Snap25b-111-120
C: Palmitoyltransferase ZDHHC17
D: Snap25b-111-120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2594
ポリマ－55,2594
非ポリマー00
水1,74797
1
A: Palmitoyltransferase ZDHHC17
B: Snap25b-111-120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6302
ポリマ－27,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
2
C: Palmitoyltransferase ZDHHC17
D: Snap25b-111-120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6302
ポリマ－27,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.736, 87.736, 128.007
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Palmitoyltransferase ZDHHC17 / Huntingtin yeast partner H / Huntingtin-interacting protein 14 / HIP-14 / Huntingtin-interacting ...Huntingtin yeast partner H / Huntingtin-interacting protein 14 / HIP-14 / Huntingtin-interacting protein 3 / HIP-3 / Huntingtin-interacting protein H / Putative MAPK-activating protein PM11 / Putative NF-kappa-B-activating protein 205 / Zinc finger DHHC domain-containing protein 17 / DHHC-17


分子量: 26645.379 Da / 分子数: 2 / 変異: E89A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZDHHC17, HIP14, HIP3, HYPH, KIAA0946, HSPC294 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IUH5, protein S-acyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Snap25b-111-120


分子量: 984.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60880*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Glycine pH 9.0, 18.5% PEG-4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 27219 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 31.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EU9

3eu9


解像度: 2.202→19.86 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 22.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 1323 4.86 %
Rwork0.1701 --
obs0.1721 27208 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 0 97 3805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8355161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.942641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005662
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2022-2.29030.2931230.25472477X-RAY DIFFRACTION83
2.2903-2.39440.31971500.23772774X-RAY DIFFRACTION93
2.3944-2.52040.23851630.21322830X-RAY DIFFRACTION96
2.5204-2.67790.26761330.20662949X-RAY DIFFRACTION98
2.6779-2.88410.26361490.20142898X-RAY DIFFRACTION98
2.8841-3.17330.2631490.2032970X-RAY DIFFRACTION99
3.1733-3.630.23871390.183006X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.56430.1791480.14192980X-RAY DIFFRACTION100
4.5643-19.86080.15091690.12763001X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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