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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zy7
タイトルCrystal structure of computationally redesigned gamma-adaptin appendage domain forming a symmetric homodimer
要素AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-1
キーワードENDOCYTOSIS / PROTEIN DESIGN / COMPUTATIONAL DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / melanosome assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / clathrin-coated vesicle / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit ...basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / melanosome assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / clathrin-coated vesicle / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / presynapse / early endosome / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / : / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / : / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / AP-1 complex subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Stranges, P.B. / Machius, M. / Miley, M.J. / Tripathy, A. / Kuhlman, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Computational Design of a Symmetric Homodimer Using Beta-Strand Assembly.
著者: Stranges, P.B. / Machius, M. / Miley, M.J. / Tripathy, A. / Kuhlman, B.
履歴
登録2011年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-1
B: AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6076
ポリマ－27,2752
非ポリマー3324
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-3.3 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.636, 44.248, 53.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AP-1 COMPLEX SUBUNIT GAMMA-1 / REDESIGNED CLATHRIN ADAPTOR AP1 / ADAPTER-RELATED PROTEIN CO ADAPTOR PROTEIN COMPLEX AP-1 SUBUNIT ...REDESIGNED CLATHRIN ADAPTOR AP1 / ADAPTER-RELATED PROTEIN CO ADAPTOR PROTEIN COMPLEX AP-1 SUBUNIT GAMMA-1 / CLATHRIN ASSEMBLY PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA-1 LARGE CHAIN / GAMMA-ADAPTIN / GAMMA1-ADAPTIN / GOLGI ADAPTOR HA1/AP1 ADAPTIN SUBUNIT GAMMA-1


分子量: 13637.434 Da / 分子数: 2
断片: COMPUTATIONALLY REDESIGNED GAMMA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 704-822
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PQE-80L MBP FUSION VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22892
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 711 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 712 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 711 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 712 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 713 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 800 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 802 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 803 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 805 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 806 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 807 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 809 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 810 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 711 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 712 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 713 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 800 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 802 TO TRP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 803 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 805 TO TYR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 806 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 807 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 809 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 810 TO GLU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: PROTEIN SOLUTION: 20MM MES PH 6M 150MM NACL WELL SOLUTION: 0.1M NA ACETATE PH 5, 20% (W/V) PEG 8K, 6% (V/V) 2-PROPANOL CRYOPROTECTANT: WELL SOLUTION PLUS 15% (V/V) ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月26日 / 詳細: K-B PAIR OF BIOMORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→23.14 Å / Num. obs: 90534 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 11.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 1.09→1.1 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 44.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A7B

2a7b


解像度: 1.09→23.135 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.27 / 位相誤差: 17.48 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES -1 TO 0 AND 23-26 ARE DISORDERED IN CHAINS A AND B
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 4502 5 %
Rwork0.158 --
obs0.1592 90295 92.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.288 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4479 Å20 Å2-0.0563 Å2
2---0.9722 Å20 Å2
3---0.5243 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→23.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1842 0 22 298 2162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3993001
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.058821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.09-1.10240.2975890.28171343X-RAY DIFFRACTION44
1.1024-1.11540.2956730.26191664X-RAY DIFFRACTION54
1.1154-1.1290.2931970.24031914X-RAY DIFFRACTION61
1.129-1.14330.27471040.23042113X-RAY DIFFRACTION69
1.1433-1.15830.25431260.20932406X-RAY DIFFRACTION77
1.1583-1.17420.25771400.19562628X-RAY DIFFRACTION86
1.1742-1.1910.21540.18112861X-RAY DIFFRACTION93
1.191-1.20870.17781410.18433059X-RAY DIFFRACTION99
1.2087-1.22760.20971530.17163110X-RAY DIFFRACTION100
1.2276-1.24770.20431610.15753046X-RAY DIFFRACTION100
1.2477-1.26930.18091680.15063091X-RAY DIFFRACTION100
1.2693-1.29230.16631590.14643069X-RAY DIFFRACTION100
1.2923-1.31720.181700.14233043X-RAY DIFFRACTION100
1.3172-1.34410.16371470.13983083X-RAY DIFFRACTION100
1.3441-1.37330.15131550.13733074X-RAY DIFFRACTION99
1.3733-1.40520.17111590.13483067X-RAY DIFFRACTION99
1.4052-1.44040.18561530.12773095X-RAY DIFFRACTION100
1.4404-1.47930.15161590.12173068X-RAY DIFFRACTION99
1.4793-1.52280.16111690.12463081X-RAY DIFFRACTION100
1.5228-1.5720.14571570.12743104X-RAY DIFFRACTION100
1.572-1.62820.16221650.12783071X-RAY DIFFRACTION100
1.6282-1.69330.15991850.13243068X-RAY DIFFRACTION100
1.6933-1.77040.17891500.13623126X-RAY DIFFRACTION100
1.7704-1.86370.17111670.14263072X-RAY DIFFRACTION100
1.8637-1.98040.17651520.14273109X-RAY DIFFRACTION100
1.9804-2.13320.16381870.14213073X-RAY DIFFRACTION100
2.1332-2.34770.17171650.14213119X-RAY DIFFRACTION100
2.3477-2.68690.14691490.15823141X-RAY DIFFRACTION100
2.6869-3.38360.18141840.17123109X-RAY DIFFRACTION99
3.3836-23.14050.20841640.19162986X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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