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- PDB-4rci: Crystal structure of YTHDF1 YTH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rci
タイトルCrystal structure of YTHDF1 YTH domain
要素YTH domain-containing family protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of antigen processing and presentation / regulation of axon guidance / organelle assembly / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / immune system process / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / stress granule assembly / regulation of mRNA stability ...regulation of antigen processing and presentation / regulation of axon guidance / organelle assembly / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / immune system process / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / stress granule assembly / regulation of mRNA stability / learning / positive regulation of translation / P-body / memory / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ph1033 like fold / ph1033 like domains / YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YTH domain-containing family protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Xu, C. / Tempel, W. / Liu, K. / Walker, J.R. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Discriminative Recognition of N6-Methyladenosine RNA by the Human YT521-B Homology Domain Family of Proteins.
著者: Xu, C. / Liu, K. / Ahmed, H. / Loppnau, P. / Schapira, M. / Min, J.
履歴
登録2014年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing family protein 1
B: YTH domain-containing family protein 1
C: YTH domain-containing family protein 1
D: YTH domain-containing family protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,06561
ポリマ－93,0654
非ポリマー057
水5,062281
1
A: YTH domain-containing family protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,26616
ポリマ－23,2661
非ポリマー015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: YTH domain-containing family protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,26612
ポリマ－23,2661
非ポリマー011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: YTH domain-containing family protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,26619
ポリマ－23,2661
非ポリマー018
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: YTH domain-containing family protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,26614
ポリマ－23,2661
非ポリマー013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.519, 82.136, 123.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
YTH domain-containing family protein 1 / Dermatomyositis associated with cancer putative autoantigen 1 / DACA-1


分子量: 23266.166 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 361-559 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF1, C20orf21 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9BYJ9
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 57 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25% PEG-3350, 0.2 M potassium thiocyanate, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979237 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→48.66 Å / Num. obs: 57668 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.97-2.027.40.9672.329482397799.7
9.03-48.666.10.02557420968598.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.17データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4R3I

4r3i


解像度: 1.97→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2094 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8252 / SU B: 8.836 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.1695 / SU Rfree: 0.1526 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ANOTHER STRUCTURE OF THIS CRYSTAL FORM WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT WITH PHASER AND THE MODEL OF A YTHDC1 CRYSTAL STRUCTURE. PHASES FROM MOLECULAR REPLACEMENT WERE IMPROVED WITH PARROT ...詳細: ANOTHER STRUCTURE OF THIS CRYSTAL FORM WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT WITH PHASER AND THE MODEL OF A YTHDC1 CRYSTAL STRUCTURE. PHASES FROM MOLECULAR REPLACEMENT WERE IMPROVED WITH PARROT AND NCS AVERAGING. A PRELIMINARY MODEL WAS BUILD AUTOMATICALLY WITH BUCCANEER. THE MODEL WAS FURTHER REFINED AGAINST DIFFRACTION DATA FROM THE CURRENT CRYSTAL. COOT WAS USED FOR INTERACTIVE MODEL BUILDING. MODEL GEOMETRY WAS EVALUATED WITH MOLPROBITY. HISTIDYL-416 SIDE CHAIN DOES NOT MATCH DENSITY WELL IN EITHER PROTEIN CHAIN, EVEN THOUGH THE GENE CONSTRUCT'S SEQUENCE WAS CONFIRMED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1789 3.1 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.189 ---
obs0.1903 57599 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.71 Å2 / Biso mean: 35.4068 Å2 / Biso min: 14.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.73 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5825 0 57 281 6163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.9218223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77312488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7355743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22224.18311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26615999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3821535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021489
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1981.2172946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1971.2172945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9291.813668
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 151 -
Rwork0.244 4021 -
all-4172 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.11850.14850.363.10380.63732.8310.06510.05940.0125-0.21-0.0735-0.01010.03140.06270.00840.01860.0201-0.00030.17940.03910.14650.266422.105941.4572
24.8883.7292-4.23574.9499-4.55497.0347-0.01260.2436-0.0324-0.42150.28770.30290.4352-0.6078-0.2750.2488-0.0205-0.12510.302-0.00860.329640.0017-1.794940.3927
32.3240.1925-0.36222.88460.5794.9405-0.31820.0454-0.0102-0.1410.28980.17361.0362-0.3010.02840.3397-0.122-0.04720.2170.04130.21466.1438-2.205457.9109
45.85974.5925-3.51127.189-4.81797.8402-0.1517-0.064-0.3313-0.4169-0.0798-0.58420.98890.13040.23140.4799-0.02650.01440.2521-0.07740.246917.9387-1.397434.2974
52.4910.1131-0.04582.07231.12353.1102-0.04980.0652-0.0362-0.10350.02880.10550.0506-0.21770.02090.0106-0.0147-0.01140.18990.01670.113313.070221.728935.9792
67.07545.7134-5.00385.2897-5.44666.5372-0.35110.23320.0066-0.63110.52330.15740.9783-0.9519-0.17220.4558-0.2323-0.01420.4368-0.09720.3343.7715-1.737233.6128
72.5688-0.24080.08673.02590.95623.26480.009-0.0798-0.2149-0.08590.0810.13740.22210.0471-0.090.0314-0.0283-0.04280.15950.05410.185145.2277-2.505163.8015
89.81967.2324-6.76558.8161-6.19847.17680.119-0.0888-0.3807-0.1978-0.3039-0.53730.16790.22560.18490.27690.0408-0.03760.2147-0.05260.226953.7193-1.53339.537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A364 - 533
2X-RAY DIFFRACTION2A534 - 558
3X-RAY DIFFRACTION3B365 - 533
4X-RAY DIFFRACTION4B534 - 559
5X-RAY DIFFRACTION5C364 - 533
6X-RAY DIFFRACTION6C534 - 558
7X-RAY DIFFRACTION7D364 - 533
8X-RAY DIFFRACTION8D534 - 558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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