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- PDB-4r1e: Crystal Structure of MTIP from Plasmodium falciparum in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1e
タイトルCrystal Structure of MTIP from Plasmodium falciparum in complex with a peptide-fragment chimera
要素
  • Myosin A tail domain interacting protein
  • Myosin-A
キーワードPROTEIN BINDING/INHIBITOR / CALMODULIN-LIKE / PROTEIN BINDING / MYOSIN MOTOR / FRAGMENT PEPTIDE / MEMBRANE / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / myosin II complex / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton ...pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / myosin II complex / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / Class XIV myosin, motor domain / EF-hand domain / : / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily ...: / Myosin A tail domain interacting protein, N-terminal / Class XIV myosin, motor domain / EF-hand domain / : / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3EC / Myosin A tail domain interacting protein / Myosin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Plasmodium falciparum Isolate 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Douse, C.H. / Vrielink, N. / Cota, E. / Tate, E.W.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2015
タイトル: Targeting a Dynamic Protein-Protein Interaction: Fragment Screening against the Malaria Myosin A Motor Complex.
著者: Douse, C.H. / Vrielink, N. / Wenlin, Z. / Cota, E. / Tate, E.W.
履歴
登録2014年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin A tail domain interacting protein
B: Myosin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4253
ポリマ－18,2392
非ポリマー1851
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.710, 55.760, 75.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Myosin A tail domain interacting protein


分子量: 16498.234 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 61-204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: Isolate 3D7 / 遺伝子: MTIP, PFL2225w / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8I4W8
#2: タンパク質・ペプチド Myosin-A / PfM-A


分子量: 1741.176 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 803-816 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum Isolate 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDR3
#3: 化合物 ChemComp-3EC / 5-{[(2-aminoethyl)sulfanyl]methyl}furan-2-carbaldehyde


分子量: 185.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GLY802 IS NOT PART OF THE NATURAL SEQUENCE OF THE PROTEIN FROM WHICH THE PEPTIDE IS DERIVED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: Pilatus 2M / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→44.93 Å / Num. all: 11020 / Num. obs: 11020 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 1578 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AOM

4aom


解像度: 1.98→44.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.664 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22266 1079 9.8 %RANDOM
Rwork0.19578 ---
obs0.19858 9909 96.79 %-
all-10988 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å2-0 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→44.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1188 0 12 67 1267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.961662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0113.0032550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4575156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.64525.53656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90715202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.313154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8751.767630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8561.765629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4652.634784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4662.636785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0231.796601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0221.799602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6592.665879
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.27714.0021450
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.19113.9451439
LS精密化 シェル解像度: 1.981→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 74 -
Rwork0.184 735 -
obs--98.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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