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- PDB-4qyh: CHK1 kinase domain in complex with diazacarbazole GNE-783 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qyh
タイトルCHK1 kinase domain in complex with diazacarbazole GNE-783
要素Serine/threonine-protein kinase Chk1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / phosphotransfer catalyst / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization / negative regulation of gene expression, epigenetic / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of cell cycle / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / replication fork / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / protein phosphorylation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3DX / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wiesmann, C. / Wu, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Discovery of the 1,7-diazacarbazole class of inhibitors of checkpoint kinase 1.
著者: Gazzard, L. / Appleton, B. / Chapman, K. / Chen, H. / Clark, K. / Drobnick, J. / Goodacre, S. / Halladay, J. / Lyssikatos, J. / Schmidt, S. / Sideris, S. / Wiesmann, C. / Williams, K. / Wu, P. ...著者: Gazzard, L. / Appleton, B. / Chapman, K. / Chen, H. / Clark, K. / Drobnick, J. / Goodacre, S. / Halladay, J. / Lyssikatos, J. / Schmidt, S. / Sideris, S. / Wiesmann, C. / Williams, K. / Wu, P. / Yen, I. / Malek, S.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
B: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1474
ポリマ－68,4102
非ポリマー7372
水5,405300
1
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5742
ポリマ－34,2051
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5742
ポリマ－34,2051
非ポリマー3681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.078, 65.962, 115.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Chk1 / CHK1 checkpoint homolog / Cell cycle checkpoint kinase / Checkpoint kinase-1


分子量: 34205.199 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, UNP residues 1-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHEK1, CHK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3DX / 3-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-9H-pyrrolo[2,3-b:5,4-c']dipyridine-6-carbonitrile


分子量: 368.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15% isopropanol, 12% PEG 8000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月5日
放射モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 52841 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 15.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.368 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23546 2689 5.1 %RANDOM
Rwork0.19731 ---
obs0.19931 50152 99.01 %-
all-52841 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å20.17 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---0.74 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.139 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 56 300 4644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4411.9826034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81239434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5135524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.82724.34212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26615790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3891528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02880
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.24030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.22447
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5082.53449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6482.51062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.05954264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1892.52268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.44251770
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 161 -
Rwork0.272 2872 -
obs--96.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.3622 Å / Origin y: -3.1905 Å / Origin z: 29.0968 Å
111213212223313233
T-0.0329 Å20.0097 Å20.0024 Å2--0.0249 Å2-0.0411 Å2---0.0168 Å2
L0.1645 °20.0847 °2-0.165 °2-0.2187 °2-0.4454 °2--0.9075 °2
S-0.0262 Å °0.068 Å °-0.0765 Å °-0.0181 Å °-0.008 Å °-0.0191 Å °0.0806 Å °0.015 Å °0.0342 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B401 - 604
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 496
3X-RAY DIFFRACTION1B301
4X-RAY DIFFRACTION1A301
5X-RAY DIFFRACTION1B3 - 273
6X-RAY DIFFRACTION1A3 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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