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- PDB-4rct: Crystal structure of R-protein of NgoAVII restriction endonuclease -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rct | ||||||
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Title | Crystal structure of R-protein of NgoAVII restriction endonuclease | ||||||
![]() | Restriction endonuclease R.NgoVII | ||||||
![]() | HYDROLASE / restriction endonuclease / B3 domain / PLD nuclease | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tamulaitiene, G. / Silanskas, A. / Grazulis, S. / Zaremba, M. / Siksnys, V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the R-protein of the multisubunit ATP-dependent restriction endonuclease NgoAVII. Authors: Tamulaitiene, G. / Silanskas, A. / Grazulis, S. / Zaremba, M. / Siksnys, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 155 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 126.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 42217.727 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal His-tag / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q5F9M9, type II site-specific deoxyribonuclease #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: Crystallization buffer was 0.1 M Sodium chloride, 0.1 M Na-BICINE pH 9.0, 20% v/v PEGMME 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 24, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: VARIMAX-HF MIRROR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 11.5 % / Number: 254521 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / D res high: 2.7 Å / D res low: 28.075 Å / Num. obs: 22169 / % possible obs: 99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.685→29.735 Å / Num. all: 42289 / Num. obs: 42289 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 27.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 23.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 3.3 Å / D res low: 19.93 Å / FOM : 0.242 / FOM acentric: 0.281 / FOM centric: 0 / Reflection: 13637 / Reflection acentric: 11732 / Reflection centric: 1905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis acentric: 1.73 / R cullis centric: 1 / Highest resolution: 3.3 Å / Lowest resolution: 19.93 Å / Loc acentric: 0 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 11732 / Reflection centric: 1905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell | ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: SE / B iso: 65.988 / Occupancy iso: 0
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 21966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 92.88 Å2 / Biso mean: 27.27 Å2 / Biso min: 11.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→27.796 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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