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- PDB-4r67: Human constitutive 20S proteasome in complex with carfilzomib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r67
タイトルHuman constitutive 20S proteasome in complex with carfilzomib
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 7
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 7
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex ...purine ribonucleoside triphosphate binding / regulation of endopeptidase activity / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / immune system process / myofibril / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / : / sarcomere / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ciliary basal body / proteolysis involved in protein catabolic process / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Hh mutants are degraded by ERAD / lipopolysaccharide binding / Degradation of AXIN / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / G2/M Checkpoints / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / P-body / MAPK6/MAPK4 signaling / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / response to virus / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / ABC-family proteins mediated transport / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / response to organic cyclic compound / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nuclear matrix / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Separation of Sister Chromatids / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Neddylation / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / postsynapse / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / endopeptidase activity / response to oxidative stress / ficolin-1-rich granule lumen / nuclear body / ribosome / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / synapse / Neutrophil degranulation / mitochondrion / proteolysis / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 ...Proteasome subunit alpha 1 / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARFILZOMIB, bound form / Chem-3BV / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 ...CARFILZOMIB, bound form / Chem-3BV / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit beta type-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Sacchettini, J.C. / Harshbarger, W.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Human 20S Proteasome in Complex with Carfilzomib.
著者: Harshbarger, W. / Miller, C. / Diedrich, C. / Sacchettini, J.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-6
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-7
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-1
G: Proteasome subunit alpha type-3
H: Proteasome subunit beta type-6
I: Proteasome subunit beta type-7
J: Proteasome subunit beta type-3
K: Proteasome subunit beta type-2
L: Proteasome subunit beta type-5
M: Proteasome subunit beta type-1
N: Proteasome subunit beta type-4
O: Proteasome subunit alpha type-6
P: Proteasome subunit alpha type-2
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-7
S: Proteasome subunit alpha type-5
T: Proteasome subunit alpha type-1
U: Proteasome subunit alpha type-3
V: Proteasome subunit beta type-6
W: Proteasome subunit beta type-7
X: Proteasome subunit beta type-3
Y: Proteasome subunit beta type-2
Z: Proteasome subunit beta type-5
1: Proteasome subunit beta type-1
2: Proteasome subunit beta type-4
c: Proteasome subunit alpha type-6
d: Proteasome subunit alpha type-2
e: Proteasome subunit alpha type-4
f: Proteasome subunit alpha type-7
g: Proteasome subunit alpha type-5
h: Proteasome subunit alpha type-1
i: Proteasome subunit alpha type-3
j: Proteasome subunit beta type-6
k: Proteasome subunit beta type-7
l: Proteasome subunit beta type-3
m: Proteasome subunit beta type-2
n: Proteasome subunit beta type-5
o: Proteasome subunit beta type-1
p: Proteasome subunit beta type-4
q: Proteasome subunit alpha type-6
r: Proteasome subunit alpha type-2
s: Proteasome subunit alpha type-4
t: Proteasome subunit alpha type-7
u: Proteasome subunit alpha type-5
v: Proteasome subunit alpha type-1
w: Proteasome subunit alpha type-3
x: Proteasome subunit beta type-6
y: Proteasome subunit beta type-7
z: Proteasome subunit beta type-3
0: Proteasome subunit beta type-2
3: Proteasome subunit beta type-5
a: Proteasome subunit beta type-1
b: Proteasome subunit beta type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,403,75767
ポリマ－1,395,79456
非ポリマー7,96311
水3,927218
1
A: Proteasome subunit alpha type-6
B: Proteasome subunit alpha type-2
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-7
E: Proteasome subunit alpha type-5
F: Proteasome subunit alpha type-1
G: Proteasome subunit alpha type-3
H: Proteasome subunit beta type-6
I: Proteasome subunit beta type-7
J: Proteasome subunit beta type-3
K: Proteasome subunit beta type-2
L: Proteasome subunit beta type-5
M: Proteasome subunit beta type-1
N: Proteasome subunit beta type-4
O: Proteasome subunit alpha type-6
P: Proteasome subunit alpha type-2
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-7
S: Proteasome subunit alpha type-5
T: Proteasome subunit alpha type-1
U: Proteasome subunit alpha type-3
V: Proteasome subunit beta type-6
W: Proteasome subunit beta type-7
X: Proteasome subunit beta type-3
Y: Proteasome subunit beta type-2
Z: Proteasome subunit beta type-5
1: Proteasome subunit beta type-1
2: Proteasome subunit beta type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)702,24134
ポリマ－697,89728
非ポリマー4,3446
水59433
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area112130 Å2
ΔGint-370 kcal/mol
Surface area213180 Å2
手法PISA
2
c: Proteasome subunit alpha type-6
d: Proteasome subunit alpha type-2
e: Proteasome subunit alpha type-4
f: Proteasome subunit alpha type-7
g: Proteasome subunit alpha type-5
h: Proteasome subunit alpha type-1
i: Proteasome subunit alpha type-3
j: Proteasome subunit beta type-6
k: Proteasome subunit beta type-7
l: Proteasome subunit beta type-3
m: Proteasome subunit beta type-2
n: Proteasome subunit beta type-5
o: Proteasome subunit beta type-1
p: Proteasome subunit beta type-4
q: Proteasome subunit alpha type-6
r: Proteasome subunit alpha type-2
s: Proteasome subunit alpha type-4
t: Proteasome subunit alpha type-7
u: Proteasome subunit alpha type-5
v: Proteasome subunit alpha type-1
w: Proteasome subunit alpha type-3
x: Proteasome subunit beta type-6
y: Proteasome subunit beta type-7
z: Proteasome subunit beta type-3
0: Proteasome subunit beta type-2
3: Proteasome subunit beta type-5
a: Proteasome subunit beta type-1
b: Proteasome subunit beta type-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)701,51733
ポリマ－697,89728
非ポリマー3,6205
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area112190 Å2
ΔGint-372 kcal/mol
Surface area213160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.989, 201.027, 225.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43
14
24
34
44
15
25
35
45
16
26
36
46
17
27
37
47
18
28
38
48
19
29
39
49
110
210
310
410
111
211
311
411
112
212
312
412
113
213
313
413
114
214
314
414

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'C' and (resseq 2:251 )
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1112chain 'H' and (resseq 1:202 )
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3112chain 'j' and (resseq 1:202 )
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2113chain 'Z' and (resseq 1:201 )
3113chain 'n' and (resseq 1:201 )
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1114chain 'K' and (resseq 1:199 )
2114chain 'Y' and (resseq 1:199 )
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
詳細20S Eukaryotic Proteasomes have C2 symmetry with 28 total subunits, 14 being unique.

-
要素

-
Proteasome subunit alpha type- ... , 7種, 28分子 AOcqBPdrCQesDRftESguFThvGUiw

#1: タンパク質
Proteasome subunit alpha type-6 / 27 kDa prosomal protein / PROS-27 / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase ...27 kDa prosomal protein / PROS-27 / p27K / Macropain iota chain / Multicatalytic endopeptidase complex iota chain / Proteasome iota chain


分子量: 27186.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P60900, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質
Proteasome subunit alpha type-2 / Macropain subunit C3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C3 / Proteasome component C3


分子量: 25796.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P25787, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質
Proteasome subunit alpha type-4 / Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / ...Macropain subunit C9 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9 / Proteasome component C9 / Proteasome subunit L


分子量: 28118.189 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 2-251 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P25789, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質
Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit RC6-1 / Proteasome subunit XAPC7


分子量: 27382.178 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 2-244 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: O14818, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質
Proteasome subunit alpha type-5 / Macropain zeta chain / Multicatalytic endopeptidase complex zeta chain / Proteasome zeta chain


分子量: 25569.957 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 8-241 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P28066, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質
Proteasome subunit alpha type-1 / 30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex ...30 kDa prosomal protein / PROS-30 / Macropain subunit C2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C2 / Proteasome component C2 / Proteasome nu chain


分子量: 26728.428 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 4-241 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P25786, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質
Proteasome subunit alpha type-3 / Macropain subunit C8 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C8 / Proteasome component C8


分子量: 27287.100 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 2-246 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P25788, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 28分子 HVjxIWkyJXlzKYm0LZn3M1oaN2pb

#8: タンパク質
Proteasome subunit beta type-6 / Macropain delta chain / Multicatalytic endopeptidase complex delta chain / Proteasome delta chain / ...Macropain delta chain / Multicatalytic endopeptidase complex delta chain / Proteasome delta chain / Proteasome subunit Y


分子量: 21656.527 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 35-236 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P28072, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質
Proteasome subunit beta type-7 / Macropain chain Z / Multicatalytic endopeptidase complex chain Z / Proteasome subunit Z


分子量: 23745.256 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 44-263 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: Q99436, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質
Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome chain 13 / Proteasome component C10-II / Proteasome theta chain


分子量: 22841.701 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P49720, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質
Proteasome subunit beta type-2 / Macropain subunit C7-I / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C7-I / Proteasome component C7-I


分子量: 22720.146 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 1-199 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P49721, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質
Proteasome subunit beta type-5 / Macropain epsilon chain / Multicatalytic endopeptidase complex epsilon chain / Proteasome chain 6 / ...Macropain epsilon chain / Multicatalytic endopeptidase complex epsilon chain / Proteasome chain 6 / Proteasome epsilon chain / Proteasome subunit MB1 / Proteasome subunit X


分子量: 22199.072 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 60-260 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P28074, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質
Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / ...Macropain subunit C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5 / Proteasome gamma chain


分子量: 23578.986 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 29-241 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P20618, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質
Proteasome subunit beta type-4 / 26 kDa prosomal protein / HsBPROS26 / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase ...26 kDa prosomal protein / HsBPROS26 / PROS-26 / Macropain beta chain / Multicatalytic endopeptidase complex beta chain / Proteasome beta chain / Proteasome chain 3 / HsN3


分子量: 24138.453 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 46-262 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: red blood cells / 参照: UniProt: P28070, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 2種, 229分子

#15: 化合物
ChemComp-3BV / N-{(2S)-2-[(morpholin-4-ylacetyl)amino]-4-phenylbutanoyl}-L-leucyl-N-[(2R,3S,4S)-1,3-dihydroxy-2,6-dimethylheptan-4-yl]-L-phenylalaninamide / CARFILZOMIB, bound form


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 723.942 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H61N5O7 / 参照: CARFILZOMIB, bound form / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2M sodium formate, 40% MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. all: 321261 / Num. obs: 320820 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 %
反射 シェル解像度: 2.89→2.99 Å / 冗長度: 3.4 % / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX(Phaser-MR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→33.505 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 16188 5.05 %
Rwork0.2151 --
obs0.2166 320820 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→33.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数95215 0 572 218 96005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00397513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.712132088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.76135113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00317139
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C1902X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12Q1902X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
13E1902X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
14S1902X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
21G1879X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22U1879X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
23I1879X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
24W1879X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
31A1842X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32O1842X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
33C1842X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
34Q1842X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
41D1675X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42R1675X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
43F1668X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
44T1672X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
51F1838X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52T1838X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.036
53H1838X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
54V1838X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
61E1759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62S1759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
63G1759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
64U1759X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
71B1702X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72P1702X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
73D1702X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
74R1702X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
81I1643X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82W1643X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
83K1643X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
84Y1643X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
91N1672X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
9221672X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
93P1672X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
94B1669X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
101M1639X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
10211639X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
103O1639X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
104A1639X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
111J1585X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
112X1585X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
113L1585X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
114Z1585X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
121H1509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
122V1509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
123J1509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
124X1509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
131L1548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
132Z1548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
133N1548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
13431548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
141K1570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
142Y1570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
143M1570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
14401570X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.92210.41314710.36278367X-RAY DIFFRACTION82
2.9221-2.95650.39144880.35619968X-RAY DIFFRACTION96
2.9565-2.99250.36345720.33539869X-RAY DIFFRACTION97
2.9925-3.03040.35955050.333510013X-RAY DIFFRACTION97
3.0304-3.07020.3775160.32910068X-RAY DIFFRACTION98
3.0702-3.11230.35825210.327810201X-RAY DIFFRACTION98
3.1123-3.15670.33245150.304710044X-RAY DIFFRACTION99
3.1567-3.20380.31535600.289210177X-RAY DIFFRACTION99
3.2038-3.25380.30895450.282910249X-RAY DIFFRACTION99
3.2538-3.30710.31655770.278810210X-RAY DIFFRACTION100
3.3071-3.36410.31265550.262410174X-RAY DIFFRACTION99
3.3641-3.42520.26785800.245710221X-RAY DIFFRACTION100
3.4252-3.4910.29065640.241110195X-RAY DIFFRACTION100
3.491-3.56220.26525210.237110291X-RAY DIFFRACTION100
3.5622-3.63950.26395360.228410311X-RAY DIFFRACTION100
3.6395-3.72410.2615030.233810337X-RAY DIFFRACTION100
3.7241-3.81710.2755760.229310190X-RAY DIFFRACTION100
3.8171-3.92020.24025440.216910305X-RAY DIFFRACTION100
3.9202-4.03530.24555430.20910287X-RAY DIFFRACTION100
4.0353-4.16530.23055460.197710265X-RAY DIFFRACTION100
4.1653-4.31390.22645440.186110302X-RAY DIFFRACTION100
4.3139-4.48630.20285540.17810294X-RAY DIFFRACTION100
4.4863-4.68990.19745530.174210287X-RAY DIFFRACTION100
4.6899-4.93650.20735690.175210253X-RAY DIFFRACTION100
4.9365-5.24470.22715310.190510325X-RAY DIFFRACTION100
5.2447-5.64780.25245390.214210342X-RAY DIFFRACTION100
5.6478-6.21290.24115670.215510317X-RAY DIFFRACTION100
6.2129-7.10450.23445310.204810355X-RAY DIFFRACTION100
7.1045-8.92280.17425680.153610358X-RAY DIFFRACTION100
8.9228-33.50710.17784940.165910057X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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