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- PDB-4r70: Crystal structure of bacteriophytochrome RpBphP3 from photosynthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r70
タイトルCrystal structure of bacteriophytochrome RpBphP3 from photosynthetic bacterium R. palustris
要素Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS fold / photoreceptor / response regulator RPA3017 / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain ...PHY domain / : / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Yang, X. / Kuk, J. / Moffat, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Light Signaling Mechanism of Two Tandem Bacteriophytochromes.
著者: Yang, X. / Stojkovic, E.A. / Ozarowski, W.B. / Kuk, J. / Davydova, E. / Moffat, K.
履歴
登録2014年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2
B: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8074
ポリマ－117,6412
非ポリマー1,1652
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area43310 Å2
手法PISA
2
A: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2
B: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2
ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2
B: Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,6138
ポリマ－235,2834
非ポリマー2,3314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area21030 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area78810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.307, 143.307, 120.512
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome (Light-regulated signal transduction histidine kinase), PhyB2


分子量: 58820.637 Da / 分子数: 2 / 断片: photosensory core module, UNP residues 1-521 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: phyB2, RPA3016 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6N5G2
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10mg/ml protein, 0.1M magnesium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日
放射モノクロメーター: diamond laue monochromators / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 33613 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→19.998 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2596 1682 5.07 %random selection of 5% reflections from each resolution shells
Rwork0.1855 ---
all0.1891 33663 --
obs0.1891 33152 98.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7708 0 86 23 7817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0247994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.46810894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8972944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1391214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-2.93370.43621260.36062368X-RAY DIFFRACTION89
2.9337-3.02810.36581360.33012551X-RAY DIFFRACTION98
3.0281-3.13590.39851410.27512633X-RAY DIFFRACTION100
3.1359-3.26090.33051470.2442627X-RAY DIFFRACTION100
3.2609-3.40870.34151550.23312627X-RAY DIFFRACTION100
3.4087-3.58740.32341470.21852643X-RAY DIFFRACTION100
3.5874-3.81070.29221540.19792615X-RAY DIFFRACTION100
3.8107-4.10260.24551330.18442660X-RAY DIFFRACTION100
4.1026-4.51120.21151320.15812679X-RAY DIFFRACTION100
4.5112-5.15420.23821430.15612667X-RAY DIFFRACTION100
5.1542-6.45720.24581450.1892702X-RAY DIFFRACTION100
6.4572-19.99860.20651230.1512698X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4078-2.4094-0.18753.3686-0.0421.5920.29490.40590.0064-0.5847-0.3058-0.3725-0.01580.5740.00890.6174-0.19840.12430.84560.05610.9444-10.240469.22049.3186
23.3597-2.33470.59973.27840.21032.6193-0.367-1.2296-0.35630.50370.68480.42660.0553-1.0668-0.20110.4421-0.02780.03171.7670.25050.9505-26.142762.376146.3576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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