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万見
- PDB-4rf2: Crystal structure of NADP+ bound ketoreductase from Lactobacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rf2
タイトルCrystal structure of NADP+ bound ketoreductase from Lactobacillus kefir
要素NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent (R)-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus kefiri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.089 Å
データ登録者Tang, Y. / Tibrewal, N. / Cascio, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Origins of stereoselectivity in evolved ketoreductases.
著者: Noey, E.L. / Tibrewal, N. / Jimenez-Oses, G. / Osuna, S. / Park, J. / Bond, C.M. / Cascio, D. / Liang, J. / Zhang, X. / Huisman, G.W. / Tang, Y. / Houk, K.N.
履歴
登録2014年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Database references
改定 1.32016年1月6日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
B: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5217
ポリマ－57,9612
非ポリマー1,5605
水2,306128
1
A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
B: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
B: NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,04214
ポリマ－115,9234
非ポリマー3,11910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area19080 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area28040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.130, 164.130, 85.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

21B-302-

MG

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 3 - 252 / Label seq-ID: 23 - 272

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase / Ketoreductase


分子量: 28980.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus kefiri (バクテリア)
遺伝子: adhR / プラスミド: pHis8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WVP7
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 64 mM ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 10% PEG10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月13日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.089→75.8 Å / Num. obs: 68781 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Χ2: 0.895 / Net I/σ(I): 14.57
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.089-2.140.7934.56686954405187.1
2.14-2.20.6146.258781449491100
2.2-2.270.5566.69852494786199.9
2.27-2.340.4897.478333046621100
2.34-2.410.4348.01811094527199.9
2.41-2.50.3838.73791824414199.9
2.5-2.590.3319.78758024207199.9
2.59-2.70.26611.447382640951100
2.7-2.820.24712.03711593927199.9
2.82-2.950.20913.676800137601100
2.95-3.110.17315.83646913569199.9
3.11-3.30.14818.26618613415199.9
3.3-3.530.12121.715777631961100
3.53-3.810.10325.535397629981100
3.81-4.180.09427.864941127541100
4.18-4.670.08730.89450652527199.9
4.67-5.390.08530.883971922431100
5.39-6.610.0928.13375019201100
6.61-9.340.07332.61260071521199.9
9.34-75.80.06833.8913699906198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.09 Å75.77 Å
Translation4.09 Å75.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIXdev_1555精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NXQ

1nxq


解像度: 2.089→75.772 Å / FOM work R set: 0.7934 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 3433 5 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.2193 68622 98.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.48 Å2 / Biso mean: 28.87 Å2 / Biso min: 17.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.089→75.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3679 0 99 128 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6825228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2951322
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2244X-RAY DIFFRACTION2.62TORSIONAL
12B2244X-RAY DIFFRACTION2.62TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.089-2.11790.29351010.29531906200774
2.1179-2.14810.25011360.25725942730100
2.1481-2.18020.23911370.240626012738100
2.1802-2.21430.28221370.240325872724100
2.2143-2.25060.24361380.234826232761100
2.2506-2.28940.26221360.2325892725100
2.2894-2.3310.24811360.227525822718100
2.331-2.37580.24751390.224126312770100
2.3758-2.42430.24311370.225326002737100
2.4243-2.4770.23431360.227725862722100
2.477-2.53470.23751380.230726192757100
2.5347-2.59810.26371380.224726232761100
2.5981-2.66830.22851380.220826142752100
2.6683-2.74680.25731380.221126112749100
2.7468-2.83550.22791370.222526092746100
2.8355-2.93680.25931390.22726472786100
2.9368-3.05440.24671380.227926202758100
3.0544-3.19340.21931380.225926282766100
3.1934-3.36180.22181390.219326452784100
3.3618-3.57240.24011400.210326602800100
3.5724-3.84830.23481400.200926552795100
3.8483-4.23550.2461410.197226782819100
4.2355-4.84830.20361420.185326832825100
4.8483-6.10790.22571430.202627372880100
6.1079-75.82220.24341510.22712861301299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.9497 Å / Origin y: -44.9895 Å / Origin z: 40.6947 Å
111213212223313233
T0.1546 Å2-0.0091 Å20.0075 Å2-0.146 Å20.0102 Å2--0.3906 Å2
L0.9499 °20.0223 °20.0367 °2-0.7643 °20.1276 °2--0.3934 °2
S0.0089 Å °0.0045 Å °-0.0986 Å °-0.0116 Å °-0.0106 Å °0.1548 Å °0.0593 Å °-0.0671 Å °0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 468
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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