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万見
- PDB-4rgj: Apo crystal structure of CDPK4 from Plasmodium falciparum, PF3D7_... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgj
タイトルApo crystal structure of CDPK4 from Plasmodium falciparum, PF3D7_0717500
要素Calcium-dependent protein kinase 4
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / cdpk / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calmodulin-dependent protein kinase activity / catalytic activity / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calmodulin-dependent protein kinase activity / catalytic activity / cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-dependent protein kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. ...Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Lovato, D.V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Apo crystal structure of CDPK4 from Plasmodium falciparum, PF3D7_0717500
著者: Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...著者: Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Lovato, D.V.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-dependent protein kinase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9961
ポリマ－59,9961
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.654, 75.548, 92.562
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calcium-dependent protein kinase 4


分子量: 59995.738 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-528 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: CDPK4, CPK4, PF07_0072 / プラスミド: DH5-alpha
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q8IBS5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5% glycerol, 1 mM Nilotinib, 5 mM TCEP, 28% PEG2000 MME, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月21日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.303→56.162 Å / Num. all: 22508 / Num. obs: 22486 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.222 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.303-2.346.10.4962.7610920.617100
2.34-2.386.10.43411110.642100
2.38-2.436.10.39211170.671100
2.43-2.486.10.33910750.695100
2.48-2.536.10.30711170.684100
2.53-2.596.10.25211030.76100
2.59-2.656.10.22511090.809100
2.65-2.736.10.18411120.86199.9
2.73-2.816.10.16811170.93699.9
2.81-2.96.10.12711151.024100
2.9-36.10.11411031.158100
3-3.1260.09811201.185100
3.12-3.2660.08211161.39100
3.26-3.4360.0711381.564100
3.43-3.6560.06111241.817100
3.65-3.935.90.05711302.059100
3.93-4.335.80.05311462.424100
4.33-4.955.70.04811452.388100
4.95-6.235.60.04211711.593100
6.23-305.30.02912251.27598.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4QOX

4qox


解像度: 2.303→56.162 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.195 / FOM work R set: 0.8155 / SU B: 16.225 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.3766 / SU Rfree: 0.2531 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 1123 5 %RANDOM
Rwork0.2014 ---
all0.2041 21427 --
obs0.2041 21316 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.27 Å2 / Biso mean: 53.884 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-0 Å20 Å2
2---1.61 Å2-0 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→56.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 0 0 57 3717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1841.975169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75838485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.475481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99825.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.94415725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.6791516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7383.2041906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7363.2021905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8734.7872393
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 66 -
Rwork0.231 1498 -
all-1564 -
obs--95.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4857-5.6869-3.168513.49548.21825.99550.41590.0836-0.3918-0.5621-0.50520.72330.336-0.62540.08930.7338-0.10530.00830.72440.03090.90085.9642-30.3083-12.9389
25.2713-1.7683-2.29878.0481.72056.4838-0.00840.0888-0.0514-0.1390.0275-0.1879-0.13040.2633-0.01910.13410.00990.02360.13470.01650.1476-4.4703-14.6799-6.377
33.94631.8528-1.20952.8656-1.63772.9818-0.42660.8251-0.0554-0.32660.4729-0.0126-0.0377-0.4684-0.04630.1859-0.040.02120.2827-0.02720.1098-15.3019-24.7032-4.8704
42.7096-1.21190.11571.8677-0.82183.326-0.0161-0.11190.0620.0343-0.1945-0.2342-0.15430.08930.21060.16640.0103-0.02050.0597-0.00340.1984-6.3312-32.50119.875
52.9339-0.1259-0.96862.4332-0.25462.6502-0.2463-0.0753-0.5517-0.0199-0.0998-0.00080.23280.11840.34610.15390.05550.02990.03340.04560.245-5.401-46.001512.3545
60.5318-0.04750.49983.13-2.32132.99570.0182-0.0113-0.1105-0.14610.0167-0.16030.1455-0.1879-0.0350.15950.01570.03140.0815-0.01630.117715.393-31.194-15.6009
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2A58 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3A101 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4A151 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5A232 - 355
6X-RAY DIFFRACTION6A356 - 528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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