PDB-4r3k: Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase from Sulfo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r3k

タイトル

Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase from Sulfolobus solfataricus bound to CoA

要素

Uncharacterized N-acetyltransferase SSO0209

キーワード

TRANSFERASE / Protein-substrate complex / GNAT domain / N-acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / NatA complex / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.133 Å

データ登録者

Chang, Y.Y. / Hsu, C.H.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Substrate-specific Acetylation of N alpha-acetyltransferase Ard1 from Sulfolobus solfataricus
著者: Chang, Y.Y. / Hsu, C.H.

履歴

登録	2014年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r3k.cif.gz	82.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r3k.ent.gz	61.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r3k_validation.pdf.gz	760.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r3k_full_validation.pdf.gz	760.9 KB	表示
XML形式データ	4r3k_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	4r3k_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r3lC 2x7bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ag5-d 6ag4-d 2ic5-1 2w2v-1 6b1d-3 4n3e-6 6ax0-1 3apu-1 1iwl-d 4n3e-22 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
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#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized N-acetyltransferase SSO0209

ヘテロ分子

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.353, 58.224, 85.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized N-acetyltransferase SSO0209 / Ard1 分子量: 20302.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌) 遺伝子: SSO0209 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q980R9, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 5% PEG 4000, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.2, 0.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→30 Å / Num. obs: 10196 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 18.876
反射シェル	最高解像度: 2.13 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2X7B

2x7b

解像度: 2.133→22.151 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2172	1018	9.99 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.1765	10191	98.98 %	-
all	-	10191	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.133→22.151 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1291	0	59	39	1389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1379
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.129	1873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.173	521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	229

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.1332-2.2455	0.2454	136	0.2152	1236	1236	95
2.2455-2.3861	0.2952	143	0.1988	1283	1283	100
2.3861-2.5701	0.2785	143	0.201	1295	1295	100
2.5701-2.8282	0.2016	146	0.1837	1301	1301	100
2.8282-3.2364	0.263	148	0.1827	1331	1331	100
3.2364-4.0734	0.18	147	0.1571	1326	1326	100
4.0734-22.1521	0.1934	155	0.1557	1401	1401	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9556	-0.8106	-0.9872	7.2294	0.0239	5.2357	0.2423	-0.6558	0.2545	1.3171	-0.2087	-0.4937	-0.4798	0.3905	-0.1422	0.4531	-0.0305	-0.0245	0.2924	-0.0319	0.3462	4.3796	9.865	25.3287
2	3.4002	2.1228	0.1142	6.1394	-0.214	5.1189	0.1402	-0.0249	0.3917	0.3028	-0.0017	-0.0323	-0.091	0.1551	-0.0597	0.2911	0.0603	0.0321	0.1796	-0.0451	0.2867	0.7322	13.4059	19.6922
3	6.8929	-2.0174	5.3155	3.2458	-2.704	4.4708	-0.255	0.3474	0.6213	0.4155	-0.1956	-0.083	-0.6121	0.3309	0.5684	0.249	-0.018	0.028	0.2248	0.0034	0.3297	-2.4482	9.6822	12.7142
4	4.9489	1.0526	3.7067	1.2761	-1.3532	9.8802	1.0062	3.0523	-0.4457	-2.4437	-0.3456	0.9709	1.6884	-0.3621	-0.3838	0.8737	0.2172	-0.2157	0.8952	-0.0546	0.5879	-7.8238	4.1859	-6.2301
5	6.5672	-1.6103	4.4641	5.2297	-1.3582	7.4844	-0.0663	-0.1932	0.3227	0.1811	-0.0668	-0.5045	0.2169	0.1739	0.1187	0.1628	0.0172	0.0854	0.1955	0.0553	0.2704	4.5836	4.0533	14.8603
6	2.4252	-2.7764	1.8503	3.4024	-1.5119	4.9164	0.2818	-0.011	-0.4322	-0.2571	-0.0858	0.4788	0.6985	-0.1655	0.0399	0.3389	-0.0308	0.0261	0.1697	0.0154	0.2858	-3.7339	-0.3712	15.6634
7	2.1869	-0.7285	-2.3293	3.9075	-0.4437	4.5929	-0.0958	0.2758	0.3948	-0.2966	-0.0099	0.2153	0.0862	-0.1187	-0.0524	0.2932	-0.0016	-0.0028	0.2141	-0.0227	0.2448	-0.5052	5.3947	6.6778
8	7.8281	2.8249	-1.4689	5.4311	-1.625	6.4616	-0.6482	-0.1396	-1.2259	-0.7609	0.3509	-0.6765	0.5733	0.2164	0.2379	0.4725	-0.0031	0.0727	0.2775	0.0073	0.3605	6.7728	-0.9977	4.2365
9	4.8183	1.7159	-1.0931	4.2038	-0.5012	4.5064	-0.762	0.0452	-0.3949	-1.3854	0.5309	-0.4262	-0.0214	0.4952	0.0354	0.4707	-0.0443	0.0728	0.3198	-0.0219	0.2763	7.1017	7.6113	1.4773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 60 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 61 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 103 through 117 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 118 through 132 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 133 through 150 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 151 through 167 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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