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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r5p | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and a nucleoside triphosphate mimic alpha-carboxy nucleoside phosphonate inhibitor | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / HYDROLASE/DNA/INHIBITOR / Zidovudine / RT-DNA complex / AIDS / DNA-directed DNA polymerase / RN lipoprotein / HIV / metal-binding / alpha-CNP / ribonuclease H / RNAse H / A-CNP / multifunctional enzyme / nucleotidyltransferase / RNA-directed polymerase / HYDROLASE-DNA-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.894 Å | |||||||||
データ登録者 | Das, K. / Martinez, S.E. / Arnold, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Alpha-carboxy nucleoside phosphonates as universal nucleoside triphosphate mimics. 著者: Balzarini, J. / Das, K. / Bernatchez, J.A. / Martinez, S.E. / Ngure, M. / Keane, S. / Ford, A. / Maguire, N. / Mullins, N. / John, J. / Kim, Y. / Dehaen, W. / Vande Voorde, J. / Liekens, S. / ...著者: Balzarini, J. / Das, K. / Bernatchez, J.A. / Martinez, S.E. / Ngure, M. / Keane, S. / Ford, A. / Maguire, N. / Mullins, N. / John, J. / Kim, Y. / Dehaen, W. / Vande Voorde, J. / Liekens, S. / Naesens, L. / Gotte, M. / Maguire, A.R. / Arnold, E. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: HIV-1 reverse transcriptase complex with DNA and nevirapine reveals non-nucleoside inhibition mechanism. 著者: Das, K. / Martinez, S.E. / Bauman, J.D. / Arnold, E. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 タイトル: Structural basis for the role of the K65R mutation in HIV-1 reverse transcriptase polymerization, excision antagonism, and tenofovir resistance. 著者: Das, K. / Bandwar, R.P. / White, K.L. / Feng, J.Y. / Sarafianos, S.G. / Tuske, S. / Tu, X. / Clark, A.D. / Boyer, P.L. / Hou, X. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Miller, M.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #3: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Structural basis of HIV-1 resistance to AZT by excision. 著者: Tu, X. / Das, K. / Han, Q. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Hou, X. / Frenkel, Y.V. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Sarafianos, S.G. / Arnold, E. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: High-resolution structures of HIV-1 reverse transcriptase/TMC278 complexes: strategic flexibility explains potency against resistance mutations. 著者: Das, K. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Frenkel, Y.V. / Lewi, P.J. / Shatkin, A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Structures of HIV-1 RT-RNA/DNA ternary complexes with dATP and nevirapine reveal conformational flexibility of RNA/DNA: insights into requirements for RNase H cleavage. 著者: Das, K. / Martinez, S.E. / Bandwar, R.P. / Arnold, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r5p.cif.gz | 453.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r5p.ent.gz | 362.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4r5p_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4r5p_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4r5p_validation.xml.gz | 74.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4r5p_validation.cif.gz | 100.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/4r5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/4r5p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3v4iS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 64022.414 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 600-1153 / 変異: Q258C, C280S, D498N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H #2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF
#3: DNA鎖 | 分子量: 8392.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: DNA鎖 | 分子量: 6490.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-糖 , 1種, 2分子
#5: 多糖 |
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-非ポリマー , 4種, 15分子
#6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 10% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% w/v sucrose, 5% w/v glycerol, 20 mM magnesium chloride, 50 mM Bis-Tris propane, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.894→50 Å / Num. all: 72420 / Num. obs: 72131 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.894→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 3540 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3V4I 解像度: 2.894→44.536 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.894→44.536 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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