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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r8c | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CNG mimicking NaK-ETPP mutant in complex with Rb+ | ||||||
![]() | Potassium channel protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Alpha helical membrane protein / chimera channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | De March, M. / Napolitano, L.M.R. / Onesti, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural, functional, and computational analysis suggests pore flexibility as the base for the poor selectivity of CNG channels. 著者: Napolitano, L.M. / Bisha, I. / De March, M. / Marchesi, A. / Arcangeletti, M. / Demitri, N. / Mazzolini, M. / Rodriguez, A. / Magistrato, A. / Onesti, S. / Laio, A. / Torre, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4r50C ![]() 4r6zC ![]() 4r7cC ![]() 4raiC ![]() 4ro2C ![]() 3k0dS ![]() 4r8b ![]() 4rar S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Tetrameric channel with pore on 4-fold axis |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10626.555 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 20-110 / 変異: D66E, G67T, N68P, F69P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_0669 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-RB / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GLY / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: CNG-ETPP(K+) crystals grown in 100mM MES pH 6.5, 60-66% (w/v) MPD, 100mM Glycine, Soaking O.N. in 70% MPD, 10mM DM, 100mM Hepes pH 7.5 and 100mM RbCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP PH範囲: 6.5 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月26日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8156 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→47.59 Å / Num. all: 6549 / Num. obs: 6549 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 1.6 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3K0D 解像度: 2.5→47.59 Å / σ(F): 1.6 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.59 Å
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拘束条件 |
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