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- PDB-4ra8: Structure analysis of the Mip1a P8A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ra8
タイトルStructure analysis of the Mip1a P8A mutant
要素C-C motif chemokine 3
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / CCR chemokine receptor binding ...lymphocyte chemotaxis / granulocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / CCR chemokine receptor binding / regulation of sensory perception of pain / signaling / negative regulation of bone mineralization / positive regulation of microglial cell activation / cell activation / T cell chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / response to cholesterol / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / phospholipase activator activity / Interleukin-10 signaling / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / negative regulation of osteoclast differentiation / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / negative regulation by host of viral transcription / cytoskeleton organization / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-1 beta production / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / calcium ion transport / positive regulation of tumor necrosis factor production / osteoblast differentiation / kinase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / regulation of cell shape / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liang, W.G. / Ren, M. / Guo, Q. / Tang, W.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures of human CCL18, CCL3, and CCL4 reveal molecular determinants for quaternary structures and sensitivity to insulin-degrading enzyme.
著者: Liang, W.G. / Ren, M. / Zhao, F. / Tang, W.J.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年9月24日ID: 3TN1
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 3
B: C-C motif chemokine 3
C: C-C motif chemokine 3
D: C-C motif chemokine 3
E: C-C motif chemokine 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4835
ポリマ－38,4835
非ポリマー00
水97354
1
A: C-C motif chemokine 3

A: C-C motif chemokine 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3932
ポリマ－15,3932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
2
B: C-C motif chemokine 3
C: C-C motif chemokine 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3932
ポリマ－15,3932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
3
D: C-C motif chemokine 3
E: C-C motif chemokine 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3932
ポリマ－15,3932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.154, 180.154, 77.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 3 / G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT ...G0/G1 switch regulatory protein 19-1 / Macrophage inflammatory protein 1-alpha / MIP-1-alpha / PAT 464.1 / SIS-beta / Small-inducible cytokine A3 / Tonsillar lymphocyte LD78 alpha protein / MIP-1-alpha(4-69) / LD78-alpha(4-69)


分子量: 7696.549 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-91 / 変異: P8A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL3, G0S19-1, MIP1A, SCYA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10147
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 22020 / Num. obs: 21934 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2x69

2x69


解像度: 2.6→46.94 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 790 3.05 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2037 21934 97.3643 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 0 54 2691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042706
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7443658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.22970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.7670.2731140.22593677X-RAY DIFFRACTION53
2.767-2.98060.3321150.25073681X-RAY DIFFRACTION53
2.9806-3.28050.28051150.24543680X-RAY DIFFRACTION53
3.2805-3.7550.23641180.21293870X-RAY DIFFRACTION55
3.755-4.73030.2341450.16884599X-RAY DIFFRACTION66
4.7303-46.94710.22781830.19055616X-RAY DIFFRACTION80
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7605-4.1486-7.76912.00171.99732.0007-0.8310.60743.2709-1.006-0.06210.7181-2.08361.5620.97261.0469-0.0638-0.21490.71650.19351.2386-46.167564.0855-6.0642
24.70130.9332.66310.5852-0.00612.413-0.10860.06550.2556-0.1-0.0130.0205-0.1318-0.2140.1080.2686-0.17460.00720.49870.06190.1922-56.986782.1396-2.1241
31.26750.1310.85191.2371-0.67351.9260.0689-0.10110.0473-0.0411-0.0220.0966-0.1773-0.271-0.01710.2381-0.1779-0.00540.48350.0410.2676-59.591979.595-0.9248
41.57963.1710.35156.36050.70540.0780.0233-0.55440.2520.18730.19660.1929-0.4443-0.436-0.18460.9104-0.1514-0.01740.7171-0.20260.6239-50.776848.9041-12.1519
51.53420.85730.56391.1677-0.02080.7196-0.00380.2415-0.00610.0646-0.0765-0.18510.06890.10870.05480.3338-0.2102-0.03690.47940.05540.2672-52.974262.80253.9509
65.3861-2.3637-0.35139.51831.08765.1879-0.08780.1279-0.2933-0.0525-0.07520.20520.3-0.00730.0510.3485-0.3872-0.06820.6366-0.05910.1094-64.005660.48740.8069
73.052-1.88561.07992.3911-0.88940.4590.14810.29670.0248-0.2197-0.2644-0.07810.28080.04840.15250.3536-0.19540.00140.4370.00720.2117-55.577860.64883.3841
82.30191.0627-0.52663.97770.17430.99380.05390.0128-0.360.0293-0.09590.3880.3057-0.28570.03550.3019-0.3270.02360.5323-0.01660.3118-66.942457.51087.6252
90.7639-3.55831.56432.0001-7.28133.1980.09980.52640.7921-0.2559-0.04990.0881-1.0312-0.22450.00990.60120.2425-0.05950.64930.00980.8003-50.464868.8873-3.14
104.426-4.67822.10028.8834-3.32482.7646-0.1867-0.0714-0.19740.10460.119-0.09480.12660.11710.09870.3648-0.10120.02860.4915-0.00610.2567-42.578956.4453-0.5817
114.33590.16260.90182.00551.44077.3218-0.06780.7188-0.7553-0.92840.3907-1.21160.90160.7731-0.36930.6593-0.05660.15140.6254-0.08050.3968-35.235648.3938-8.9702
127.11450.263-3.3736.18822.83243.0123-0.14250.5713-0.0635-0.85470.1394-0.24010.2340.109-0.03070.9699-0.4050.26660.812-0.21850.4672-35.15153.7018-20.795
137.8762.3512-6.02318.68791.83418.95870.0567-0.0265-0.0757-0.24830.2367-0.3185-0.10860.3103-0.24280.3304-0.19640.04820.65040.01350.339-37.397762.5658-12.2454
141.52670.2072-0.06252.87350.26025.2318-0.0784-0.0501-0.0261-0.27870.16950.09820.4325-0.2746-0.10150.3222-0.20340.01070.578-0.02880.3269-38.756657.0034-8.0307
154.38732.3912-1.53857.1564-2.36356.0135-0.2834-0.0844-0.4709-0.3287-0.2034-1.02840.33620.45480.37230.3893-0.19220.18150.617-0.17720.4664-29.093460.2927-15.0675
160.77521.15121.63951.7022.42453.4502-0.37870.4166-0.2968-0.3784-0.01750.54430.2847-0.51280.32681.218-0.1917-0.06850.736-0.10890.5798-57.369835.2816-16.5021
174.1116-0.1035-2.5020.29110.23063.09810.0151-0.3563-0.2720.2349-0.2077-0.19220.2230.13190.13720.6201-0.2798-0.00460.49930.08380.3594-57.614841.68193.4336
183.4634-0.9742-1.00851.53851.04821.78840.0553-0.21030.14370.4297-0.2444-0.27530.4356-0.14240.16130.6939-0.2868-0.02530.50230.06830.4221-55.524139.57060.7318
195.37243.1287-1.03495.10310.17731.94430.0506-0.4392-0.31970.2648-0.1759-0.0870.27640.12740.1150.9565-0.71140.74330.40140.3772-0.2431-63.41234.96649.3206
207.32343.4779-1.1112.00175.22434.12840.04060.90210.3669-1.0229-0.13060.4526-0.0824-0.33420.07490.9827-0.0087-0.08620.7299-0.04140.3365-53.471351.8842-2.3913
210.8166-0.0245-0.51061.2372-1.65055.092-0.19570.4143-0.3271-0.77860.5084-0.2505-0.3390.1067-0.22140.7687-0.34380.11960.5587-0.05510.4917-48.988540.7852-21.382
221.76720.53981.80422.7215-0.32724.3005-0.05770.0753-0.6817-0.62550.3449-0.43270.00860.0653-0.260.6248-0.2960.16950.457-0.09520.5368-47.875340.7579-18.7009
231.33241.49330.67625.8393-1.93272.1366-0.2840.40070.0824-0.5428-0.0334-0.41630.13910.20150.13771.029-0.49420.08030.8617-0.04780.4232-43.044147.6166-27.8725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:6 )A2 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 7:30 )A7 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 31:69 )A31 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 1:5 )B1 - 5
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 6:21 )B6 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 22:30 )B22 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 31:56 )B31 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 57:69 )B57 - 69
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 4:8 )C4 - 8
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 9:13 )C9 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 14:18 )C14 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 19:24 )C19 - 24
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 25:30 )C25 - 30
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 31:56 )C31 - 56
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 57:69 )C57 - 69
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 5:8 )D5 - 8
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 9:30 )D9 - 30
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 31:56 )D31 - 56
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 57:69 )D57 - 69
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 2:6 )E2 - 6
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 7:30 )E7 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 31:56 )E31 - 56
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 57:69 )E57 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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