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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rhv | ||||||||||||
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タイトル | THE USE OF MOLECULAR-REPLACEMENT PHASES FOR THE REFINEMENT OF THE HUMAN RHINOVIRUS 14 STRUCTURE | ||||||||||||
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![]() | VIRUS / RHINOVIRUS COAT PROTEIN / Icosahedral virus | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() | ||||||||||||
![]() | Arnold, E. / Rossmann, M.G. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: The use of molecular-replacement phases for the refinement of the human rhinovirus 14 structure. 著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G. #1: ![]() タイトル: Analysis of the Structure of Human Rhinovirus 14 Refined at a Resolution of 3.0 Angstroms 著者: Arnold, E. / Rossmann, M.G. #2: ![]() タイトル: The Structure Determination of a Common Cold Virus, Human Rhinovirus 14 著者: Arnold, E. / Vriend, G. / Luo, M. / Griffith, J.P. / Kamer, G. / Erickson, J.W. / Johnson, J.E. / Rossmann, M.G. #3: ![]() タイトル: Implications of the Picornavirus Capsid Structure for Polyprotein Structure 著者: Arnold, E. / Luo, M. / Vriend, G. / Rossmann, M.G. / Palmenberg, A.C. / Parks, G.D. / Nicklin, M.J.H. / Wimmer, E. #4: ![]() タイトル: The Site of Attachment in Human Rhinovirus 14 for Antiviral Agents that Inhibit Uncoating 著者: Smith, T.J. / Kremer, M.J. / Luo, M. / Vriend, G. / Arnold, E. / Kamer, G. / Rossmann, M.G. / Mckinlay, M.A. / Diana, G.D. / Otto, M.J. #5: ![]() タイトル: The Structure of a Human Common Cold Virus (Rhinovirus 14) and its Evolutionary Relations to Other Viruses 著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Vriend, G. #6: ![]() タイトル: Structure of a Human Common Cold Virus and Functional Relationship to Other Picornaviruses 著者: Rossmann, M.G. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Griffith, J.P. / Hecht, H.-J. / Johnson, J.E. / Kamer, G. / Luo, M. / Mosser, A.G. / Rueckert, R.R. / Sherry, B. / Vriend, G. #7: ![]() タイトル: Virion Orientation in Cubic Crystals of the Human Common Cold Virus Hrv14 著者: Arnold, E. / Erickson, J.W. / Fout, G.S. / Frankenberger, E.A. / Hecht, H.-J. / Luo, M. / Rossmann, M.G. / Rueckert, R.R. #8: ![]() タイトル: Picornaviruses of Two Different Genera Have Similar Structures 著者: Luo, M. / Arnold, E. / Erickson, J.W. / Rossmann, M.G. / Boege, U. / Scraba, D.G. #9: ![]() タイトル: Crystallization of a Common Cold Virus, Human Rhinovirus 14. (Quote)Isomorphism(Quote) with Poliovirus Crystals 著者: Erickson, J.W. / Frankenberger, E.A. / Rossmann, M.G. / Fout, G.S. / Medappa, K.C. / Rueckert, R.R. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THERE IS A BIFURCATED SHEET IN EACH OF CHAINS *1*, *2*, AND *3*. TO REPRESENT THIS FEATURE ...SHEET THERE IS A BIFURCATED SHEET IN EACH OF CHAINS *1*, *2*, AND *3*. TO REPRESENT THIS FEATURE REDUNDANT SHEETS ARE DEFINED. THUS SHEETS B11 AND B12 DIFFER ONLY IN STRAND 4, SHEETS B12 AND B22 DIFFER ONLY IN STRAND 4, AND SHEETS B13 AND B23 DIFFER IN STRANDS 1 AND 4 (DOUBLY BIFURCATED). |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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その他 | ![]() |
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文書・要旨 | ![]() | 445 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 528.8 KB | 表示 | |
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CIF形式データ | ![]() | 58.9 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
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3 | ![]()
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | ![]()
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6 | ![]()
| x 20||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 2 83 IS A CIS PROLINE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32560.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28501.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 26236.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 7183.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Rhinovirus / 生物種: Human rhinovirus B / 細胞株 (発現宿主): HeLa cells / 発現宿主: ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Arnold, E., (1984) J.Mol.Biol., 177, 417. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 | *PLUS
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解析
精密化 | 解像度: 3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.16 / σ(F): 3 | ||||||||||||
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
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精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.16 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |