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万見
- PDB-4rk4: Crystal structure of LacI family transcriptional regulator from L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rk4
タイトルCrystal structure of LacI family transcriptional regulator from Lactobacillus casei, Target EFI-512911, with bound glucose
要素Transcriptional regulator, LacI family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / sugar binding / transcription regulation / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics / transcriptional factor / D-glucose
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Transcriptional regulator, LacI family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei ATCC 334 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of LacI Transcriptional Regulator Lsei_2103 from Lactobacillus casei, Target EFI-512911
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8343
ポリマ－30,6311
非ポリマー2032
水5,116284
1
A: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6686
ポリマ－61,2622
非ポリマー4064
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area3840 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.854, 108.854, 125.885
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-281-

PHE

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, LacI family


分子量: 30630.756 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-333 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei ATCC 334 (バクテリア)
遺伝子: LSEI_2103 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q036L9
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein in 10 mM Bis-Tris, 500 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM DTT, TEV protease (1:100 ratio), reservoir: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, pH 6.5, 14.4% PEG8000, 20% ...詳細: protein in 10 mM Bis-Tris, 500 mM sodium chloride, 10% glycerol, 5 mM DTT, TEV protease (1:100 ratio), reservoir: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, pH 6.5, 14.4% PEG8000, 20% glycerol, cryoprotectant = reservoir + 100 mM glucose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. obs: 67029 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 40.1
反射 シェル解像度: 1.32→1.34 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RK3

3rk3


解像度: 1.32→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.303 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SIDE CHAIN ATOMS (CG, CD1, CD2, CE1, CE2, CZ) OF RESIDUE A PHE 281 ARE ON A SPECIAL POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15246 2119 3.2 %RANDOM
Rwork0.12561 ---
obs0.1264 64856 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 13 284 2346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0192157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0381.9562947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42334791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8275286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.93624.08298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76715343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7861514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7172.2761096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7192.2761095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7843.4151371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7833.4151372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2182.7071055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2182.7061055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9263.8911561
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.37112.2252602
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.28811.7092447
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.29534238
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.96577
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.25454406
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 149 -
Rwork0.215 4743 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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