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- PDB-4r7d: Fab Hu 15C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7d
タイトルFab Hu 15C1
要素
  • Fab Hu 15C1 Heavy chain
  • Fab Hu 15C1 Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR4 antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fab Hu 15C1 Heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.753 Å
データ登録者Loyau, J. / Didelot, G. / Malinge, P. / Ravn, U. / Magistrelli, G. / Depoisier, J.F. / Kosco-Vilbois, M. / Fischer, N. / Thore, S. / Rousseau, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Robust Antibody-Antigen Complexes Prediction Generated by Combining Sequence Analyses, Mutagenesis, In Vitro Evolution, X-ray Crystallography and In Silico Docking.
著者: Loyau, J. / Didelot, G. / Malinge, P. / Ravn, U. / Magistrelli, G. / Depoisier, J.F. / Pontini, G. / Poitevin, Y. / Kosco-Vilbois, M. / Fischer, N. / Thore, S. / Rousseau, F.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Hu 15C1 Heavy chain
B: Fab Hu 15C1 Light chain
C: Fab Hu 15C1 Heavy chain
D: Fab Hu 15C1 Light chain
E: Fab Hu 15C1 Heavy chain
F: Fab Hu 15C1 Light chain
G: Fab Hu 15C1 Heavy chain
H: Fab Hu 15C1 Light chain
I: Fab Hu 15C1 Heavy chain
J: Fab Hu 15C1 Light chain
K: Fab Hu 15C1 Heavy chain
L: Fab Hu 15C1 Light chain
M: Fab Hu 15C1 Heavy chain
N: Fab Hu 15C1 Light chain
O: Fab Hu 15C1 Heavy chain
P: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,51216
ポリマ－380,51216
非ポリマー00
水7,981443
1
A: Fab Hu 15C1 Heavy chain
B: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
2
C: Fab Hu 15C1 Heavy chain
D: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
3
E: Fab Hu 15C1 Heavy chain
F: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
4
G: Fab Hu 15C1 Heavy chain
H: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
5
I: Fab Hu 15C1 Heavy chain
J: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
6
K: Fab Hu 15C1 Heavy chain
L: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
7
M: Fab Hu 15C1 Heavy chain
N: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
8
O: Fab Hu 15C1 Heavy chain
P: Fab Hu 15C1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5642
ポリマ－47,5642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.820, 82.510, 261.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細heterodimer with assembly identifier 2 / heterodimer with assembly identifier 1

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要素

#1: 抗体
Fab Hu 15C1 Heavy chain


分子量: 24098.008 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A0M3KKW6*PLUS
#2: 抗体
Fab Hu 15C1 Light chain


分子量: 23466.031 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.3, 0.2M ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 109500 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.753→14.999 Å / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.3 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 5481 5.04 %
Rwork0.1771 --
obs0.1779 108783 98.8 %
all-110108 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.753→14.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25590 0 0 443 26033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39835757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7349359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0914057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7548-2.8020.36132520.32184781X-RAY DIFFRACTION88
2.802-2.85260.33852750.28315227X-RAY DIFFRACTION95
2.8526-2.9070.29912700.26945124X-RAY DIFFRACTION95
2.907-2.96590.27972730.24335196X-RAY DIFFRACTION95
2.9659-3.02990.27412710.23845142X-RAY DIFFRACTION95
3.0299-3.09970.27772710.22985154X-RAY DIFFRACTION95
3.0997-3.17650.2692750.20925224X-RAY DIFFRACTION95
3.1765-3.26150.23712720.20135166X-RAY DIFFRACTION95
3.2615-3.35640.24262710.20145152X-RAY DIFFRACTION95
3.3564-3.46350.24622740.19725196X-RAY DIFFRACTION95
3.4635-3.58560.21092720.18745169X-RAY DIFFRACTION94
3.5856-3.7270.20242730.1775200X-RAY DIFFRACTION94
3.727-3.89370.20392710.16725132X-RAY DIFFRACTION94
3.8937-4.0950.18342740.15695205X-RAY DIFFRACTION94
4.095-4.34550.16162690.14135124X-RAY DIFFRACTION93
4.3455-4.67140.15172750.12995219X-RAY DIFFRACTION94
4.6714-5.1240.16612710.13165153X-RAY DIFFRACTION94
5.124-5.82610.16772750.14895231X-RAY DIFFRACTION94
5.8261-7.19910.20632740.18185207X-RAY DIFFRACTION93
7.1991-14.87910.1952810.15775320X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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