PDB-4rct: Crystal structure of R-protein of NgoAVII restriction endonuclease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rct

タイトル

Crystal structure of R-protein of NgoAVII restriction endonuclease

要素

Restriction endonuclease R.NgoVII

キーワード

HYDROLASE / restriction endonuclease / B3 domain / PLD nuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

endonuclease activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Tamulaitiene, G. / Silanskas, A. / Grazulis, S. / Zaremba, M. / Siksnys, V.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the R-protein of the multisubunit ATP-dependent restriction endonuclease NgoAVII.
著者: Tamulaitiene, G. / Silanskas, A. / Grazulis, S. / Zaremba, M. / Siksnys, V.

履歴

登録	2014年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rct.cif.gz	155 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rct.ent.gz	126.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/4rct	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4rd5C 4rdmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kip-d 5gy2-2 6l2n-d 3c0k-d 5ttj-d 2vvl-4 6ysv-1 3qi7-d 9015 3qrf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Restriction endonuclease R.NgoVII

B: Restriction endonuclease R.NgoVII

84.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.513, 106.799, 108.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Restriction endonuclease R.NgoVII 分子量: 42217.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGK_0521, NGO0364 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 参照: UniProt: Q5F9M9, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Restriction endonuclease R.NgoVII

分子量: 42217.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag / 由来: (組換発現)

Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGK_0521, NGO0364 / プラスミド: pET15 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q5F9M9, type II site-specific deoxyribonuclease

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Crystallization buffer was 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Na-BICINE pH 9.0, 20% v/v PEGMME 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月24日

放射

モノクロメーター: VARIMAX-HF MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 11.5 % / 数: 254521 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / D res high: 2.7 Å / D res low: 28.075 Å / Num. obs: 22169 / % possible obs: 99

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.85	28.08	1	0.029	0.029	9.7
6.26	8.85	1	0.04	0.04	11.3
5.11	6.26	1	0.045	0.045	11.7
4.43	5.11	1	0.045	0.045	11.9
3.96	4.43	1	0.059	0.059	12
3.61	3.96	1	0.119	0.119	11.7
3.35	3.61	1	0.159	0.159	12
3.13	3.35	1	0.199	0.199	12
2.95	3.13	1	0.274	0.274	11.8
2.8	2.95	1	0.361	0.361	9.9

反射

解像度: 1.685→29.735 Å / Num. all: 42289 / Num. obs: 42289 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 23.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.25-2.37	7.6	0.392	1.8	46329	6119	0.392	100
2.37-2.52	7.7	0.282	2.6	44048	5751	0.282	100
2.52-2.69	7.7	0.206	3.6	41889	5436	0.206	100
2.69-2.9	7.7	0.146	5	39162	5077	0.146	100
2.9-3.18	7.7	0.103	7	36026	4662	0.103	100
3.18-3.56	7.7	0.071	9.7	32898	4262	0.071	100
3.56-4.11	7.7	0.05	13.1	29099	3783	0.05	100
4.11-5.03	7.6	0.04	15.3	24546	3217	0.04	100
5.03-7.12	7.4	0.035	16.2	18902	2539	0.035	100
7.12-29.735	6.7	0.033	14.3	9622	1443	0.033	97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.3 Å / D res low: 19.93 Å / FOM : 0.242 / FOM acentric: 0.281 / FOM centric: 0 / 反射: 13637 / Reflection acentric: 11732 / Reflection centric: 1905

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.73 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 19.93 Å / Loc acentric: 0 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 11732 / Reflection centric: 1905

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.23-19.93	1.03	0.1	0.1	148	87
8.82-12.23	1.12	0.1	0.1	354	136
6.9-8.82	1.46	0.1	0.1	646	168
5.66-6.9	1.81	0.1	0	1025	224
4.8-5.66	1.4	0.1	0	1498	261
4.17-4.8	1.48	0	0	2038	304
3.68-4.17	2.33	0	0	2634	339
3.3-3.68	7.9	0	0	3389	386

Phasing MAD set site

Atom type symbol: SE / B iso: 65.988 / Occupancy iso: 0

ID	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	-0.566	-0.348	-0.166	3.787
2	-0.713	-0.522	-0.357	3.479
3	-0.423	-0.207	-0.205	1.932
4	-0.909	-0.53	-0.494	1.364
5	-0.474	-0.392	-0.162	0.936
6	-0.446	-0.549	-0.388	0.756
7	-0.777	-0.554	-0.303	0.69

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.23-19.93	0.313	0.497	235	148	87
8.82-12.23	0.354	0.49	490	354	136
6.9-8.82	0.395	0.498	814	646	168
5.66-6.9	0.386	0.47	1249	1025	224
4.8-5.66	0.357	0.419	1759	1498	261
4.17-4.8	0.295	0.339	2342	2038	304
3.68-4.17	0.194	0.219	2973	2634	339
3.3-3.68	0.094	0.105	3775	3389	386

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 21966

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.89-100	70.6	0.714	501
7.95-9.89	66.6	0.709	503
6.95-7.95	63	0.685	506
6.31-6.95	63.5	0.714	506
5.82-6.31	61.7	0.745	548
5.44-5.82	64.6	0.731	584
5.12-5.44	57.5	0.783	616
4.85-5.12	58.5	0.806	656
4.62-4.85	61	0.766	667
4.42-4.62	61	0.755	719
4.24-4.42	60.6	0.736	749
4.09-4.24	65.3	0.727	757
3.95-4.09	62.3	0.675	775
3.82-3.95	68.5	0.669	822
3.7-3.82	66.8	0.603	795
3.6-3.7	71.6	0.698	851
3.5-3.6	77.1	0.576	874
3.41-3.5	78	0.541	904
3.33-3.41	74.5	0.449	941
3.25-3.33	84.1	0.388	949
3.18-3.25	90.7	0.533	999
3.11-3.18	89.8	0.465	975
3.05-3.11	89	0.405	1033
2.99-3.05	90.1	0.32	1035
2.93-2.99	87.9	0.462	1074
2.88-2.93	86.5	0.112	1060
2.8-2.88	88.8	0.375	1567

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.19	データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
StructureStudio		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→27.796 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 20.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2104	8093	10.09 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
all	0.1893	42289	-	-
obs	0.1893	42227	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.88 Å² / B_iso mean: 27.27 Å² / B_iso min: 11.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→27.796 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5621	0	0	348	5969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	7756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	832
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	997
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.689	2112

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.2756	0.2962	267	0.2439	2455	2722	100
2.2756-2.3023	0.2817	337	0.2289	2358	2695	100
2.3023-2.3304	0.2815	219	0.2191	2418	2637	100
2.3304-2.3599	0.2314	312	0.2148	2384	2696	100
2.3599-2.3909	0.28	259	0.2213	2412	2671	100
2.3909-2.4237	0.2487	256	0.208	2427	2683	100
2.4237-2.4583	0.2368	269	0.2204	2402	2671	100
2.4583-2.4949	0.2812	250	0.2148	2416	2666	100
2.4949-2.5339	0.25	294	0.213	2392	2686	100
2.5339-2.5754	0.2608	262	0.2122	2424	2686	100
2.5754-2.6198	0.2431	309	0.2196	2341	2650	100
2.6198-2.6674	0.2277	311	0.2087	2362	2673	100
2.6674-2.7186	0.254	283	0.1986	2370	2653	100
2.7186-2.7741	0.2473	237	0.205	2455	2692	100
2.7741-2.8344	0.241	313	0.2164	2344	2657	100
2.8344-2.9002	0.2416	228	0.1985	2466	2694	100
2.9002-2.9727	0.2438	253	0.1986	2412	2665	100
2.9727-3.0529	0.2372	265	0.2177	2398	2663	100
3.0529-3.1427	0.2668	216	0.2254	2499	2715	100
3.1427-3.244	0.2204	226	0.2056	2409	2635	100
3.244-3.3597	0.238	287	0.2054	2384	2671	100
3.3597-3.494	0.2067	251	0.1996	2421	2672	100
3.494-3.6527	0.1895	278	0.1677	2387	2665	100
3.6527-3.8448	0.1779	304	0.1579	2398	2702	100
3.8448-4.085	0.184	240	0.1623	2407	2647	100
4.085-4.3992	0.1782	285	0.1517	2414	2699	100
4.3992-4.8398	0.156	274	0.1384	2396	2670	100
4.8398-5.5354	0.1464	274	0.1575	2377	2651	100
5.5354-6.9559	0.1877	245	0.176	2453	2698	100
6.9559-27.7979	0.1535	289	0.1536	2355	2644	99

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