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- PDB-4rki: Crystal structure of sliding beta clamp from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rki
タイトルCrystal structure of sliding beta clamp from Helicobacter pylori
要素DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE / Processivity promoting factor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement SAD / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Satyawali, P. / Tarique, K.F. / Abdul Rehman, S.A. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural insight into beta-Clamp and its interaction with DNA Ligase in Helicobacter pylori.
著者: Pandey, P. / Tarique, K.F. / Mazumder, M. / Rehman, S.A. / Kumari, N. / Gourinath, S.
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3101
ポリマ－43,3101
非ポリマー00
水99155
1
A: DNA polymerase III subunit beta

A: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6192
ポリマ－86,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2290 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area35060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.534, 65.886, 82.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta


分子量: 43309.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: 26695 / 遺伝子: dnaN, HP_0500 / プラスミド: pET28(b) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25242, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 6% Peg20000, 20% Peg550MME, 0.1M Hepes+MOPS pH7.3, 0.2M Ammonium citrate dibasic, 10mM MgCl2+10mM SrCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.769 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.769 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 52832 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 29.43
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 2442 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: molecular replacement SAD
開始モデル: 2AWA

2awa


解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 12.635 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24729 1358 5 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs0.21658 25673 98.56 %-
all-52832 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.16 Å20 Å21.33 Å2
2---5.05 Å2-0 Å2
3---0.42 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2967 0 0 55 3022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1361.9844062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67836890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3855373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80726.063127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66415596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.69155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8013.3781495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8013.3771494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8645.0611867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8645.0631868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0423.7031523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0413.7041524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2875.4392196
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.73326.9043239
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.71926.8193225
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 90 -
Rwork0.295 1581 -
obs--84.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.481 Å / Origin y: 32.974 Å / Origin z: 16.539 Å
111213212223313233
T0.1038 Å20.0375 Å20.0285 Å2-0.3124 Å20.0144 Å2--0.0157 Å2
L1.6299 °2-0.4643 °2-0.0798 °2-0.2621 °20.0131 °2--0.6244 °2
S-0.0008 Å °0.3054 Å °-0.021 Å °-0.1055 Å °-0.0865 Å °-0.0118 Å °0.0884 Å °-0.0193 Å °0.0873 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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