PDB-4r58: Crystal structure of computational designed leucine rich repeats ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r58

タイトル

Crystal structure of computational designed leucine rich repeats DLRR_A in space group P21

要素

Leucine Rich Repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Leucine rich repeat (LRR) protein

機能・相同性

Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Shen, B.W. / Stoddard, B.L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Control of repeat-protein curvature by computational protein design.
著者: Park, K. / Shen, B.W. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Stoddard, B.L. / Baker, D.

履歴

登録	2014年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r58.cif.gz	341.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r58.ent.gz	283.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r58.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r58_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r58_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	4r58_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	4r58_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/4r58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/4r58	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r5cC 4r5dC 4r6fC 4r6gC 4r6jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y4e-1 1ytt-d 1msb-d 1scf-2 5cea-3 1in0-2 5ko4-d 2f1v-2 2f1v-5 5cea-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Leucine Rich Repeat protein

B: Leucine Rich Repeat protein

C: Leucine Rich Repeat protein

D: Leucine Rich Repeat protein

95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Leucine Rich Repeat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Leucine Rich Repeat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Leucine Rich Repeat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Leucine Rich Repeat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.583, 145.006, 57.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 220 / Label seq-ID: 1 - 220

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Leucine Rich Repeat protein 分子量: 23898.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M MES, 0.2 M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.36→25.01 Å / Num. all: 35346 / Num. obs: 34180 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 24

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.36-2.44	3	6.4	0.183	1	83.7
2.44-2.54	6.2	18.7	0.149	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER	MR	位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→25.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 14.983 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.726 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23309	1658	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18352	-	-	-
obs	0.18603	30991	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→25.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6712	0	0	349	7061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	6756
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.609	1.979	9184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.363	3	15548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.912	5	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	48.854	28.63	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.519	15	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.548	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.858	1.233	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.851	1.231	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.466	1.839	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.338	1.73	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.978	1.336	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.867	1.253	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.443	1.836	4832
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.511	8.683	7207
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.511	8.687	7208
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14347	0.07
1	2	B	14347	0.07
2	1	A	14134	0.09
2	2	C	14134	0.09
3	1	A	13949	0.09
3	2	D	13949	0.09
4	1	B	14271	0.07
4	2	C	14271	0.07
5	1	B	14071	0.08
5	2	D	14071	0.08
6	1	C	13909	0.09
6	2	D	13909	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	136	-
R_work	0.208	2282	-
obs	-	-	99.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9247	2.0965	-0.7812	3.6484	-1.3303	2.3638	0.0447	0.0552	-0.2069	-0.0306	0.0515	0.024	0.2543	-0.0503	-0.0962	0.0636	0.029	-0.0274	0.0376	-0.0099	0.0347	-58.9262	-6.8781	23.7739
2	3.7172	1.9952	0.9552	2.7825	0.3053	1.4695	0.2175	-0.2328	-0.3391	0.1761	-0.0819	-0.0682	0.2873	0.1134	-0.1357	0.0779	0.0473	-0.0237	0.0787	0.0176	0.0396	-40.5638	-6.6018	47.6161
3	1.8609	1.6864	-1.5835	2.8474	-2.8638	4.3347	-0.0489	0.0848	0.2767	0.1361	0.0742	0.0227	-0.6349	-0.0863	-0.0253	0.188	-0.0065	-0.0264	0.1135	-0.0209	0.1207	-47.6372	26.5243	34.2183
4	2.6783	1.892	-0.7663	4.8166	-2.0929	2.9796	-0.1047	-0.0829	0.335	0.0856	0.1193	0.0758	-0.3938	-0.0743	-0.0146	0.098	0.0633	-0.0362	0.1013	-0.0446	0.0569	-65.2091	25.8592	9.5061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 220
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 220

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