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- PDB-4ri0: Serine Protease HtrA3, mutationally inactivated -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ri0
タイトルSerine Protease HtrA3, mutationally inactivated
要素Serine protease HTRA3
キーワードHYDROLASE / structural genomics / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / National Science Center - Poland / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / serine-type peptidase activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / PDZ domain / Kazal type serine protease inhibitors / Peptidase S1C / Kazal domain superfamily / Trypsin-like peptidase domain ...Insulin-like growth factor binding protein / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Kazal-type serine protease inhibitor domain / PDZ domain / Kazal type serine protease inhibitors / Peptidase S1C / Kazal domain superfamily / Trypsin-like peptidase domain / Kazal domain / Kazal domain profile. / Thrombin, subunit H - #120 / PDZ domain / Pdz3 Domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine protease HTRA3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.272 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Glaza, P. / Wenta, T. / Lipinska, B. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Analysis of Human HtrA3 Protease and Its Subdomains.
著者: Glaza, P. / Osipiuk, J. / Wenta, T. / Zurawa-Janicka, D. / Jarzab, M. / Lesner, A. / Banecki, B. / Skorko-Glonek, J. / Joachimiak, A. / Lipinska, B.
履歴
登録2014年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease HTRA3
B: Serine protease HTRA3
C: Serine protease HTRA3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1275
ポリマ－108,9373
非ポリマー1902
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.981, 118.981, 167.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resid 135 through 344 )
21chain B and (resid 135 through 344 )
31chain C and (resid 135 through 344 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and (resid 135 through 344 )A0
211chain B and (resid 135 through 344 )B0
311chain C and (resid 135 through 344 )C0
詳細biological unit is the same as asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Serine protease HTRA3 / High-temperature requirement factor A3 / Pregnancy-related serine protease


分子量: 36312.293 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 130-453 / 変異: S305A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA3, PRSP / プラスミド: pET-coco2 modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)del_clpP
参照: UniProt: P83110, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1 M potassium/sodium phosphate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→40.76 Å / Num. all: 18953 / Num. obs: 18953 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 109.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.195 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.27-3.339.70.8552.729271.06899.8
3.33-3.399.60.7799401.10199.7
3.39-3.459.70.689431.07999.6
3.45-3.529.70.5169291.1299.4
3.52-3.69.70.4569571.09999.7
3.6-3.689.70.4069221.10699.2
3.68-3.779.80.3149121.08799.2
3.77-3.889.70.2489631.12699.3
3.88-3.999.60.2019311.10499.3
3.99-4.129.70.1489491.13798.9
4.12-4.279.80.1119291.15998.5
4.27-4.449.60.0919421.23398.9
4.44-4.649.70.0799461.27598.5
4.64-4.889.60.0769441.29398.4
4.88-5.199.50.0739531.40898.5
5.19-5.599.60.0819511.45797.9
5.59-6.159.50.089571.44197.8
6.15-7.049.20.0599671.27897.3
7.04-8.8690.0359811.20497
8.86-508.70.02810101.11592.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NZI

3nzi


解像度: 3.272→40.758 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 935 4.95 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.201 18907 98.36 %-
all-18907 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 235.04 Å2 / Biso mean: 112.6819 Å2 / Biso min: 61.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.272→40.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5367 0 10 3 5380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8297426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004958
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4172008
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2648X-RAY DIFFRACTION13.827TORSIONAL
12B2648X-RAY DIFFRACTION13.827TORSIONAL
13C2648X-RAY DIFFRACTION13.827TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.272-3.44440.3171320.26592505263799
3.4444-3.66010.30861180.25292571268999
3.6601-3.94250.29111350.23882532266799
3.9425-4.33880.23791190.19212565268499
4.3388-4.96570.21490.16642553270299
4.9657-6.25270.2291460.19562587273398
6.2527-40.76130.20921360.18932659279596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3519-1.3129-0.59771.79431.77691.4656-0.4382-0.36380.40370.5050.3618-0.1045-0.241-0.1060.10221.08610.0295-0.04370.99160.1740.77339.327955.822424.1509
24.84830.3709-1.35925.70480.02392.6352-0.363-0.88270.00240.51180.4372-0.1906-0.0049-0.17290.05690.89870.0805-0.1071.08620.17750.771449.399645.865724.549
38.0924-1.0172.33416.34771.04146.32420.0377-0.147-0.1887-0.08230.2170.028-0.1880.0977-0.14080.69230.04330.08940.80490.16250.736433.669649.420415.4328
42.7007-2.547-1.60632.13931.7220.9529-0.6903-0.5949-1.07070.47030.62620.53980.01740.06140.20850.9066-0.07930.01071.14060.42241.099247.829132.335120.4359
55.8743-1.58852.1328.4391-0.66217.92760.2649-0.25121.3007-0.66090.12140.45-0.133-0.3190.14540.8575-0.0791-0.02751.04850.24371.263770.949344.46858.6526
66.3037-1.8843-1.12378.0251-2.64674.9589-0.0168-0.20560.0393-0.01180.06170.36610.0277-0.0021-0.20380.7613-0.0752-0.20821.08070.22740.970774.312534.637511.2914
72.1282.6021-0.06044.3061-2.5294.77630.53110.23330.4934-0.941-0.7710.34920.4671-1.5639-0.32021.10350.10540.00011.1160.09341.095518.247945.514127.6468
82.72860.3865-1.19821.72870.55574.6516-0.7039-0.1991-1.02630.3260.26480.76541.07360.3501-0.41240.8699-0.0144-0.10160.82150.11011.040516.11642.87960.5233
92.4819-1.4384-3.6784.3532.39665.28470.33210.618-0.2605-0.49260.0025-0.03780.5037-0.6984-0.09511.11080.0542-0.37230.93860.0931.099217.815242.3628-14.0931
101.50370.0217-2.05781.1068-0.34995.7133-0.490.04940.40140.5053-0.16290.9628-0.277-1.0320.52911.0252-0.0482-0.27671.3321-0.09381.45612.816738.9163-10.8913
113.52833.1638-0.28664.68810.85386.4842-0.4132-0.23240.0178-0.6551-0.06371.03160.2848-0.74050.32280.8914-0.0674-0.15461.1572-0.111.20166.900145.6476-5.9016
121.88942.56391.21515.14991.63435.7186-0.6178-0.4296-0.64150.9321-0.23371.630.5427-0.82350.23020.86580.0961-0.00731.15280.04771.069216.265752.56545.0602
133.13632.297-1.83914.00190.83294.971-0.4754-0.37690.16390.2950.19030.0335-0.5260.36710.05751.09120.18370.01331.08710.18440.812617.627561.31732.7793
146.81382.5971.43914.97431.73263.88040.9948-0.48150.0726-0.1738-0.45960.4209-0.3872-0.3752-0.07240.88340.1041-0.03940.9350.10040.842317.681952.9792.8804
154.29382.1073-1.03993.2946-0.21934.2730.27560.2590.2974-0.0521-0.47160.4932-1.1213-0.88010.47730.96590.2179-0.21211.10160.06351.048412.301458.3149-5.2308
160.96531.3019-0.03143.65230.5863.2642-0.0655-0.13960.50260.17920.3831.6669-0.4623-0.8137-0.23081.03420.3326-0.08191.01690.0911.279315.479870.933212.5546
173.9708-0.70780.01473.3484-2.91372.6078-0.14550.36560.26320.33340.25850.2931-0.3661-0.0270.09171.14350.0538-0.19260.7535-0.06680.851624.680588.86-0.8396
183.4120.4031-3.76982.0204-1.34734.91540.43770.14330.46810.7698-0.05690.4469-1.188-0.0738-0.2681.57250.1331-0.08071.0349-0.14651.173525.894289.03176.5736
194.2021-0.60581.27694.30081.99841.4234-0.4344-0.40820.73551.06580.33590.0247-0.6429-0.55860.2911.25040.0826-0.03371.00750.01260.940123.682279.194715.6434
204.74291.6733-0.88295.22342.87683.0816-0.3358-0.19390.19920.79960.0484-0.20280.3793-0.02990.15790.9267-0.0257-0.05380.9320.18530.741629.193569.838615.2262
214.22552.9882-1.67532.1226-0.7823.7538-0.72180.91592.10260.09710.70380.5269-1.54761.14610.46821.4252-0.0505-0.17631.04620.11610.804631.552274.359313.7077
221.71581.6381-0.49482.526-1.28550.83760.3531-1.21790.20481.2848-1.3732-1.099-1.65270.0816-0.15552.0657-0.1888-0.3751.2770.21531.169434.609480.073219.9186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 135 through 179 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 180 through 246 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 247 through 328 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 329 through 356 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 357 through 400 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 401 through 459 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 130 through 141 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 142 through 162 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 163 through 201 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 202 through 223 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 224 through 246 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 247 through 267 )B0
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 297 through 315 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 316 through 344 )B0
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 162 through 181 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 182 through 223 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 224 through 267 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 268 through 315 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 316 through 323 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 327 through 344 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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