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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i5b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Outer Cell Wall Cytochrome OcwA | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / multiheme c-type cytochromes / surface exposed proteins / Gram-positive bacteria (グラム陽性菌) / Thermincola potens JR / extracellular electron transfer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 亜硝酸レダクターゼ (シトクロム; アンモニア形成) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / : / ペリプラズム / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermincola potens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hermann, B. / Einsle, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2019 タイトル: How Thermophilic Gram-Positive Organisms Perform Extracellular Electron Transfer: Characterization of the Cell Surface Terminal Reductase OcwA. 著者: Costa, N.L. / Hermann, B. / Fourmond, V. / Faustino, M.M. / Teixeira, M. / Einsle, O. / Paquete, C.M. / Louro, R.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i5b.cif.gz | 220.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i5b.ent.gz | 184.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6i5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i5b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56886.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 9 heme c groups, one Mg and one Cl 由来: (組換発現) Thermincola potens (strain JR) (バクテリア) 株: JR / 遺伝子: TherJR_2595 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5XBK3 |
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-非ポリマー , 5種, 191分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-BU3 / ( | ||
#5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 100 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES/ NaOH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→80.94 Å / Num. obs: 53356 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 4603 / CC1/2: 0.4 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→80.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 9.928 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.672 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→80.94 Å
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拘束条件 |
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