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- PDB-3wwn: Crystal structure of LysZ from Thermus thermophilus complex with LysW -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wwn
タイトルCrystal structure of LysZ from Thermus thermophilus complex with LysW
要素
  • OrfF
  • Putative acetylglutamate kinase-like protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/TRANSFERASE / Zinc finger / Amino acid kinase / METAL BINDING PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[amino-group carrier protein]-L-2-aminoadipate 6-kinase / N2-acetyl-L-aminoadipate kinase activity / acetylglutamate kinase activity / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / L-arginine biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #160 / [LysW]-aminoadipate/[LysW]-glutamate kinase / Lysine biosynthesis protein LysW / Alpha-aminoadipate carrier protein LysW-like, globular domain / Acetylglutamate kinase family / Glutamate/acetylglutamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily ...Rubrerythrin, domain 2 - #160 / [LysW]-aminoadipate/[LysW]-glutamate kinase / Lysine biosynthesis protein LysW / Alpha-aminoadipate carrier protein LysW-like, globular domain / Acetylglutamate kinase family / Glutamate/acetylglutamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / TFIIB zinc-binding / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[LysW]-aminoadipate kinase / Alpha-aminoadipate carrier protein LysW
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yoshida, A. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural insight into amino group-carrier protein-mediated lysine biosynthesis: crystal structure of the LysZ·LysW complex from Thermus thermophilus.
著者: Yoshida, A. / Tomita, T. / Fujimura, T. / Nishiyama, C. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
履歴
登録2014年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetylglutamate kinase-like protein
B: OrfF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1114
ポリマ－34,9492
非ポリマー1612
水4,594255
1
A: Putative acetylglutamate kinase-like protein
B: OrfF
ヘテロ分子

A: Putative acetylglutamate kinase-like protein
B: OrfF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2218
ポリマ－69,8984
非ポリマー3234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.809, 69.809, 148.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-457-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative acetylglutamate kinase-like protein / AAA carrier protein LysW


分子量: 29134.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O50147
#2: タンパク質 OrfF / Lysine biosynthetic protein LysW


分子量: 5814.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9ZND7
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% (v/w) PEG 8000, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M Calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 32240 / Num. obs: 32177 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 46.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1582 / Rsym value: 0.72 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3WWL and 3U6U

3wwl

3u6u


解像度: 1.85→28.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.027 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21282 1626 5.1 %RANDOM
Rwork0.17695 ---
obs0.17876 30470 99.76 %-
all-32240 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.605 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 6 255 2661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3142.0023315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78835592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0185316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14523.942104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45415426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9351522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5242.6961267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5232.6941266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4154.0251579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4154.0281580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2663.0991180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2653.1011181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6984.4971736
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.86923.3582858
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.6722.6572754
LS精密化 シェル解像度: 1.849→1.896 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 120 -
Rwork0.208 2191 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2929-0.0002-0.150.59610.14170.4886-0.0346-0.031-0.01760.00080.0095-0.08660.09540.06810.0250.04120.01040.01870.0517-0.01040.0261-29.808817.1076-1.9669
20.8296-1.2123-0.15286.0591-0.91570.5073-0.02030.0027-0.04930.02490.0139-0.1216-0.01070.01260.00640.1036-0.00310.04180.002-0.00690.0407-39.8621-2.5491.3683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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