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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r6p | ||||||
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タイトル | Jacalin-carbohydrate interactions. Distortion of the ligand as a determinant of affinity. | ||||||
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Galactose specific lectin / beta-prism I fold / post translational proteolysis / T-antigen binding protein / Plant lectins / Galactose | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Swaminathan, C.P. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Jacalin-carbohydrate interactions: distortion of the ligand molecule as a determinant of affinity. 著者: Abhinav, K.V. / Sharma, K. / Swaminathan, C.P. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: A novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, a Moraceae plant lectin with a beta-prism fold. 著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexes. 著者: Jeyaprakash, A.A. / Geetha Rani, P. / Banuprakash Reddy, G. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #3: ![]() タイトル: Structural basis of the carbohydrate specificities of jacalin: an X-ray and modeling study. 著者: Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #4: ![]() タイトル: Structural basis for the energetics of jacalin-sugar interactions: promiscuity versus specificity. 著者: Arockia Jeyaprakash, A. / Jayashree, G. / Mahanta, S.K. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #5: ![]() タイトル: Structural basis for the unusual carbohydrate-binding specificity of jacalin towards galactose and mannose. 著者: Bourne, Y. / Astoul, C.H. / Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Menu-Bouaouiche, L. / Van Damme, E.J. / Barre, A. / Rouge, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 509.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 510.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 9分子 ACEGBDFH![](data/chem/img/GAL.gif)
![](data/chem/img/GAL.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1944.170 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 2-20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: 糖 | ChemComp-GAL / | |
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-非ポリマー , 4種, 481分子 ![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZZ1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZZ1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-IPA / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | ChemComp-ZZ1 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.4, 10% (v/v) isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月29日 / 詳細: Bent collimating mirror and toroid | ||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→60 Å / Num. all: 60267 / Num. obs: 60267 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 11.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KU8 解像度: 1.7→30.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.349 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.714 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.63 Å
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拘束条件 |
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