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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r2m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of R134D mutant of YnaF (Universal Stress Protein F) from Salmonella typhimurium | ||||||
![]() | Universal stress protein F | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / ![]() 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bangera, M. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional analysis of two universal stress proteins YdaA and YnaF from Salmonella typhimurium: possible roles in microbial stress tolerance. 著者: Bangera, M. / Panigrahi, R. / Sagurthi, S.R. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17300.945 Da / 分子数: 2 / 変異: R134D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: LT2 / 遺伝子: STM1652, uspF, ynaF uspF STM1652 / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: under oil, マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 100mM Tris-HCl pH 8.5, 200mM Magnesium chloride, 5mM Adenosine 5'-(beta,gamma-imido)triphosphate, Under oil, Microbatch, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.2→41.48 Å / Num. obs: 15273 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rsym value: 0.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2167 / Rsym value: 0.676 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ID 4R2L 解像度: 2.2→41.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 11.425 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.254 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.48 Å
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拘束条件 |
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