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Yorodumi- PDB-6vtn: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vtn | ||||||
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Title | Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM557 | ||||||
Components | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / mitochondria / alpha-beta barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Deng, X. / Phillips, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020 Title: Lead Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series for the Treatment of Malaria. Authors: Kokkonda, S. / Deng, X. / White, K.L. / El Mazouni, F. / White, J. / Shackleford, D.M. / Katneni, K. / Chiu, F.C.K. / Barker, H. / McLaren, J. / Crighton, E. / Chen, G. / Angulo-Barturen, I. ...Authors: Kokkonda, S. / Deng, X. / White, K.L. / El Mazouni, F. / White, J. / Shackleford, D.M. / Katneni, K. / Chiu, F.C.K. / Barker, H. / McLaren, J. / Crighton, E. / Chen, G. / Angulo-Barturen, I. / Jimenez-Diaz, M.B. / Ferrer, S. / Huertas-Valentin, L. / Martinez-Martinez, M.S. / Lafuente-Monasterio, M.J. / Chittimalla, R. / Shahi, S.P. / Wittlin, S. / Waterson, D. / Burrows, J.N. / Matthews, D. / Tomchick, D. / Rathod, P.K. / Palmer, M.J. / Charman, S.A. / Phillips, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vtn.cif.gz | 282.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vtn.ent.gz | 191 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vtn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vtn_validation.pdf.gz | 412.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vtn_full_validation.pdf.gz | 414.3 KB | Display | |
Data in XML | 6vtn_validation.xml.gz | 2.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6vtn_validation.cif.gz | 6.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/6vtn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vtyC 3i65S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45385.914 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (eukaryote) Strain: isolate 3D7 / Gene: PFF0160c / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain (production host): K-12 References: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) |
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#2: Chemical | ChemComp-RL7 / |
#3: Chemical | ChemComp-FMN / |
#4: Chemical | ChemComp-ORO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 63.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.17 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tri-Na citrate, 25% PEG4000, 16% Glycerol, 10 mM DTT PH range: 5.4-5.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→42.38 Å / Num. obs: 26640 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 29.44 Å2 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 37.89 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1344 / CC1/2: 0.541 / Rpim(I) all: 0.719 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3I65 Resolution: 2.25→42.38 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 44.98 / Phase error: 22.5738
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→42.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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