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- PDB-4rkm: Wolinella succinogenes octaheme sulfite reductase MccA, form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rkm
タイトルWolinella succinogenes octaheme sulfite reductase MccA, form I
要素MccA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / multiheme cytochrome c / sulfite reductase / periplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors / sulfite reductase activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / anaerobic respiration / protein homotrimerization / cuprous ion binding / periplasmic space / heme binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Dissimilatory sulfite reductase / : / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / COPPER (I) ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SULFUR DIOXIDE / SULFUR OXIDE / Dissimilatory sulfite reductase MccA
類似検索 - 構成要素
生物種Wolinella succinogenes DSM 1740 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hermann, B. / Kern, M. / La Pietra, L. / Simon, J. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: The octahaem MccA is a haem c-copper sulfite reductase.
著者: Hermann, B. / Kern, M. / La Pietra, L. / Simon, J. / Einsle, O.
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年6月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MccA
B: MccA
C: MccA
D: MccA
E: MccA
F: MccA
H: MccA
I: MccA
J: MccA
K: MccA
L: MccA
G: MccA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,048,876173
ポリマ－985,05212
非ポリマー63,824161
水52,8562934
1
A: MccA
B: MccA
C: MccA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,26644
ポリマ－246,2633
非ポリマー16,00341
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45050 Å2
ΔGint-597 kcal/mol
Surface area65750 Å2
手法PISA
2
D: MccA
E: MccA
K: MccA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,12742
ポリマ－246,2633
非ポリマー15,86439
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44480 Å2
ΔGint-604 kcal/mol
Surface area65920 Å2
手法PISA
3
F: MccA
I: MccA
J: MccA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,21843
ポリマ－246,2633
非ポリマー15,95440
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44600 Å2
ΔGint-599 kcal/mol
Surface area65540 Å2
手法PISA
4
H: MccA
L: MccA
G: MccA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,26644
ポリマ－246,2633
非ポリマー16,00341
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44770 Å2
ΔGint-608 kcal/mol
Surface area65380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.121, 103.042, 233.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFHIJKLG

#1: タンパク質
MccA


分子量: 82087.703 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal double StrepTag(II)
由来: (組換発現) Wolinella succinogenes DSM 1740 (バクテリア)
株: ATCC 29543 / DSM 1740 / LMG 7466 / NCTC 11488 / FDC 602W
遺伝子: mccA, WS0379 / 発現宿主: Wolinella succinogenes (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7MSJ8

-
非ポリマー , 7種, 3095分子

#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-SX / SULFUR OXIDE / スルフィニル


分子量: 48.064 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: OS
#4: 化合物...
ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物...
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#7: 化合物
ChemComp-SO2 / SULFUR DIOXIDE / 二酸化硫黄


分子量: 64.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2934 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 12% PEG 5000 MME, 0.1M HEPES/NaOH, 5% tacsimate pH 7.0, 4mM Zwittergent 3-12, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.381 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.381 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.37 Å / Num. obs: 500807 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 9.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.059 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22011 24857 5 %RANDOM
Rwork0.18365 ---
all0.18546 500807 --
obs0.18546 475210 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å21.45 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数62698 0 4382 2934 70014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01969247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0262613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3092.02794632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7763144121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80957897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88224.2353060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7521511343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.00515336
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.29057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0279291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.0217173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1813.89931636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1813.89931634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it25.84339509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other25.84339510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2673.90737611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2673.90637605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.175.76355121
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.88335.954311957
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.88335.954311958
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 1812 -
Rwork0.321 34964 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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