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Yorodumi- PDB-4rgj: Apo crystal structure of CDPK4 from Plasmodium falciparum, PF3D7_... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rgj | ||||||
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Title | Apo crystal structure of CDPK4 from Plasmodium falciparum, PF3D7_0717500 | ||||||
Components | Calcium-dependent protein kinase 4 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / cdpk / malaria | ||||||
Function / homology | Function and homology information calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / catalytic activity / cell differentiation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / catalytic activity / cell differentiation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.303 Å | ||||||
Authors | Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. ...Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Lovato, D.V. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Apo crystal structure of CDPK4 from Plasmodium falciparum, PF3D7_0717500 Authors: Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Authors: Wernimont, A.K. / Walker, J.R. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / He, H. / Loppnau, P. / Neculai, M. / Amani, M. / Lin, Y.H. / Ravichandran, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Lovato, D.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rgj.cif.gz | 203.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rgj.ent.gz | 161.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rgj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rgj_validation.pdf.gz | 427.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4rgj_full_validation.pdf.gz | 431.5 KB | Display | |
Data in XML | 4rgj_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4rgj_validation.cif.gz | 24.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4qoxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 59995.738 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 10-528 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: CDPK4, CPK4, PF07_0072 / Plasmid: DH5-alpha / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): SF9 References: UniProt: Q8IBS5, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 5% glycerol, 1 mM Nilotinib, 5 mM TCEP, 28% PEG2000 MME, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 21, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.303→56.162 Å / Num. all: 22508 / Num. obs: 22486 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.222 / Net I/σ(I): 9.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4QOX Resolution: 2.303→56.162 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.195 / FOM work R set: 0.8155 / SU B: 16.225 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.3766 / SU Rfree: 0.2531 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.253 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.27 Å2 / Biso mean: 53.884 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.303→56.162 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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