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万見
- PDB-6ysv: E. coli anaerobic trifunctional enzyme subunit-alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ysv
タイトルE. coli anaerobic trifunctional enzyme subunit-alpha
要素Fatty acid oxidation complex subunit alpha
キーワードOXIDOREDUCTASE / fatty acid oxidation / lipid metabolism / hydratase / dehydrogenase / trifunctional enzyme / beta oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation multienzyme complex / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase / 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty oxidation complex, alpha subunit FadJ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...Fatty oxidation complex, alpha subunit FadJ / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, conserved site / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase signature. / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid oxidation complex subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sah-Teli, S.K. / Hynonen, M.J. / Wierenga, R.K. / Venkatesan, R.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland289024, 293369, 319194 フィンランド
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structural basis for different membrane-binding properties of E. coli anaerobic and human mitochondrial beta-oxidation trifunctional enzymes
著者: Sah-Teli, S.K. / Pinkas, M. / Hynonen, M.J. / Butcher, S.J. / Wierenga, R.K. / Novacek, J. / Venkatesan, R.
#1: ジャーナル: Biochem J / 年: 2019
タイトル: Complementary substrate specificity and distinct quaternary assembly of the aerobic and anaerobic β-oxidation trifunctional enzyme complexes.
著者: Shiv K Sah-Teli / Mikko J Hynönen / Werner Schmitz / James A Geraets / Jani Seitsonen / Jan Skov Pedersen / Sarah J Butcher / Rik K Wierenga / Rajaram Venkatesan /
要旨: The trifunctional enzyme (TFE) catalyzes the last three steps of the fatty acid β-oxidation cycle. Two TFEs are present in , EcTFE and anEcTFE. EcTFE is expressed only under aerobic conditions, ...The trifunctional enzyme (TFE) catalyzes the last three steps of the fatty acid β-oxidation cycle. Two TFEs are present in , EcTFE and anEcTFE. EcTFE is expressed only under aerobic conditions, whereas anEcTFE is expressed also under anaerobic conditions, with nitrate or fumarate as the ultimate electron acceptor. The anEcTFE subunits have higher sequence identity with the human mitochondrial TFE (HsTFE) than with the soluble EcTFE. Like HsTFE, here it is found that anEcTFE is a membrane-bound complex. Systematic enzyme kinetic studies show that anEcTFE has a preference for medium- and long-chain enoyl-CoAs, similar to HsTFE, whereas EcTFE prefers short chain enoyl-CoA substrates. The biophysical characterization of anEcTFE and EcTFE shows that EcTFE is heterotetrameric, whereas anEcTFE is purified as a complex of two heterotetrameric units, like HsTFE. The tetrameric assembly of anEcTFE resembles the HsTFE tetramer, although the arrangement of the two anEcTFE tetramers in the octamer is different from the HsTFE octamer. These studies demonstrate that EcTFE and anEcTFE have complementary substrate specificities, allowing for complete degradation of long-chain enoyl-CoAs under aerobic conditions. The new data agree with the notion that anEcTFE and HsTFE are evolutionary closely related, whereas EcTFE belongs to a separate subfamily.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid oxidation complex subunit alpha
B: Fatty acid oxidation complex subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,2489
ポリマ－157,5762
非ポリマー6727
水79344
1
A: Fatty acid oxidation complex subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2686
ポリマ－78,7881
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid oxidation complex subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9803
ポリマ－78,7881
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.583, 90.751, 172.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.112, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-804-

SO4

21A-805-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Fatty acid oxidation complex subunit alpha


分子量: 78787.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: E. coli anaerobic fatty acid beta oxidation trifunctional enzyme alpha subunit (anEcTFE-alpha) with N-terminal 6XHis-tag
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: fadJ, yfcX, b2341, JW2338 / Variant: MG1655 / プラスミド: pETDuet-1 / 細胞株 (発現宿主): BL21DE3 pLys / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P77399, enoyl-CoA hydratase, 3-hydroxybutyryl-CoA epimerase, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, 1.8 M ammonium sulfate, 4.5 % glycerol, pH 8.0, and 5 % 1,4-dioxane
Temp details: cold room

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→108.26 Å / Num. obs: 54053 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 79.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.95 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4378 / CC1/2: 0.36 / Rpim(I) all: 0.924 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa位相決定
PHENIX1.16 3549精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DV2, chain G

6dv2


解像度: 2.7→54.51 Å / SU ML: 0.4798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.9932
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 2749 5.16 %
Rwork0.2238 --
obs0.2254 53247 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 107.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→54.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10462 0 35 44 10541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002110675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.483814476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03931680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.42096469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.44311380.38862507X-RAY DIFFRACTION97.71
2.75-2.80.38351400.35452524X-RAY DIFFRACTION98.7
2.8-2.850.33721410.33552565X-RAY DIFFRACTION99.34
2.85-2.910.37271510.32492532X-RAY DIFFRACTION99.37
2.91-2.970.34261430.32192557X-RAY DIFFRACTION99.45
2.97-3.040.36831280.31742573X-RAY DIFFRACTION99.59
3.04-3.120.36141210.30262587X-RAY DIFFRACTION99.67
3.12-3.20.31781230.30192594X-RAY DIFFRACTION99.71
3.2-3.30.32211400.28182563X-RAY DIFFRACTION99.67
3.3-3.40.30461550.28612553X-RAY DIFFRACTION99.63
3.4-3.520.3831510.29412507X-RAY DIFFRACTION98.41
3.52-3.660.34191060.30432257X-RAY DIFFRACTION86.97
3.66-3.830.29731250.28022288X-RAY DIFFRACTION88.07
3.83-4.030.28271360.26022300X-RAY DIFFRACTION89.86
4.03-4.290.25081530.19872576X-RAY DIFFRACTION99.6
4.29-4.620.19911220.18312610X-RAY DIFFRACTION99.78
4.62-5.080.22771590.17552586X-RAY DIFFRACTION99.64
5.08-5.810.26241380.19842576X-RAY DIFFRACTION99.52
5.81-7.320.22061340.2092600X-RAY DIFFRACTION99.2
7.32-54.510.17031450.15492643X-RAY DIFFRACTION98.38
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.73500567408-0.332841230173-1.716763925584.091381467821.241479507965.300873912660.08567983867170.3689397377620.328014648885-0.5680317489750.0251088929059-0.489759929118-0.2490370890920.274706815767-0.138599136750.6243066300690.0282787411660.05067189136560.713219454327-0.08438236943380.72142531442-45.789454547141.5631182501-27.3043405409
21.257179588911.18869817071-0.2214649906762.179051670470.3548176702412.40853886341-0.1582079228290.329409206662-0.312416874727-0.107855767141-0.1786370369480.07075333780820.837057699279-0.1668336001060.1785703162160.8907898730810.03989740111760.05017121104690.968201626683-0.1492254659630.918986641378-51.946184110233.8066656225-16.9180082762
35.074917030450.020134669599-0.07161296981851.43161587635-0.1391333072561.15039042638-0.06434840414650.0419640978344-0.2837913789560.05918440908490.0937368045977-0.02510691953050.1207627521970.2118072851350.0003621536537820.5483307300360.0529676119622-0.02330069428540.714167700324-0.04145340245430.501906669328-32.036259911841.693882754810.4933349123
48.420412265450.520838810355-1.358440841813.08166454180.5787199859322.029342040980.177551102377-0.5294110138310.3766630189820.1842141537250.0153510959789-0.5882917554010.09283998821860.473426642213-0.2160750934481.03068403325-0.0111839913008-0.04770541022460.652142085392-0.03467298953680.690393221697-32.42416141791.5117758368-20.8309921623
51.02282850283-0.1465145091570.5545537898141.63151559182-0.6223529669214.26827163714-0.1715901379630.1822476512050.1963394526150.309982001906-0.02257892901260.177964768175-0.2069426860430.2129685901360.1610315451940.582844725652-0.05029064096060.007040227634830.4945139064060.05633122880280.682399654585-59.942185090982.8758900878-42.2316999386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 190 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 191 through 297 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 298 through 710 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 257 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 258 through 710 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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