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- PDB-4rfv: Structure of the Mycobacterium tuberculosis APS kinase CysC Cys55... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfv
タイトルStructure of the Mycobacterium tuberculosis APS kinase CysC Cys556Ala mutant
要素Bifunctional enzyme CysN/CysC
キーワードTRANSFERASE / APS kinase domain / inactive mutant / sulfur assimilation / cysteine biosynthesis / redox regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate adenylyltransferase complex (ATP) / Sulfate assimilation / cellular response to sulfur starvation / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / cellular response to oxidative stress ...sulfate adenylyltransferase complex (ATP) / Sulfate assimilation / cellular response to sulfur starvation / sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / cellular response to oxidative stress / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulphate adenylyltransferase, large subunit / Sulfate adenylyltransferase subunit CysN, GTP-binding domain / Sulfate adenylyltransferase subunit CysN, Domain II / Sulfate adenylyltransferase subunit CysN, Domain III / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal ...Sulphate adenylyltransferase, large subunit / Sulfate adenylyltransferase subunit CysN, GTP-binding domain / Sulfate adenylyltransferase subunit CysN, Domain II / Sulfate adenylyltransferase subunit CysN, Domain III / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Bifunctional enzyme CysN/CysC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Poyraz, O. / Brunner, K. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the Kinase Domain of the Sulfate-Activating Complex in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Poyraz, O. / Brunner, K. / Lohkamp, B. / Axelsson, H. / Hammarstrom, L.G. / Schnell, R. / Schneider, G.
履歴
登録2014年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional enzyme CysN/CysC
B: Bifunctional enzyme CysN/CysC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6513
ポリマ－42,5562
非ポリマー951
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.167, 71.158, 118.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-864-

HOH

21B-741-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bifunctional enzyme CysN/CysC / Sulfate adenylyltransferase subunit 1 / ATP-sulfurylase large subunit / Sulfate adenylate ...Sulfate adenylyltransferase subunit 1 / ATP-sulfurylase large subunit / Sulfate adenylate transferase / SAT / Adenylyl-sulfate kinase / APS kinase / ATP adenosine-5'-phosphosulfate 3'-phosphotransferase


分子量: 21278.084 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain (UNP residues 424-612) / 変異: C556S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cysN, cysNC, MTCY373.05, Rv1286 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WNM5, sulfate adenylyltransferase, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 21% PEG 3350, 0.2M ammonium nitrate, 5mM magnesium chloride, 5mM ADP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91842 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→59.28 Å / Num. all: 32714 / Num. obs: 32681 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.69-1.7260.47316200.4799.1
1.72-59.285.90.06313.9326810.06399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4BZP

4bzp


解像度: 1.69→59.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.436 / SU ML: 0.08 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22275 1606 4.9 %RANDOM
Rwork0.18427 ---
obs0.18619 31032 99.97 %-
all-31032 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.155 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å2-0 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.75 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.108 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→59.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2190 0 5 254 2449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192266
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9773069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.835058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53123.137102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93315388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5731522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8492.1061149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8462.1061148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8013.1361435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.83.1361436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6882.5111117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6632.5091112
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1773.6261627
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.56318.7492697
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.30617.9252569
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 103 -
Rwork0.245 2247 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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