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- PDB-4rjz: Crystal structure of ATU4361 sugar transporter from Agrobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rjz
タイトルCrystal structure of ATU4361 sugar transporter from Agrobacterium fabrum C58, target EFI-510558, an open conformation
要素ABC transporter, substrate binding protein (Sugar)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ABC-TYPE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ABC transporter, substrate binding protein (Sugar)
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Maltoside Transporter ATU4361 from Agrobacterium Fabrum, Target EFI-510558
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, substrate binding protein (Sugar)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5943
ポリマ－45,5201
非ポリマー752
水11,223623
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.617, 41.263, 70.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

21A-742-

HOH

31A-794-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ABC transporter, substrate binding protein (Sugar)


分子量: 45519.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: Atu4361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CGI0
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.67 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 10% GLYCEROL, 5 MM DTT; RESERVOIR: 0.1M POTASSIUM THIOCYANITE, PH 7.5, 30% PEG MME2000; CRYOPROTECTION: RESERVOIR, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROCK CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→50 Å / Num. obs: 120823 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.17→1.19 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QSC

4qsc


解像度: 1.17→35.567 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1646 3546 2.94 %
Rwork0.1294 --
obs0.1304 120623 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→35.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2967 0 2 623 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3384395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0561223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1703-1.18630.31741250.26854319X-RAY DIFFRACTION92
1.1863-1.20330.22881410.25114573X-RAY DIFFRACTION98
1.2033-1.22120.25591420.22414598X-RAY DIFFRACTION98
1.2212-1.24030.26031350.20584692X-RAY DIFFRACTION100
1.2403-1.26070.23021420.19094679X-RAY DIFFRACTION99
1.2607-1.28240.22041370.1774676X-RAY DIFFRACTION100
1.2824-1.30570.21991430.16374688X-RAY DIFFRACTION100
1.3057-1.33080.21581450.1464669X-RAY DIFFRACTION100
1.3308-1.3580.1731290.13534693X-RAY DIFFRACTION100
1.358-1.38750.16451300.12884708X-RAY DIFFRACTION100
1.3875-1.41980.16121360.11154703X-RAY DIFFRACTION100
1.4198-1.45530.13981310.09984712X-RAY DIFFRACTION100
1.4553-1.49470.14891550.09424714X-RAY DIFFRACTION100
1.4947-1.53860.11991410.09144713X-RAY DIFFRACTION100
1.5386-1.58830.1351500.0924718X-RAY DIFFRACTION100
1.5883-1.64510.12271580.08844706X-RAY DIFFRACTION100
1.6451-1.71090.11911280.0984741X-RAY DIFFRACTION100
1.7109-1.78880.15521570.10054717X-RAY DIFFRACTION100
1.7888-1.88310.14651540.10474750X-RAY DIFFRACTION100
1.8831-2.00110.14111470.1094747X-RAY DIFFRACTION100
2.0011-2.15560.13941380.11144785X-RAY DIFFRACTION100
2.1556-2.37250.15281320.11764778X-RAY DIFFRACTION100
2.3725-2.71570.15741590.12714804X-RAY DIFFRACTION99
2.7157-3.4210.16931520.14484720X-RAY DIFFRACTION97
3.421-35.58380.19611390.15494474X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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