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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o74 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cra transcriptional dual regulator from Pseudomonas putida | ||||||
要素 | Fructose transport system repressor FruR | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Dual transcriptional regulator / DNA (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to fructose / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chavarria, M. / Santiago, C. / Platero, R. / Krell, T. / Casasnovas, J.M. / de Lorenzo, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Fructose 1-phosphate is the preferred effector of the metabolic regulator Cra of Pseudomonas putida 著者: Chavarria, M. / Santiago, C. / Platero, R. / Krell, T. / Casasnovas, J.M. / de Lorenzo, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o74.cif.gz | 220.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o74.ent.gz | 185.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o74.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/3o74 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30044.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) 株: KT2440 / 遺伝子: ECK0081 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88PQ6 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FULL SEQUENCE OF THIS PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION IS (MSE)GSSHHHHHHSSGVRGSH(MSE) ...THE FULL SEQUENCE OF THIS PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZ | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS. |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Mes pH 6.5, 0.2M NaAc, 15% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97925 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97925 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→59 Å / Num. obs: 66131 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Num. measured all: 254515 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→14.928 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.844 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.413 Å2 / ksol: 0.383 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.85 Å2 / Biso mean: 40.8265 Å2 / Biso min: 14.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→14.928 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.9019 Å / Origin y: -4.459 Å / Origin z: 33.4317 Å
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精密化 TLSグループ |
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