PDB-4r6t: Structure of the m17 leucyl aminopeptidase from malaria complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r6t

タイトル

Structure of the m17 leucyl aminopeptidase from malaria complexed with a hydroxamic acid-based inhibitor

要素

M17 leucyl aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチターゼ / leucyl aminopeptidase / metallodipeptidase activity / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / carboxypeptidase activity / manganese ion binding / peptidase activity / proteolysis / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Drinkwater, N. / Mcgowan, S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Two-Pronged Attack: Dual Inhibition of Plasmodium falciparum M1 and M17 Metalloaminopeptidases by a Novel Series of Hydroxamic Acid-Based Inhibitors.
著者: Mistry, S.N. / Drinkwater, N. / Ruggeri, C. / Sivaraman, K.K. / Loganathan, S. / Fletcher, S. / Drag, M. / Paiardini, A. / Avery, V.M. / Scammells, P.J. / McGowan, S.

履歴

登録	2014年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r6t.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r6t.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r6t_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r6t_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	4r6t_validation.xml.gz	237.3 KB	表示
CIF形式データ	4r6t_validation.cif.gz	315.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/4r6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/4r6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r5tC 4r5vC 4r5xC 4r76C 4r7mC 3kr4S 3ebg C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x2t-1 6ee2-1 3kqz-1 3kr4-2 4r7m-1 3kr4-1 6eee-1 4r76-2 4zx9-1 3kqz-2 4r76-1 4zy2-1 4r7m-2 5cbm-1 4k3n-2 4zyq-1 3kqx-2 4zx8-1 4zx9-2 4x2t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

718 kDa, 12 ポリマー
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1

A: M17 leucyl aminopeptidase

B: M17 leucyl aminopeptidase

C: M17 leucyl aminopeptidase

D: M17 leucyl aminopeptidase

E: M17 leucyl aminopeptidase

F: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
359 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: M17 leucyl aminopeptidase

H: M17 leucyl aminopeptidase

I: M17 leucyl aminopeptidase

J: M17 leucyl aminopeptidase

K: M17 leucyl aminopeptidase

L: M17 leucyl aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
358 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.895, 175.933, 231.647
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

the biological unit is a hexamer, there are 2 biological units in the asymmetric unit

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	M17 leucyl aminopeptidase 分子量: 58708.973 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: LAP, PF14_0439 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IL11

-
非ポリマー , 7種, 1783分子

#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-R5T / tert-butyl {(1S)-2-(hydroxyamino)-2-oxo-1-[4-(1H-pyrazol-1-yl)phenyl]ethyl}carbamate 分子量: 332.354 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀N₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 1 mM TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月6日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→77.95 Å / Num. all: 494683 / Num. obs: 189586 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.195 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
GDA		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KR4

3kr4

解像度: 2.6→46.702 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2693	9431	4.98 %
R_work	0.2111	-	-
obs	0.214	189404	87.09 %
all	-	494683	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.0838 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.702 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46718	0	673	1691	49082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	48251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.601	65439
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.411	17224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	7522
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	8266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6296	0.3729	328	0.278	6089	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6296-2.6605	0.3504	321	0.2836	6115	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6605-2.6929	0.4134	330	0.2905	6132	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6929-2.727	0.3802	289	0.286	6110	X-RAY DIFFRACTION	89
2.727-2.7629	0.3562	320	0.2791	6105	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7629-2.8007	0.3594	335	0.2703	6070	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8007-2.8408	0.3336	318	0.259	6066	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8408-2.8831	0.3728	325	0.2595	6042	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8831-2.9282	0.3372	320	0.2636	6054	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9282-2.9762	0.3212	315	0.244	6060	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9762-3.0275	0.3342	318	0.2486	5989	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0275-3.0825	0.3222	325	0.2538	6029	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0825-3.1418	0.3254	351	0.2605	5976	X-RAY DIFFRACTION	88
3.1418-3.2059	0.3183	290	0.243	5984	X-RAY DIFFRACTION	87
3.2059-3.2756	0.3001	290	0.2401	6032	X-RAY DIFFRACTION	88
3.2756-3.3518	0.2856	322	0.219	6015	X-RAY DIFFRACTION	87
3.3518-3.4356	0.291	298	0.2148	5994	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4356-3.5285	0.254	307	0.2152	5971	X-RAY DIFFRACTION	87
3.5285-3.6323	0.2606	315	0.2085	5922	X-RAY DIFFRACTION	86
3.6323-3.7494	0.2484	319	0.1984	5878	X-RAY DIFFRACTION	86
3.7494-3.8834	0.2513	287	0.1884	5909	X-RAY DIFFRACTION	86
3.8834-4.0388	0.2272	291	0.1746	5847	X-RAY DIFFRACTION	84
4.0388-4.2225	0.213	287	0.1658	5796	X-RAY DIFFRACTION	84
4.2225-4.4449	0.2079	319	0.1593	5821	X-RAY DIFFRACTION	84
4.4449-4.7232	0.2045	318	0.1552	5795	X-RAY DIFFRACTION	84
4.7232-5.0875	0.2142	316	0.1559	5997	X-RAY DIFFRACTION	87
5.0875-5.5987	0.225	300	0.1806	6099	X-RAY DIFFRACTION	87
5.5987-6.407	0.2506	328	0.201	6084	X-RAY DIFFRACTION	87
6.407-8.0654	0.2194	333	0.188	6034	X-RAY DIFFRACTION	86
8.0654-46.7094	0.1817	316	0.1837	5958	X-RAY DIFFRACTION	82

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 89.122 Å / Origin y: 55.5939 Å / Origin z: 79.8555 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2415 Å²	0.0341 Å²	0.0003 Å²	-	0.3346 Å²	0.0268 Å²	-	-	0.4065 Å²
L	0.0262 °²	0.0234 °²	0.0183 °²	-	0.0579 °²	0.0165 °²	-	-	0.0912 °²
S	0.0007 Å °	-0.0224 Å °	-0.0821 Å °	0.005 Å °	0.0079 Å °	-0.0573 Å °	0.0095 Å °	0.0245 Å °	-0.0078 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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