+
データを開く
-
基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 3d29 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Proteasome Inhibition by Fellutamide B | |||||||||
 要素 | 
  | |||||||||
 キーワード | HYDROLASE / anti-parallel beta-sheet structure flanked by alpha-helices / Cytoplasm / Nucleus / Protease / Proteasome / Threonine protease / Ubl conjugation / Phosphoprotein / Zymogen | |||||||||
| 機能・相同性 |  機能・相同性情報proteasome core complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...proteasome core complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能  | |||||||||
| 生物種 | ![]() synthetic construct (人工物)  | |||||||||
| 手法 |  X線回折 /  シンクロトロン /  フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å  | |||||||||
 データ登録者 | Groll, M. / Hines, J. / Fahnestock, M. / Crews, M.C. | |||||||||
 引用 |  ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008タイトル: Proteasome Inhibition by Fellutamide B Induces Nerve Growth Factor Synthesis 著者: Hines, J. / Groll, M. / Fahnestock, M. / Crews, C.M.  | |||||||||
| 履歴 | 
  | 
-
構造の表示
| 構造ビューア | 分子:  Molmil Jmol/JSmol | 
|---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 |  3d29.cif.gz | 1.2 MB | 表示 |  PDBx/mmCIF形式 | 
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 |  pdb3d29.ent.gz | 1017.1 KB | 表示 |  PDB形式 | 
| PDBx/mmJSON形式 |  3d29.json.gz | ツリー表示 |  PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 |  その他のダウンロード | 
-検証レポート
| 文書・要旨 |  3d29_validation.pdf.gz | 699.7 KB | 表示 |  wwPDB検証レポート | 
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 |  3d29_full_validation.pdf.gz | 886.2 KB | 表示 | |
| XML形式データ |  3d29_validation.xml.gz | 242.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ |  3d29_validation.cif.gz | 331 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/3d29 | HTTPS FTP  | 
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 1rypS S: 精密化の開始モデル  | 
|---|---|
| 類似構造データ | 
-
リンク
-
集合体
| 登録構造単位 | ![]() 
  | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 
  | ||||||||
| 単位格子 | 
  | 
-
要素
-タンパク質 , 9種, 18分子 AOBPCQDRESFTGUIWLZ                 
| #1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]()  | 
|---|
-Proteasome endopeptidase  ... , 2種, 4分子 HVKY   
| #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() 参照: UniProt: A0A6A5Q449, UniProt: P25043*PLUS, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() 参照: UniProt: A0A6A5Q5W3, UniProt: P30656*PLUS, proteasome endopeptidase complex  | 
|---|
-Proteasome subunit  ... , 3種, 6分子 JXM1N2     
| #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: native purification from cell lysate / 由来: (天然)  ![]()  | 
|---|
-タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 abcdef     
| #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 373.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)  | 
|---|
-非ポリマー , 2種, 1338分子 


| #16: 化合物 | ChemComp-HXD / ( #17: 水 |  ChemComp-HOH /  |  | 
|---|
-詳細
| Has protein modification | Y | 
|---|---|
| 非ポリマーの詳細 | THE ALDEHYDE OF FELLUTAMID | 
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法:  X線回折 / 使用した結晶の数: 1  | 
|---|
-
試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 % | 
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10 % MPD; 0,1 M MES, 30 mM MgAc2, pH 6,8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K PH範囲: 6,8  | 
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | 
|---|---|
| 放射光源 | 由来:  シンクロトロン / サイト:  SLS   / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | 
| 検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2006年4月28日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR | 
| 放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | 
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | 
| 反射 | 解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 331875 / Num. obs: 336246 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 | 
| 反射 シェル | 解像度: 2.6→2.63 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.2 | 
-
解析
| ソフトウェア | 
  | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 構造決定の手法:  フーリエ合成開始モデル: PDB Entry 1ryp 解像度: 2.6→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3868824.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 
  | |||||||||||||||||||||||||
| 溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9588 Å2 / ksol: 0.365621 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso  mean: 54 Å2
  | |||||||||||||||||||||||||
| Refine analyze | 
  | |||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
  | |||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 | 
  | |||||||||||||||||||||||||
| LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.007  / Total num. of bins used: 6 
  | |||||||||||||||||||||||||
| Xplor file | 
  | 
ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用




















PDBj















