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- PDB-4r9w: Crystal structure of platelet factor 4 complexed with fondaparinux -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9w
タイトルCrystal structure of platelet factor 4 complexed with fondaparinux
要素Platelet factor 4
キーワードCYTOKINE / PF4 / fondaparinux / CXC chemokine / platelet factor / glycosaminoglycan / platelet
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / killing by host of symbiont cells / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity ...CXCR3 chemokine receptor binding / CXCR chemokine receptor binding / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / killing by host of symbiont cells / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / defense response to protozoan / monocyte chemotaxis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of megakaryocyte differentiation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / neutrophil chemotaxis / negative regulation of angiogenesis / platelet alpha granule lumen / Cell surface interactions at the vascular wall / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet activation / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor production / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of cell population proliferation / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / inflammatory response / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
fondaparinux / Platelet factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cai, Z. / Zhu, Z. / Liu, Q. / Greene, M.I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Atomic description of the immune complex involved in heparin-induced thrombocytopenia.
著者: Cai, Z. / Yarovoi, S.V. / Zhu, Z. / Rauova, L. / Hayes, V. / Lebedeva, T. / Liu, Q. / Poncz, M. / Arepally, G. / Cines, D.B. / Greene, M.I.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Structure summary / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet factor 4
B: Platelet factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0733
ポリマ－15,5642
非ポリマー1,5081
水30617
1
A: Platelet factor 4
B: Platelet factor 4
ヘテロ分子

A: Platelet factor 4
B: Platelet factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1456
ポリマ－31,1294
非ポリマー3,0172
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.333, 67.333, 61.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Platelet factor 4 / PF-4 / C-X-C motif chemokine 4 / Iroplact / Oncostatin-A / Platelet factor 4 / short form


分子量: 7782.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PF4, CXCL4, SCYB4 / 細胞株 (発現宿主): S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02776
#2: 多糖 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2- ...2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside / fondaparinux


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗凝固薬 / 分子量: 1508.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: fondaparinux
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1a_1-5_1*OC_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO33SO36SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2% PEG4000, 17% MPD, 0.1 M sodium acetate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日
放射モノクロメーター: Single crystal bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 5900 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.545.30.689198.2
2.54-2.595.60.492197.8
2.59-2.645.70.478199.4
2.64-2.695.80.462199
2.69-2.755.80.411100
2.75-2.825.80.25199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→22.756 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 256 4.46 %
Rwork0.2235 --
obs0.2244 5742 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→22.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数973 0 91 17 1081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9281478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.54452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.532202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-3.14890.33311250.34092715X-RAY DIFFRACTION99
3.1489-22.7570.22611310.20252771X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.4423 Å / Origin y: 20.9149 Å / Origin z: 8.2694 Å
111213212223313233
T0.3722 Å2-0.0072 Å2-0.0627 Å2-0.6502 Å20.0908 Å2--0.4423 Å2
L4.9819 °2-0.4018 °21.1796 °2-5.9353 °20.2278 °2--3.7957 °2
S0.2163 Å °-1.0576 Å °-0.4224 Å °0.432 Å °0.1495 Å °-0.2469 Å °0.274 Å °0.1713 Å °0.0657 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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