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Yorodumi- PDB-5y4e: Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats R8-14 in complex with a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y4e | ||||||
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Title | Crystal Structure of AnkB Ankyrin Repeats R8-14 in complex with autoinhibition segment AI-b | ||||||
Components | Ankyrin-2,Ankyrin-2 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / ANK REPEAT / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION / STRUCTURAL PROTEIN / AUTO-INHIBITION | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein localization to T-tubule / atrial cardiac muscle cell to AV node cell communication / SA node cell to atrial cardiac muscle cell communication / regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / protein localization to M-band / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / T-tubule organization / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential ...protein localization to T-tubule / atrial cardiac muscle cell to AV node cell communication / SA node cell to atrial cardiac muscle cell communication / regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / positive regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / protein localization to M-band / positive regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / T-tubule organization / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / protein localization to organelle / paranodal junction assembly / regulation of SA node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of cation channel activity / atrial cardiac muscle cell action potential / protein localization to endoplasmic reticulum / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / cytoskeletal anchor activity / atrial septum development / positive regulation of potassium ion transport / costamere / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to methylmercury / positive regulation of calcium ion transport / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / M band / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / regulation of cardiac muscle cell contraction / protein localization to cell surface / Interaction between L1 and Ankyrins / A band / spectrin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of calcium ion transport / intercalated disc / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / COPI-mediated anterograde transport / T-tubule / regulation of heart rate / protein localization to plasma membrane / regulation of protein stability / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / endocytosis / protein localization / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / early endosome / lysosome / cytoskeleton / protein stabilization / neuron projection / apical plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.341 Å | ||||||
Authors | Chen, K. / Li, J. / Wang, C. / Wei, Z. / Zhang, M. | ||||||
Citation | Journal: Elife / Year: 2017 Title: Autoinhibition of ankyrin-B/G membrane target bindings by intrinsically disordered segments from the tail regions. Authors: Chen, K. / Li, J. / Wang, C. / Wei, Z. / Zhang, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y4e.cif.gz | 191.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y4e.ent.gz | 152.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y4e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/5y4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/5y4e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5y4dC 5y4fC 4rlvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30069.676 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 857-896,UNP RESIDUES 264-483 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ANK2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q01484 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 1 M ammonium sulfate, 0.5% w/v PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 14, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50 Å / Num. obs: 31971 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.806 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 130532 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RLV Resolution: 2.341→36.688 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.53 Å2 / Biso mean: 45.4292 Å2 / Biso min: 19.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.341→36.688 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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