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万見
- PDB-4rkr: Crystal structure of LacI family transcriptional regulator from A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rkr
タイトルCrystal structure of LacI family transcriptional regulator from Arthrobacter sp. FB24, target EFI-560007, complex with lactose
要素Transcriptional regulator, LacI family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / sugar binding / transcription regulation / Enzyme Function Initiative / EFI / structural genomics / transcriptional factor / lactose
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / Transcriptional regulator, LacI family
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of LacI Transcriptional Regulator PurR from Arthrobacter Sp, Target Nysgxrc 11027R
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, LacI family
B: Transcriptional regulator, LacI family
C: Transcriptional regulator, LacI family
D: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,2858
ポリマ－123,9164
非ポリマー1,3694
水8,035446
1
A: Transcriptional regulator, LacI family
B: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6424
ポリマ－61,9582
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21760 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator, LacI family
D: Transcriptional regulator, LacI family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6424
ポリマ－61,9582
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.936, 124.912, 117.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A0 - 500
2114B0 - 500
3114C0 - 500
4114D0 - 500

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.963497, 0.014512, 0.267326), (0.023865, -0.989899, 0.139753), (0.266654, 0.141031, 0.953418)68.59874, 40.47886, -12.44951
3given(0.920036, -0.006071, -0.391788), (-0.005948, -0.999981, 0.001527), (-0.391789, 0.000925, -0.920054)14.9385, 69.99606, 72.46032
4given(-0.992405, -0.022322, 0.120972), (-0.039093, 0.989648, -0.13809), (-0.116638, -0.14177, -0.983004)76.05155, -17.80325, 70.0656

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, LacI family


分子量: 30978.941 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 59-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 株: FB24 / 遺伝子: Arth_3918 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0K1X3
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化pH: 6.5
詳細: Protein: 10 mM bis-tris, 500 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT reservoir: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M MES:HAOH, pH 6.5, 30% (w/v) PEG 400; cryoprotection: reservoir plus 20 mM lactose; ...詳細: Protein: 10 mM bis-tris, 500 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT reservoir: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M MES:HAOH, pH 6.5, 30% (w/v) PEG 400; cryoprotection: reservoir plus 20 mM lactose; vapor diffusion, sitting drop, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROCK CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 52910 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.23 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RKQ

4rkq


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.846 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25183 1588 3 %RANDOM
Rwork0.17142 ---
obs0.17387 51293 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å2-0 Å2-2.3 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7956 0 92 446 8494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.98511147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71318192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85251079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04323.374326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34151271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7661568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it12.5796.9134328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other12.5896.9114327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.34110.7945400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.34310.7975401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it20.9718.2323870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other20.9718.2323870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other20.17912.2625747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.72430.0999322
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.72430.0999322
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3844 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.340.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.370.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.320.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.410.5
1AMEDIUM THERMAL9.3710
2BMEDIUM THERMAL8.9510
3CMEDIUM THERMAL8.9810
4DMEDIUM THERMAL10.610
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 106 -
Rwork0.291 3640 -
obs--95.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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